| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 99,276 | 0 | G | C | 5.8% | 452.8 / 17.2 | 138 | intergenic (+70/+2) | USA300HOU_RS00465/tetA_1 | hypothetical protein/Tetracycline resistance protein, class C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/63); new base C (3/5); total (70/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TCTAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTAAAAA > USA300TCH1516_ALE/99137‑99415 | tCTAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACgg < 2:627599/141‑1 (MQ=255) tAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACCGTc < 2:427375/141‑1 (MQ=255) aGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCa > 2:1022250/1‑141 (MQ=255) aGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCa > 3:198645/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gagTGACCGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCTTGTTTTGTTACCAAGCAGCAGTGTAATAAATATGTGTAAGGAAAAAAAGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATCAATTTCATTAACACATCttac > 4:141775/1‑139 (MQ=255) agTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCt < 3:230678/141‑1 (MQ=255) agTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCt < 1:1077007/141‑1 (MQ=255) agTGACCGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCt < 4:220552/141‑1 (MQ=255) gTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTa < 2:380782/141‑1 (MQ=255) gTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTa > 1:303674/1‑141 (MQ=255) gACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaaa > 2:876837/1‑141 (MQ=255) gACGGTCACTCTTCTTNATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTCTCATTAATTTCCTTAATCCATCTTCCTaaa > 1:863798/1‑141 (MQ=255) cGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaaaaa < 3:419975/141‑1 (MQ=255) | TCTAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTAAAAA > USA300TCH1516_ALE/99137‑99415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |