| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,315,762 | 0 | A | C | 7.5% | 325.8 / 15.9 | 107 | A348A (GCA→GCC) | korA | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/36); new base C (5/3); total (68/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGA > USA300TCH1516_ALE/1315622‑1315902 | ggTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCa < 2:90399/141‑1 (MQ=255) tgatcTTTTACTTGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCattt > 2:74820/5‑141 (MQ=255) ggACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCattt > 1:1026468/1‑141 (MQ=255) ggACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCattt > 1:122941/1‑141 (MQ=255) 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USA300TCH1516_ALE/1315622‑1315902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |