| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,390,631 | T→G | 5.7% | intergenic (+115/‑135) | parC → / → alsT | DNA topoisomerase 4 subunit A/Amino‑acid carrier protein AlsT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,390,631 | 0 | T | G | 5.7% | 316.1 / 11.7 | 105 | intergenic (+115/‑135) | parC/alsT | DNA topoisomerase 4 subunit A/Amino‑acid carrier protein AlsT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/52); new base G (3/3); total (50/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TAATAGACATGTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGTTTATTTTGAAA > USA300TCH1516_ALE/1390494‑1390771 | tAATAGACATGTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACt < 2:531446/141‑1 (MQ=255) aaTAGACATGTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACtt < 2:664586/141‑1 (MQ=255) aGACATGTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAAGGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGa > 3:225894/1‑141 (MQ=255) aGAAATGTATATTATCTAAAAACTAGATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGTTATTTATATTATATGCTGACCAATTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACtttta < 4:223180/141‑3 (MQ=255) gACATGTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGAc < 2:1066937/141‑1 (MQ=255) cATGTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCa < 1:503302/141‑1 (MQ=255) aTGTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCaa < 1:991273/141‑1 (MQ=255) gTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAAc > 1:680842/1‑141 (MQ=255) gTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAAc > 1:831498/1‑141 (MQ=255) atTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAat > 2:734540/1‑141 (MQ=255) tatcTAAAAACGATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAatat < 2:741548/138‑1 (MQ=255) aGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAAtata > 1:902085/1‑141 (MQ=255) aGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAAtata > 1:129584/1‑141 (MQ=255) gCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATaa > 1:306608/1‑141 (MQ=255) gCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATaa > 1:113767/1‑141 (MQ=255) cTAAAAACTATATGCAATCTCGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATaaa < 2:759243/141‑1 (MQ=255) aaaaaCTATATGCAATCACGAAATTAAATAATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAAtc < 2:526697/141‑1 (MQ=255) aaaaCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAAtct > 1:535652/1‑141 (MQ=255) aaaaCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAAtct < 3:28009/141‑1 (MQ=255) aaaCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAAtctc > 1:927505/1‑141 (MQ=255) aaaCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAAtctc < 2:701184/141‑1 (MQ=255) aaCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATctct > 2:147907/1‑141 (MQ=255) aaCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATctct < 1:899875/141‑1 (MQ=255) aaCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATctct < 3:242602/141‑1 (MQ=255) aCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCtt < 2:365886/141‑1 (MQ=255) aCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCtt < 2:550558/141‑1 (MQ=255) aCTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCtt > 3:375796/1‑141 (MQ=255) atatGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCttgta > 2:623209/1‑141 (MQ=255) atatGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCttgta > 2:958793/1‑141 (MQ=255) atatGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCttgta < 2:677515/141‑1 (MQ=255) atatGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTAAAGGGATTTATATTAAAGGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTTATATAAATCTCtttga > 2:264567/1‑138 (MQ=255) tGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCttgtattg < 1:18294/141‑1 (MQ=255) tGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCttgtattg > 3:18718/1‑141 (MQ=255) tGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTAGCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCttgtattg < 3:349465/141‑1 (MQ=255) aTCAAGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAAAGCTGACCAAGTACTTATCGTTGCATTAGCGATATACTTTGACCACACTAATATAAATCTCTTGTATTGtata < 1:189034/141‑1 (MQ=255) tCACGAAATTAATTGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATGAATCTCTTGTATTGTATaa > 2:467749/1‑141 (MQ=255) aaTTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAatg > 4:19493/1‑141 (MQ=255) gtGATAAAATACGGTAAAGTTACGTTATGACGAAGTTCAAGAGAATTATATTAAATGCTGCCCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGTCCAAACTAATATAAAACTCTTGAAATGTATAAAAAatgatgttg > 4:243161/2‑141 (MQ=255) aTGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAatgatgatg < 1:33836/141‑1 (MQ=255) tGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGt > 4:217206/1‑141 (MQ=255) aTAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTAt < 1:632784/141‑1 (MQ=255) aaaaTACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTAtct > 3:168836/1‑141 (MQ=255) aTACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCta > 4:451715/1‑141 (MQ=255) tAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTa < 2:256629/141‑1 (MQ=255) tAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATAGACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTa < 2:796316/141‑1 (MQ=255) tAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATAGACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTa < 2:796240/141‑1 (MQ=255) gTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGa < 1:358346/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTGACTAAATTCAAGTGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACGTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAAGGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAgg > 2:919312/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTGTATATTTACTGAAgg > 1:910876/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATAGACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAgt < 3:246108/141‑2 (MQ=255) ttGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCaa > 2:879642/1‑141 (MQ=255) tGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGATCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAAt < 1:1005044/141‑1 (MQ=255) gACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAAtt > 1:887519/1‑141 (MQ=255) aCTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGACATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTc < 1:572055/141‑1 (MQ=255) aCTAAATTCAAGGGACTCATATGAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTc < 1:9461/141‑1 (MQ=255) aaaTTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGt > 3:401015/1‑141 (MQ=255) aaaTTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGt < 2:497621/141‑1 (MQ=255) aaaTTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGt < 3:453694/141‑1 (MQ=255) aaTTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTc < 1:958793/141‑1 (MQ=255) aaTTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTc < 1:479528/141‑1 (MQ=255) aaTTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTc < 2:442251/141‑1 (MQ=255) ccaGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAAt < 1:376866/139‑1 (MQ=255) aGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAAttt > 1:2291/1‑141 (MQ=255) gggATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAAtttt > 2:2515/1‑141 (MQ=255) gATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTtat < 2:801693/141‑1 (MQ=255) gATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTtat < 1:992780/141‑1 (MQ=255) gATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATAGACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGTTTCAATTCGGTCTAATTTtat > 1:649007/1‑141 (MQ=255) atTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAATGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGt > 2:895029/1‑141 (MQ=255) tAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTAc > 2:481778/1‑141 (MQ=255) tAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTAc < 3:29619/141‑1 (MQ=255) aaaTGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACa < 3:454142/141‑1 (MQ=255) aaaTGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACa < 1:669140/141‑1 (MQ=255) cTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATAGACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGAGGTATCTCTATATTTACTGAAGTTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTGCATGAtt > 2:355367/1‑141 (MQ=255) gACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCa > 4:159942/1‑141 (MQ=255) aacAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGAATCAt < 1:956651/139‑1 (MQ=255) aCCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCAt > 2:656984/1‑141 (MQ=255) ccAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATCCTTTAACCGAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATg > 1:575183/1‑141 (MQ=255) accaGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATg > 4:50890/4‑141 (MQ=255) cAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCACACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGt > 1:575544/1‑141 (MQ=255) cAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGt > 1:206905/1‑141 (MQ=255) gTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTaga < 2:80754/141‑1 (MQ=255) tACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTagag < 2:37072/141‑1 (MQ=255) aCTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAgg < 2:902085/141‑1 (MQ=255) cTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGa < 2:937252/141‑1 (MQ=255) ttATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGAt < 1:824894/141‑1 (MQ=255) aTCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGc > 3:439045/1‑141 (MQ=255) gTTATATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAg < 1:500233/141‑1 (MQ=255) aaaTTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAgggg > 3:360454/1‑141 (MQ=255) aaaTTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAgggg < 2:680842/141‑1 (MQ=255) aaTTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGt < 1:94965/141‑1 (MQ=255) aaTTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGt > 3:116989/1‑141 (MQ=255) aTTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGtt < 1:309996/141‑1 (MQ=255) ttAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGttt < 2:831498/141‑1 (MQ=255) aGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGTTTAt > 4:159756/1‑141 (MQ=255) gCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGTTTAtt > 1:678375/1‑141 (MQ=255) cGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGTTTAttt > 2:548003/1‑141 (MQ=255) cGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGTTTAttt > 3:255824/1‑141 (MQ=255) gATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGTTTAtttt < 3:58814/141‑1 (MQ=255) tataCTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGTTTATTTTGa > 4:303702/1‑141 (MQ=255) taCTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGTTTATTTTGaaa > 1:1021649/1‑141 (MQ=255) | TAATAGACATGTATATTAGCTAAAAACTATATGCAATCACGAAATTAAATGATAAAATACAGTAATGTTAAATTTTGACTAAATTCAAGGGATTTATATTAAATGCTGACCAAGTACTTATCGTTAAATTAGCGATATACTTTGACCAAACTAATATAAATCTCTTGTATTGTATAAGAAATGATGATGTATCTCTATATTTACTGAAGGTTCAATTCGGTCTAATTTTATAGAAGGTACATGATTCATGTAGAGGATGCGAGGGGTTTATTTTGAAA > USA300TCH1516_ALE/1390494‑1390771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |