| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,489,391 | C→T | 6.2% | P4211P (CCG→CCA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,489,391 | 0 | C | T | 6.2% | 387.5 / 10.0 | 128 | P4211P (CCG→CCA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/58); new base T (5/3); total (67/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TTTGTTAAGTGTGATAATGTATTTAAGTTTTGCTTAGCAGTGTTTTGTGCATTTCTTAAGTTTTCAGCACCGTTTAAACCATTTTTAGCATTATTCACTTGTGTTGTAGCTTGGGTAATCGCACTAGTATCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATACTATCTCTTAAGCCTTT > USA300TCH1516_ALE/1489254‑1489531 | tttGTTAAGTGTGATAATGTATTTAAGTTTTGCTTAGCAGTGTTTTGTGCATTTCTTAAGTTTTCAGCACCGTTTAAACCATTTTTAGCATTATTCACTTGTGTTGTAGCTTGGGTAATCGCACTAGTATCCATAGTCGGa < 1:298566/141‑1 (MQ=255) ttGTTAAGTGTGATAATGTATTTAAGTTTTGCTTAGCAGTGTTTTGTGCATTTCTTAAGTTTTCAGCACCGTTTAAACCATTTTTAGCATTATTCACTTGTGTTGTAGCTTGGGTAATCGCACTAGTATCCATAGTCGGAt > 2:132736/1‑141 (MQ=255) gTTAAGTGTGATAATGTATTTAAGTTTTGCTTAGCAGTGTTTTGTGCATTTCTTAAGTTTTCAGCACCGTTTAAACCATTTTTAGCATTATTCACTTGTGTTGTAGCTTGGGTAATCGCACTAGTATCCATAGTCGGATTg < 1:894501/141‑1 (MQ=255) tAAGTGTGATAATGTATTTAAGTTTTGCTTAGCAGTGTTTTGTGCATTTCTTAAGTTTTCAGCACCGTTTAAACCATTTTTAGCATTATTCACTTGTGTTGTAGCTTGGGTAATCGCACTAGTATCCATAGTCGGATTGtt > 2:449856/1‑141 (MQ=255) 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gCACTAGTCTCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATa < 2:36666/141‑1 (MQ=255) gCACTAGTATCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCTCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGTGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATa < 3:119714/141‑1 (MQ=255) cACTAGTATCCATAGTCGGATTGTTTGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATAc < 4:167297/141‑1 (MQ=255) cACTAGTATCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATAc > 4:32501/1‑141 (MQ=255) aCTAGTATCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATACt < 2:90728/141‑1 (MQ=255) cTAGTATCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATACTa < 1:901818/141‑1 (MQ=255) aGTATCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACCGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATACTAtc > 1:246974/1‑141 (MQ=255) gTATCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATACTAtct > 4:423649/1‑141 (MQ=255) tATCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATACTAtctc > 1:704187/1‑141 (MQ=255) aTCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATACTATctct < 1:1065408/141‑1 (MQ=255) cGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATACTATCTCTTAAGCCttt > 1:37659/1‑141 (MQ=255) | TTTGTTAAGTGTGATAATGTATTTAAGTTTTGCTTAGCAGTGTTTTGTGCATTTCTTAAGTTTTCAGCACCGTTTAAACCATTTTTAGCATTATTCACTTGTGTTGTAGCTTGGGTAATCGCACTAGTATCCATAGTCGGATTGTTAGTTTGATTAATGATACCTTTCGCATTTGACACAGCGCTATTATATGTTGATTGGTTATTCGGACTTGCGTCTGTATAGTTTTGACTTGTTTTGACTGTTGTTTCGTTAGCAATACTATCTCTTAAGCCTTT > USA300TCH1516_ALE/1489254‑1489531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |