| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,319,376 | A→G | 6.0% | I504V (ATA→GTA) | miaB → | tRNA‑2‑methylthio‑N(6)‑dimethylallyladenosine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,319,376 | 0 | A | G | 6.0% | 343.7 / 9.3 | 116 | I504V (ATA→GTA) | miaB | tRNA‑2‑methylthio‑N(6)‑dimethylallyladenosine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/54); new base G (2/5); total (57/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GTAAAAAAGATGATCAGGTTCTTGCTGGCTACACTGATAAAAATAAGCTAGTTAATTTCAAAGCGCCTAAAGAAATGATTGGTAAACTAGTGGAAGTACGAATAGATGAAGCTAAACAGTATTCATTAAATGGCAGTTTTATAAAGGAAGTAGAGCCGGAAATGGTGATTCAATAAATGTATAATAAAGATGACGTGTTGAACCAAGCGGATAATATTGCAAATAAAATTAAAAATTTGGATACTATCAAAACATATCAACAAATTGAAGCACAGATTCAT > USA300TCH1516_ALE/1319236‑1319516 | gtaAAAAAGATGATCAGGTTCTTGCTGGCTACACTGATAAAAATAAGCTAGTTAATTTCAAAGCGCCTAAAGAAATGATTGGTAAACTAGTGGAAGTACGAATAGATGAAGCTAAACAGTATTCATTAAATGGCAGTTTta < 3:9011/141‑1 (MQ=255)gtaAAAAAGATGATCAGGTTCTTGCTGGCTACACTGATAAAAATAAGCTAGTTAATTTCAAAGCGCCTAAAGAAATGATTGGTAAACTAGTGGAAGTACGAATAGATGAAGCTAAACAGTATTCATTAAATGGCAGTTTta > 2:804174/1‑141 (MQ=255)gtaAAAAAGATGATCAGGTTCTTGCTGGCTACACTGATAAAAATAAGCTAGTTAATTTCAAAGCGCCTAAAGAAATGATTGGTAAACTAGTGGAAGTACGAATAGATGAAGCTAAACAGTATTCATTAAATGGCAGTTTta < 2:80523/141‑1 (MQ=255) taAAAAAGATGATCAGGTTCTTGCTGGCTACACTGATAAAAATAAGCTAGTTAATTTCAAAGCGCCTAAAGAAATGATTGGTAAACTAGTGGAAGTACGAATAGATGAAGCTAAACAGTATTCATTAAATGGCAGTTTtat < 1:682623/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGTTTTATAAAGGAAGTAGAGCCGGAAATGGTGATTCAATAAATGTATAATAAAGATGACGTGTTGAACCAAGCGGATAATATTGCAAATAAAATTAAAAATTTGGATACTATCAAAACATATCAACAAATTGAAGcaca > 1:303952/1‑141 (MQ=255) aGTTTTATAAAGGAAGTAGAGCCGGAAATGGTGATTCAATAAATGTATAATAAAGATGACGTGTTGAACCAAGCGGATAATATTGCAAATAAAATTAAAAATTTGGATACTATCAAAACATATCAACAAATTGAAGCACAg > 2:717502/1‑141 (MQ=255) aGTTTTATAAAGGAAGTAGAGCCGGAAATGGTGATTCAATAAATGTATAATAAAGATGACGTGTTGAACCAAGCGGATAATATTGCAAATAAAATTAAAAATTTGGATACTATCAAAACATATCAACAAATTGAAGCACAg < 4:194491/141‑1 (MQ=255) aGTTTTATAAAGGAAGTAGAGCCGGAAATGGTGATTCAATAAATGTATAATAAAGATGACGTGTTGAACCAAGCGGATAATATTGCAAATAAAATTAAAAATTTGGATACTATCAAAACATATCAACAAATTGAAGCACAg > 2:327915/1‑141 (MQ=255) ataAAGGAAGTAGAGCCGGAAATGGTGATTCAATAAATGTATAATAAAGATGACGTGTTGAACCAAGCGGATAATATTGCAAATAAAATTAAAAATTTGGATACTATCAAAACATATCAACAAATTGAAGCACAGATtcat < 3:412412/141‑1 (MQ=255) | GTAAAAAAGATGATCAGGTTCTTGCTGGCTACACTGATAAAAATAAGCTAGTTAATTTCAAAGCGCCTAAAGAAATGATTGGTAAACTAGTGGAAGTACGAATAGATGAAGCTAAACAGTATTCATTAAATGGCAGTTTTATAAAGGAAGTAGAGCCGGAAATGGTGATTCAATAAATGTATAATAAAGATGACGTGTTGAACCAAGCGGATAATATTGCAAATAAAATTAAAAATTTGGATACTATCAAAACATATCAACAAATTGAAGCACAGATTCAT > USA300TCH1516_ALE/1319236‑1319516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |