| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,340,479 | 0 | A | T | 5.0% | 383.0 / 8.0 | 119 | intergenic (+311/‑928) | USA300HOU_RS06605/USA300HOU_RS06615 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/51); new base T (3/3); total (65/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) atatTAAATTGTGTAATTGGCATATATGATGATTTGTGATAATTATATTGTAATATAGCATTTGGTTTTATGATTCTAAAATTAATAGATTTGAAAAGTATACTTTATTTCATGAAAGTTTTTGGTACATTTATTTGaaaa < 1:519473/141‑1 (MQ=255) atTAAATTGTGTAATTGGCATATATGATGATTTGTGATAATTATATTGTAATATAGCATTTGGTTTTATGATTCTAAAATTAATAGATTTGAAAAGTATACTTTATTTCATGAAAGTTTTTGGTACATTTATTTGAAAATg < 1:403618/141‑1 (MQ=255) tgtgTAATTGGCATATATGATGATTTGTGATAATTATATTGTAATATAGCATTTGGTTTTATGATTCTAAAATTAATAGATTTGAAAAGTATACTTTATTTCATGAAAGTTTTTGGTACATTTATTTGAAAATGTTTttat < 2:758883/141‑1 (MQ=255) gtAATTGGCATATATGATGATTTGTGATAATTATATTGTAATATAGCATTTGGTTTTATGATTCTAAAATTAATAGATTTGAAAAGTATACTTTATTTCATGAAAGTTTTTGGTACATTTATTTGAAAATGTTTTTATTAc < 4:127596/141‑1 (MQ=255) tAATTGGCATATATGATGAGTTGTGATAATTATATTGTAATATAGCATTTGGTTTTATGATTCTAAAATTAATAGATTTGAAAAGTATACTTTATTTCATGAAAGTTTTTGGTACATTTATTTGAAAATGTTTTTATTACa > 2:146855/1‑141 (MQ=255) | GAATGATCTTTAAGCGATGATATAAAAGGCTGAACACAGTAAATAAGTTAACTTTAATGCAGTATTCTATACTATACATATTTTGTAATAATGTTTATGCACATAATTTTTCATTGACAATTTTTTATATTAAATTGTGTAATTGGCATATATGATGATTTGTGATAATTATATTGTAATATAGCATTTGGTTTTATGATTCTAAAATTAATAGATTTGAAAAGTATACTTTATTTCATGAAAGTTTTTGGTACATTTATTTGAAAATGTTTTTATTACA > USA300TCH1516_ALE/1340339‑1340618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |