| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,346,192 | C→T | 5.0% | intergenic (+415/+134) | USA300HOU_RS06685 → / ← ltaE | hypothetical protein/Low specificity L‑threonine aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,346,192 | 0 | C | T | 5.0% | 361.5 / 2.7 | 113 | intergenic (+415/+134) | USA300HOU_RS06685/ltaE | hypothetical protein/Low specificity L‑threonine aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/62); new base T (3/4); total (47/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCATTATTAGATT > USA300TCH1516_ALE/1346052‑1346332 | cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 4:383155/141‑1 (MQ=255)cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 1:371647/141‑1 (MQ=255)cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 2:438336/141‑1 (MQ=255)cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTCCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 1:695818/141‑1 (MQ=255) aTTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCt < 3:273495/141‑1 (MQ=255) aTTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATCAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCt > 4:315769/1‑141 (MQ=255) gTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGt < 2:1042032/141‑1 (MQ=255) aaTACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGtttt < 2:599781/141‑1 (MQ=255) aaTACATCACTTTCATAAAATAACTATAACCATCATAATACTTCTCAAATCTCGTCAAAATAAAGAAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACAAAATAATATGTAGTATCTTGtttt > 3:121214/1‑141 (MQ=255) aCATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGa > 1:4469/1‑141 (MQ=255) cATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGaa < 4:56009/141‑1 (MQ=255) tttCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGt < 3:336960/141‑1 (MQ=255) tCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTaa > 2:442035/1‑141 (MQ=255) tCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTaa > 2:958232/1‑141 (MQ=255) tCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAAGACGGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTaa < 1:373613/141‑1 (MQ=255) cATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCAGTTTTTGGAATAATGTAAt > 1:826313/1‑141 (MQ=255) cATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAAt < 2:720922/141‑1 (MQ=255) aTAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAAtt > 1:29468/1‑141 (MQ=255) aTAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAAtt > 1:395875/1‑141 (MQ=255) aTAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTtata > 3:396697/1‑141 (MQ=255) aTAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTtata > 1:731298/1‑141 (MQ=255) tAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTatat < 1:1006269/141‑1 (MQ=255) tAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTatat < 1:665753/141‑1 (MQ=255) tAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTatat < 1:547845/141‑1 (MQ=255) aaCTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATatc < 2:1067895/141‑1 (MQ=255) cTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATatcat > 1:868818/1‑141 (MQ=255) aCAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGAAAATACAGCACACATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATAtcatca < 2:933889/141‑1 (MQ=255) catcatAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAGATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGc < 2:952838/141‑1 (MQ=255) catcatAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGc < 1:802886/141‑1 (MQ=255) tcatAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTa > 1:197275/1‑141 (MQ=255) catAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTAc < 2:552808/141‑1 (MQ=255) taataCTTCTCAAATCTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTTCaa < 1:224328/141‑1 (MQ=255) taCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATg < 2:189177/141‑1 (MQ=255) aCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGa < 1:508426/141‑1 (MQ=255) aCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGa < 4:400922/141‑1 (MQ=255) ttCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGc < 2:860160/141‑1 (MQ=255) tactcAAATGTCGTGAAATTAGAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCTATAATCTGTAGTACCGTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGc < 2:781022/139‑1 (MQ=255) tctcAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCa > 3:54551/1‑141 (MQ=255) ctcAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAg < 4:261149/141‑1 (MQ=255) cAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGtt < 2:618811/141‑1 (MQ=255) aaaaTGTAGTCAAAGTAAAGTATAAACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAATATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACTGCTACATATGAGCAGtt < 4:225402/140‑1 (MQ=255) aaaTGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGttt < 3:166742/141‑1 (MQ=255) aaTGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTc > 1:368454/1‑141 (MQ=255) aTGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACTTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCa < 2:945615/141‑1 (MQ=255) gtcgtcAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCata > 2:235098/1‑141 (MQ=255) tcgtcAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCatat < 1:554924/141‑1 (MQ=255) tcAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCAtat‑‑ata < 3:345807/141‑1 (MQ=255) cAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ataa < 2:220279/141‑1 (MQ=255) aaTTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ataaat > 2:27548/1‑141 (MQ=255) aTTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTTCAAATGAGTAGTTTCatat‑‑aaatcaa < 1:339678/141‑7 (MQ=255) ttAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTTCAAATGAGTAGTTTCatat‑‑aaatcaat < 2:1043040/141‑8 (MQ=255) aGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAacac > 2:141312/1‑141 (MQ=255) gTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTCTCATAT‑‑ATAAATAAAcaca < 1:924454/141‑1 (MQ=255) gTAAAGACAGCACAAATTAACATTGTTAAATATATAAAATAGAACAAGAAACGCAATAATCTGTATTACCTTGTTTTGGAATAATGGAATTTTATATTATCAACGTCTACAATTGATCAGGTTCAGAT‑‑ataaataatctct > 4:340711/1‑136 (MQ=255) cAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTc < 4:255480/141‑1 (MQ=255) gCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCaa < 1:706152/141‑1 (MQ=255) acacaTAATATCATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCaa < 2:39508/140‑1 (MQ=255) cacaAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAAc < 2:680379/141‑1 (MQ=255) caAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTTCAAATGAGTAGTTTCATATAAATCAATAAACACAACTACTCAAc > 2:372335/1‑141 (MQ=255) caAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTg > 3:453656/1‑141 (MQ=255) aaTTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTTAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGAt < 4:118646/141‑1 (MQ=255) aaTTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTTCAAATGAGTAGTTTCATATAAATCAATAAACACAACTACTCAACTg < 1:671660/141‑1 (MQ=255) aTTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATc > 2:50223/1‑141 (MQ=255) aTTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATc > 2:366573/1‑141 (MQ=255) ttAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCt < 2:297008/141‑1 (MQ=255) atAACATTTTTAAATATATATAATAAAACAAGTTTCTCATTAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATTTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGATCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTTCTCAACTGATCt < 2:644949/140‑1 (MQ=255) cATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCttaat < 2:84706/141‑1 (MQ=255) cATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCttaat < 2:559928/141‑1 (MQ=255) aTTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCttaatt < 1:198491/141‑1 (MQ=255) ttttAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCttaattaa < 2:1062877/141‑1 (MQ=255) tttAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCttaattaat > 4:168107/1‑141 (MQ=255) tatataAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATtaataa < 4:186619/141‑1 (MQ=255) tatataAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATtaataa > 2:615732/1‑141 (MQ=255) tatataAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATtaataa > 1:911700/1‑141 (MQ=255) tataAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAAt > 3:197949/1‑141 (MQ=255) ataaaataaaACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCCTAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATg > 1:1084600/1‑141 (MQ=255) taaaataaaaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGa > 1:1002384/1‑141 (MQ=255) aaaataaaaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGAt < 1:94982/141‑1 (MQ=255) aaataaaaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGAtt < 1:273656/141‑1 (MQ=255) aaaaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAAGGAATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTAcc > 1:284538/1‑141 (MQ=255) aaaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCa > 2:851786/1‑141 (MQ=255) aaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAg < 1:433767/141‑1 (MQ=255) aaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAg > 4:286595/1‑141 (MQ=255) aaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATCAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATATACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTAACAg > 4:286664/1‑141 (MQ=255) aGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGa < 3:208040/141‑1 (MQ=255) aGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAAAAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGa < 2:666081/141‑1 (MQ=255) aGATACCCCACAACCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTCTACCACCAACGATTTATTACGTAATGTCTCAAAT‑‑CTAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGa < 3:340711/141‑1 (MQ=255) cTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACatat > 1:272860/1‑141 (MQ=255) aataatCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAAc < 2:265815/141‑1 (MQ=255) aatCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACTAGATGACATATAACAGc > 2:545458/1‑141 (MQ=255) cTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCatt > 2:717480/1‑141 (MQ=255) cTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCatt > 4:53796/1‑141 (MQ=255) cTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCatt > 3:29836/1‑141 (MQ=255) tGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCatta > 2:971638/1‑141 (MQ=255) gtagtaCCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCattat > 1:277445/1‑141 (MQ=255) tagtaCCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATGATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTACAAAT‑‑ATAAATAAACACATCAACTCAAATGATCTTAATTAATTAATAAATGATCTACTAGATGACATATAAGAGCgttatt > 4:284968/1‑141 (MQ=255) gtaCCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCATTATTAg > 4:189225/1‑141 (MQ=255) taCCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCATTATTAGa < 1:419995/141‑1 (MQ=255) aCCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCATTATTAGAt < 1:320232/141‑1 (MQ=255) ccTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCATTATTAGAtt > 2:989486/1‑141 (MQ=255) | CGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCATTATTAGATT > USA300TCH1516_ALE/1346052‑1346332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |