| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,339,817 | C→A | 9.7% | intergenic (+149/‑145) | USA300HOU_RS06600 → / → USA300HOU_RS06605 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,339,817 | 0 | C | A | 9.7% | 285.0 / 6.7 | 97 | intergenic (+149/‑145) | USA300HOU_RS06600/USA300HOU_RS06605 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/44); new base A (4/7); total (46/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTTTTGAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGATTATTATAATTATAAATAGAAAGAGAGTGTGATT > USA300TCH1516_ALE/1339679‑1339957 | tatTTTTGAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCaa < 1:634424/141‑1 (MQ=255) atTTTTGAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAat > 1:728431/1‑141 (MQ=255) ttGAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGCGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAatatat > 3:411005/1‑141 (MQ=255) gAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATaa > 4:337446/1‑141 (MQ=255) 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TATTTTTGAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGATTATTATAATTATAAATAGAAAGAGAGTGTGATT > USA300TCH1516_ALE/1339679‑1339957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |