| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,460,199 | T→A | 5.1% | intergenic (‑231/+169) | USA300HOU_RS07250 ← / ← USA300HOU_RS07255 | hypothetical protein/putative CtpA‑like serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,460,199 | 0 | T | A | 5.1% | 378.8 / 7.9 | 119 | intergenic (‑231/+169) | USA300HOU_RS07250/USA300HOU_RS07255 | hypothetical protein/putative CtpA‑like serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/60); new base A (2/4); total (54/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
AATGAAAAATAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATA > USA300TCH1516_ALE/1460059‑1460336 | aatgaaAAATAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTAt < 2:757715/141‑1 (MQ=255) atgaaAAATAGTAATTATCACACTATGGAAAAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATc < 2:612649/141‑1 (MQ=255) gaaAAATAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAg < 4:359100/141‑1 (MQ=255) aaaaTAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCg < 3:153405/141‑1 (MQ=255) aaaTAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCga < 1:637114/141‑1 (MQ=255) aaaTAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCga > 2:901131/1‑141 (MQ=255) aaaTAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCga > 3:241941/1‑141 (MQ=255) aaaTAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCga < 1:316938/141‑1 (MQ=255) aTAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCgatg > 1:745309/1‑141 (MQ=255) aGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCgatgat < 2:537746/141‑1 (MQ=255) gTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTTCTTGCATATTAAACCATTAATTGTTATAATCGATGATa > 2:182066/1‑141 (MQ=255) gTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATa > 2:162738/1‑141 (MQ=255) aaTTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGa < 1:739757/141‑1 (MQ=255) aTTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGaa > 1:916584/1‑141 (MQ=255) aTTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGaa > 1:539394/1‑141 (MQ=255) tATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAAt < 1:18422/141‑1 (MQ=255) aTCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAAtt > 4:179217/1‑141 (MQ=255) aTCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAAtt < 2:489975/141‑1 (MQ=255) cacTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGt > 2:494195/1‑141 (MQ=255) cacTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGt > 1:1069513/1‑141 (MQ=255) ggATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTag > 2:39439/1‑140 (MQ=255) aTAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTAcat > 4:1869/1‑141 (MQ=255) aTAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTAcat < 2:1040214/141‑1 (MQ=255) aaaTAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCAtt < 1:887485/141‑1 (MQ=255) aaaTAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCAtt < 2:717415/141‑1 (MQ=255) aaTAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCAttt > 2:395727/1‑141 (MQ=255) aaTAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCAttt < 1:446812/141‑1 (MQ=255) aTAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTAcaaatgatg < 1:641018/141‑8 (MQ=255) aTAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTg < 1:824415/141‑1 (MQ=255) aaCCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTa > 1:909884/1‑141 (MQ=255) aCCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTaa < 2:839912/141‑1 (MQ=255) aCCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTaa < 4:400840/141‑1 (MQ=255) aaGTATCATATACCAATTAATGGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATTTGCTCATGGCATAGTAAACCAGGAATTGGTATGAGCGATTATAGAAATTGCGGTATTTACATCATTTGGAAATGTCGaa > 3:456195/1‑141 (MQ=255) gTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAAtt < 1:233632/141‑1 (MQ=255) tATCATANACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTACCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCCAAttt < 2:813570/141‑1 (MQ=255) aTCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTta < 4:241941/141‑1 (MQ=255) tCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTtat > 4:235763/1‑141 (MQ=255) cATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTtata < 1:416762/141‑1 (MQ=255) cATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTtata < 2:472238/141‑1 (MQ=255) taCCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCtt < 2:744544/141‑1 (MQ=255) ccAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATTAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCtttt < 2:207379/141‑1 (MQ=255) cAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCttttt > 2:591676/1‑140 (MQ=255) cAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTa > 4:72537/1‑141 (MQ=255) cAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTAATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTAAATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCttttt > 4:413938/1‑140 (MQ=255) attaattGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTaga < 3:49797/141‑1 (MQ=255) attaattGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTaga < 2:941561/141‑1 (MQ=255) taattGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGt < 1:1018359/141‑1 (MQ=255) taattGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGt < 4:150187/141‑1 (MQ=255) tgattgTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGa > 1:42512/1‑141 (MQ=255) gattgTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGAc > 2:611198/1‑141 (MQ=255) ttgTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGt < 1:620712/141‑1 (MQ=255) ttgTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTAATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTAAATCATTTGTAAATGTCTTATTTATATAATTTTGAGTTAGaaga > 2:472804/1‑138 (MQ=255) tgTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAATCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTc < 4:180375/141‑1 (MQ=255) tgTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTc < 2:347215/141‑1 (MQ=255) tgTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTc < 2:751397/141‑1 (MQ=255) ttAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCaa > 2:141521/1‑141 (MQ=255) aaaaCTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAACTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTATATCTTTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCaata > 3:316883/1‑141 (MQ=255) aCTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCaataaaa < 2:883800/141‑1 (MQ=255) gTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCaataaaaataa > 2:1003790/1‑141 (MQ=255) gTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCaataaaaataa < 1:569762/141‑1 (MQ=255) ataataCTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAacac > 1:4652/1‑141 (MQ=255) taataCTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACg > 2:1075763/1‑141 (MQ=255) taataCTAGTGAAAAAGTATATGCTCATAGTATATTAAAGCATGAATTGTTAACAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGGGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACg < 2:40076/141‑1 (MQ=255) aataCTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGc < 3:87628/141‑1 (MQ=255) ataCTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGcc > 1:979610/1‑141 (MQ=255) tATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGcctcct < 2:511630/141‑1 (MQ=255) tATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGcctcct < 4:408241/141‑1 (MQ=255) ttAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTaaa < 2:592279/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAAtt < 3:39594/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAAtt > 1:31101/1‑141 (MQ=255) aaaaaGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAAtt < 1:733361/141‑1 (MQ=255) aaaaGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTg > 2:1049554/1‑141 (MQ=255) aGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTa > 2:240218/1‑141 (MQ=255) aGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTa > 2:240178/1‑141 (MQ=255) aGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACAGCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTa > 1:214569/1‑141 (MQ=255) tatGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCtt < 1:168650/141‑1 (MQ=255) atGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATAttt > 4:414139/1‑141 (MQ=255) tGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTg > 2:974078/1‑141 (MQ=255) tCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCaa > 2:900754/1‑141 (MQ=255) tGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAAttt < 2:539394/141‑1 (MQ=255) atatTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGCGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTCagg > 2:225944/1‑141 (MQ=255) ttAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTaggagg < 4:101318/141‑1 (MQ=255) ttAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTaggagg < 2:274077/141‑1 (MQ=255) aaaCCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCg > 1:292149/1‑141 (MQ=255) agcATGAATTGTTAACAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGGGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAAGCgtg < 3:203873/139‑1 (MQ=255) aCCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCgtg > 1:995365/1‑141 (MQ=255) tGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCAt < 1:421756/141‑1 (MQ=255) gAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCAtt < 2:714819/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTa < 3:169292/141‑1 (MQ=255) aTTGTTAACAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAAt < 3:365802/49‑1 (MQ=255) aTTGTTAACAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAAt > 4:365802/1‑49 (MQ=255) ttGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTCCATCATTTGTAAATGTCTCATTTCTATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCACATTTAGGAGGCGCGTCATTAAc > 2:321659/1‑141 (MQ=255) ttGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCaa > 1:794887/1‑119 (MQ=255) ttGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCaa < 2:794887/119‑1 (MQ=255) tGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACa < 4:164846/141‑1 (MQ=255) tGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACa < 1:1018539/141‑1 (MQ=255) tGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACa < 1:994377/141‑1 (MQ=255) gTTATCAGCGATGATAGAAATGGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAAGTTAGGAGGCGTGTCATTAACat > 2:1083279/1‑141 (MQ=255) ttATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACata > 3:49119/1‑141 (MQ=255) ttATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACata > 1:944544/1‑141 (MQ=255) | AATGAAAAATAGTAATTATCACACTATGGGATAAAAATAACCAATAAAAGTATCATATACCAATTAATTGATTGTTAAAACTAGTGAATAATACTATTTAAAAAGTATATGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATA > USA300TCH1516_ALE/1460059‑1460336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |