| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,451,633 | 0 | C | T | 5.7% | 368.0 / 4.6 | 117 | A763A (GCG→GCA) | odhA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase E1 component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/62); new base T (4/3); total (51/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GCTTGATATGATTCTGTCAAAATTGGCTCAAATCCACCAGAAGTAAATTCATCAATTGGTTTTGCAACTGTTTTATTTCTCAGTAAGC‑TTTTT‑GGTGACATAACAACCAATGGTCGCATTTGTTCAGAATCTAAACTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCATATGCATGAGG > USA300TCH1516_ALE/1451493‑1451773 | ttGATATGATTCTGTCAAAATTGGCTCAAATCCACCAGAAGTAAATTCATCAATTGGTTTTGCAACTGTTTTATTTCTCATTAAGC‑TTTTT‑GGTGACATAACAACCAATGGTCGCATTTGTTCAGAATCTAAACTAGCCGc < 4:211607/141‑1 (MQ=255) tGATATGATTCTGTCAAAATTGGCGCAAATCCACCAGAAGTAAATTCATCAATTGGTTTTGCAACTGTTTTATTTCTCAGTAAGC‑TTTTT‑GGTGACATAACAACCAATGGTCGCATTTGTTCAGAATCTAAACTAGCCGCt < 1:46984/141‑1 (MQ=255) tattatTCTGTTAAAATTGGCTTAAATTTACCAGAAGTAAATTCATCAATTGGTTTTGCAACTGTTTTATTTCTCAGTAAGC‑TTTTT‑GTTGACATAACAACTAATGGTCTCATTTTTTCAGAATCTAAACTAGCCTCTtgt < 4:350307/141‑1 (MQ=255) tatGATTCTGTCAAAATTGGCTCAAATCCACCAGAAGTAAATTCATCAATTGGTTTTGCAACTGTTTTATTTCTCAGTAAGC‑TTTTT‑GGTGACATAACAACCAATGGTCGCATTTGTTCAGAATCTAAACTAGCCGCTtgt > 1:1016572/1‑141 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(MQ=255) aTCTAAACTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGTAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTc < 1:1007185/141‑1 (MQ=255) cTAAACTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCat < 3:276022/141‑1 (MQ=255) tAAACTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCatg < 1:805227/141‑2 (MQ=255) tAAACTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCata > 2:109870/1‑141 (MQ=255) tAAACTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCata < 1:808220/141‑1 (MQ=255) aaCTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATg < 4:73090/118‑1 (MQ=255) aaCTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATg > 3:73090/1‑118 (MQ=255) aaCTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCatgca < 3:184965/141‑4 (MQ=255) aCTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCATATGc > 4:217612/1‑141 (MQ=255) tAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCATATGCAt < 2:492443/141‑1 (MQ=255) gCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCATATGCATGa < 2:544314/141‑1 (MQ=255) cGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCATATGCATGAgg > 2:613849/1‑141 (MQ=255) cGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCATATGCATGAgg > 3:105614/1‑141 (MQ=255) | GCTTGATATGATTCTGTCAAAATTGGCTCAAATCCACCAGAAGTAAATTCATCAATTGGTTTTGCAACTGTTTTATTTCTCAGTAAGC‑TTTTT‑GGTGACATAACAACCAATGGTCGCATTTGTTCAGAATCTAAACTAGCCGCTTGTGCACGCAATAAGTGGAAATAATTACTTGAACTAGATAAGTTGACAACTGTGCAATTATTTTCAGCAGCTAATTGTAAAAATCGCTCTAATCTTGCTGATGAATGTTCAGGCCCTTGACCCTCATATGCATGAGG > USA300TCH1516_ALE/1451493‑1451773 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |