| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,480,988 | A→C | 5.7% | A7012A (GCT→GCG) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,480,988 | 0 | A | C | 5.7% | 395.9 / 12.1 | 133 | A7012A (GCT→GCG) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/68); new base C (5/3); total (62/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GCATCAACATTGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATATTTTCAGCATTATGAACCGCT > USA300TCH1516_ALE/1480848‑1481123 | gcATCAACATTGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTa > 4:135074/1‑141 (MQ=255) cATCAACATTGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTTTGCTTCTGCAACATTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTACATGGCTTAACCCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAg < 2:824134/141‑1 (MQ=255) aTCAACATTGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGc > 2:633313/1‑141 (MQ=255) aTCAACATTGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGc < 4:449522/141‑1 (MQ=255) cATTGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCTTTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCATTTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCttttt > 1:552630/1‑141 (MQ=255) cATTGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCttttt < 3:416691/141‑1 (MQ=255) ttGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCa < 3:288217/141‑1 (MQ=255) ttGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCa < 1:385785/141‑1 (MQ=255) tGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCaa < 3:367065/141‑1 (MQ=255) tGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCaa < 3:367075/141‑1 (MQ=255) gTTTGCTTTTTGTTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTCGCTTTTTCAAg < 3:244784/141‑1 (MQ=255) gTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAg > 2:146466/1‑141 (MQ=255) gTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAg < 1:875664/141‑1 (MQ=255) ttGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGt > 3:129358/1‑141 (MQ=255) ttGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGt < 1:10823/141‑1 (MQ=255) tGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGtt > 1:729222/1‑141 (MQ=255) gCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGttt > 1:134092/1‑141 (MQ=255) tttttGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTg < 1:595948/141‑1 (MQ=255) tttttGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGAAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTg > 1:303285/1‑141 (MQ=255) gCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTAc > 2:320632/1‑141 (MQ=255) tCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCa < 3:160239/141‑1 (MQ=255) cATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCAt < 3:427381/141‑1 (MQ=255) tttACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCCTTTGTTACATGGCTTAAACCGTCCATTGCTGTATTGGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCAtg < 1:1030428/140‑2 (MQ=255) aTTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCAtt > 3:239631/1‑141 (MQ=255) aCCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAg > 4:424198/1‑141 (MQ=255) ccTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAgc < 2:576481/141‑1 (MQ=255) cTTGTGCTTTTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAgcg < 4:360210/141‑1 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1:146398/1‑141 (MQ=255) gtgCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTGTTGAGTACCATTAAGCgctg < 4:111234/141‑1 (MQ=255) tgCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCgctgc < 3:282760/141‑1 (MQ=255) tGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGt < 2:515378/141‑1 (MQ=255) cAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAg < 3:394244/141‑1 (MQ=255) aCAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTACACCGTCCATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCa < 1:270057/141‑1 (MQ=255) aCAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCa < 4:113004/141‑1 (MQ=255) cAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCAt < 1:474959/141‑1 (MQ=255) agtagtCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTTTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCATTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCAtt > 2:968884/1‑141 (MQ=255) tagtCGATTGTTGTACCAATATTTTTATTTGCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAATGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCa < 2:1081527/141‑1 (MQ=255) gtCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACt < 3:393564/141‑1 (MQ=255) cGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTTTGTATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTg > 4:355698/1‑141 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gTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCaa > 2:844579/1‑141 (MQ=255) ttAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTTTGTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACGATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACtt > 3:42689/1‑141 (MQ=255) ttAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACtt < 2:151030/141‑1 (MQ=255) ttAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGGTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTCCAACtt > 1:515343/1‑141 (MQ=255) tAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTg > 1:601262/1‑141 (MQ=255) tctTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTCGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGTATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTa > 1:656000/1‑141 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tCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAata > 3:298511/1‑141 (MQ=255) aaTTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATAtt < 1:396526/141‑1 (MQ=255) aTTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAGAATAttt < 2:168434/141‑1 (MQ=255) tcTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATATTTTCa < 2:1017206/140‑1 (MQ=255) tATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCCCGTTAGTACCTGGAGATTTATTTAAAATATTTTCAGCAt > 1:754111/1‑141 (MQ=255) tttGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATATTTTCAGCATTa > 2:469534/1‑141 (MQ=255) ttGCGTGNTGTTTAGCTTTTTCAATGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATATTTTCAGCATTAt < 2:811048/141‑1 (MQ=255) gCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATATTTTCAGCATTATGa < 1:120925/141‑1 (MQ=255) tgttgtTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATATTTTCAGCATTATGAAcc > 4:184342/1‑141 (MQ=255) ttgttTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATATTTTCAGCATTATGAACCGc > 2:929677/1‑141 (MQ=255) tgttTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTCCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATATTTTAAGCAGTATGATCCGCt < 1:801304/141‑1 (MQ=255) | GCATCAACATTGTTTGCTTTTTGCTCATTACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGCTGCTTCAACTTGATCTTTAGGCACGTTCGTACCTGTAGATTTATTTAAAATATTTTCAGCATTATGAACCGCT > USA300TCH1516_ALE/1480848‑1481123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |