| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,338,620 | G→A | 6.5% | intergenic (+555/‑720) | glnA → / → USA300TCH1516_01240 | Glutamine synthetase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,338,620 | 0 | G | A | 6.5% | 276.0 / 5.6 | 91 | intergenic (+555/‑720) | glnA/USA300TCH1516_01240 | Glutamine synthetase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/46); new base A (2/4); total (41/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
TTATCGATCGGTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATA > USA300TCH1516_ALE/1338481‑1338759 | ttATCGATCGGTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGa < 2:488289/141‑1 (MQ=255) tATCGATCGGTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAg < 4:37000/141‑1 (MQ=255) cgatcgGTAGTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCAACTAATTTATGAGTAGCGAGGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTa > 1:1083484/1‑141 (MQ=255) tcgGTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCa < 2:404752/141‑1 (MQ=255) tcgGTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCa < 1:247010/141‑1 (MQ=255) cgGTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCaa < 1:1005113/141‑1 (MQ=255) cgGTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCaa > 2:396613/1‑141 (MQ=255) cgGTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCaa > 4:159008/1‑141 (MQ=255) gTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAAt < 2:391491/141‑1 (MQ=255) gTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAAt < 4:70365/141‑1 (MQ=255) aTTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATta > 1:746696/1‑141 (MQ=255) tttCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATtaat < 1:133124/141‑1 (MQ=255) ttCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATtaata < 1:170819/141‑1 (MQ=255) tCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTGCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATtaataa < 1:284767/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGTTGTACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATaaaa > 1:956501/1‑140 (MQ=255) ttAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATa < 2:663633/141‑1 (MQ=255) ttAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATCAATAAAGATa < 3:277605/141‑1 (MQ=255) gTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTGATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGCTAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTg > 4:166782/1‑141 (MQ=255) gTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTg > 4:222945/1‑141 (MQ=255) gTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTg < 2:874826/141‑1 (MQ=255) gTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTg > 4:152701/1‑141 (MQ=255) tataCTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTggg < 4:351362/141‑1 (MQ=255) ataCTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAACATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGa < 2:774482/141‑1 (MQ=255) actactATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATa < 2:832895/141‑1 (MQ=255) taTTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTa > 3:219499/1‑141 (MQ=255) tGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACgg < 1:517973/141‑1 (MQ=255) tatTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTaa > 1:260669/1‑141 (MQ=255) tatTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTaa > 1:418670/1‑141 (MQ=255) cTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATAtt > 1:752510/1‑141 (MQ=255) tAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTa > 2:1024088/1‑141 (MQ=255) aaaattaaaaattTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAAAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATg > 2:568604/1‑141 (MQ=255) aaattaaaaattTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGc < 2:460921/141‑1 (MQ=255) ttaaaaattTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTAt > 3:424203/1‑141 (MQ=255) ttCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTa < 1:423430/141‑1 (MQ=255) cTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGagaa < 2:397479/141‑1 (MQ=255) cTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGagaa > 2:980116/1‑141 (MQ=255) cTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGagaa > 2:612078/1‑141 (MQ=255) aTCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAAAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAATATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTGGggaaaga > 2:547392/1‑141 (MQ=255) tAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAAAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTGGGGAAagaaga < 1:625598/141‑1 (MQ=255) aaTTTAGAAATTGCTATGACGAAATATTCAATACAATCGAAGAATTGATAGAAAAAAAAGATAGAGCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGTATAAGTTACGTTAATATTAATGCTATGAGCCGTAGAGAAAtaagaa < 4:122516/141‑1 (MQ=255) aTTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATAGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGGAAGAAGAAt > 4:255096/1‑141 (MQ=255) ttATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAg < 3:300001/141‑1 (MQ=255) ttATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAg < 1:879798/141‑1 (MQ=255) tATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGAGACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGa < 2:1065514/141‑1 (MQ=255) tGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGaaa > 2:882145/1‑141 (MQ=255) aTTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAAtt < 4:405296/141‑1 (MQ=255) ttGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAAttt > 3:305664/1‑141 (MQ=255) ttGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAAttt > 3:305818/1‑141 (MQ=255) tGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTa > 2:428965/1‑141 (MQ=255) tATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGc < 2:580040/141‑1 (MQ=255) tATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGc < 1:564536/141‑1 (MQ=255) tATGATGAAATATTCAATACAATCAAAAAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTGGGGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGc < 1:492352/141‑1 (MQ=255) tgatgaAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCtt < 2:18072/141‑1 (MQ=255) gatgaAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTa > 4:78585/1‑141 (MQ=255) atgaAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTaa < 3:285/141‑1 (MQ=255) atgaAATATTCAATAAAATCAAAAAATGGATAGAAAACCAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAATATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGACGTGGGGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTaa < 4:327182/141‑1 (MQ=255) tgaAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTaaa < 4:396997/141‑1 (MQ=255) atatTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAAt > 3:430537/1‑141 (MQ=255) atatTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATCTAAGCTTAAAGAAt > 1:13461/1‑141 (MQ=255) atTCAATACAATCAACGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTCACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATGTAAGCTTAAAGAATGc > 2:866538/1‑141 (MQ=255) atTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGc > 2:903549/1‑141 (MQ=255) atTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGc < 2:965820/141‑1 (MQ=255) tCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaa < 4:305818/141‑1 (MQ=255) tCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaa < 4:305664/141‑1 (MQ=255) tCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaa > 2:696708/1‑141 (MQ=255) cAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaaa < 4:219499/141‑1 (MQ=255) cAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaaa > 2:476401/1‑141 (MQ=255) tACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGAt < 1:1021219/141‑1 (MQ=255) tACAATCAAAAAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAATATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTGGGGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGAt < 1:547392/141‑1 (MQ=255) tCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTtat < 3:221721/141‑1 (MQ=255) tCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTtat < 3:152597/141‑1 (MQ=255) aaaGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGTGTTATCAATTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTatat > 2:381837/1‑141 (MQ=255) attctttgattgaAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGTGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATACGCCGAAGAGAAAAAAGAATAGAAAATTTAAACTTAAAGAATGAAAAGATCTtataga > 4:419945/6‑139 (MQ=255) aTTGATAGAAAACAAGGCGATATCGAGTTCTCAAGTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATCAAGGCTCTGCGCCGTAGAGAAAGAAGAACAGAAAACGTAAGCGTAAAGAATGCAAACATCTTATATGAata < 2:512548/141‑1 (MQ=255) aTTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAata < 2:595754/141‑1 (MQ=255) aTTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAata > 2:741532/1‑141 (MQ=255) tGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACCGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAGAGATCTTATATGAATATg > 2:246894/1‑141 (MQ=255) aGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGaa < 2:821050/141‑1 (MQ=255) aaaaCAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGaaaa > 2:1070622/1‑141 (MQ=255) aCAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAgg < 1:1024088/141‑1 (MQ=255) aCAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAgg > 1:1047263/1‑141 (MQ=255) cAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATTCAAAGATCTTATAAGAAAAAGAGAAAAAGGt < 2:917622/141‑1 (MQ=255) agagATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTAtt > 2:784967/1‑141 (MQ=255) agagATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTAtt > 1:1056752/1‑141 (MQ=255) agagATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTAAGGTAATATTAAAGCTATGAGACATAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTAtt < 1:213035/141‑1 (MQ=255) agaTATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGt > 4:51260/1‑141 (MQ=255) agaTATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGAGACAAAGGAATTGt > 3:170707/1‑141 (MQ=255) atatCGAGTTATCAAAATAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTAAATGAAAAAAAAAAAAAGGTATTGTaa < 2:331375/141‑1 (MQ=255) tCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAatat < 4:277120/141‑1 (MQ=255) tCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGATACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAatat < 2:84622/141‑1 (MQ=255) cGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAAtata > 1:951098/1‑141 (MQ=255) | TTATCGATCGGTATTTTCATTTTAGTTATACTACTATTGATATTCTAAAAAATTAAAAATTTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATA > USA300TCH1516_ALE/1338481‑1338759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |