| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,315,711 | T→A | 7.0% | I331I (ATT→ATA) | korA → | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,315,711 | 0 | T | A | 7.0% | 357.5 / 13.3 | 110 | I331I (ATT→ATA) | korA | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/41); new base A (6/2); total (67/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAG > USA300TCH1516_ALE/1315571‑1315850 | ggATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAAtt < 4:443576/141‑1 (MQ=255) gATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAAttg < 2:1017964/141‑1 (MQ=255) gATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAAttg > 4:259860/1‑141 (MQ=255) ttATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAAttgtt < 4:368140/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |