| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,501,244 | A→G | 5.0% | N260N (AAT→AAC) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,501,244 | 0 | A | G | 5.0% | 299.1 / 4.2 | 99 | N260N (AAT→AAC) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/52); new base G (3/2); total (45/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GAAGCATTGATATATGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGTATTAATCTTATCAAA > USA300TCH1516_ALE/1501104‑1501384 | gAAGCATTGATATATGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTa > 3:144590/1‑141 (MQ=255) gCATTGATATATGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTAttt < 2:777380/141‑1 (MQ=255) cATTGATATATGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTg > 2:998627/1‑141 (MQ=255) cATTGATATATGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTg < 2:1060266/141‑1 (MQ=255) gATATATGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACg < 2:517032/141‑1 (MQ=255) atatatGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGt > 1:264304/1‑141 (MQ=255) tatatGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTc > 1:592901/1‑141 (MQ=255) atGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGc < 1:545153/141‑1 (MQ=255) tACCAACAGGATAGCCCTAACCATCATGATCATGTCGTTCGAATGATGACAATTCATCATTGTGATAGTCTGATACTTATCTATGCTCTGCATCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAg < 3:177771/141‑1 (MQ=255) tACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAg < 2:868378/141‑1 (MQ=255) tACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAg < 4:216860/141‑1 (MQ=255) cAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCt < 2:320195/141‑1 (MQ=255) aCAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGt < 1:159784/141‑1 (MQ=255) cAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGtt < 1:708804/141‑1 (MQ=255) cAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGtt < 1:321164/141‑1 (MQ=255) ggATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGa < 1:959465/141‑1 (MQ=255) ggATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGa > 1:272181/1‑141 (MQ=255) ggATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAAAATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTTAACGTTGGCTACTATGTTGa > 4:337156/1‑141 (MQ=255) tAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCATCCGCACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGt < 2:895015/141‑1 (MQ=255) tAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGt < 1:697668/141‑1 (MQ=255) tAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGt > 1:870486/1‑141 (MQ=255) gCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTg > 1:111665/1‑141 (MQ=255) cccGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGa < 4:448153/141‑1 (MQ=255) cccGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGa < 3:139227/141‑1 (MQ=255) ccGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAg > 2:693692/1‑141 (MQ=255) cGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGACTTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGACTTCTCTTTGTACGCCCGCTCGTCTGTTGACGTTGAgg > 2:213117/1‑141 (MQ=255) cGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAgg < 1:224785/141‑1 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tCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCa > 1:914420/1‑141 (MQ=255) tCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTAGACTCAACAGAACGCGTTTGCATTCTGTTTGCTCGCGGGTCAGCGAAAGGGCAATGAGGCATTGTACGAATTAAAGCa > 1:753999/1‑141 (MQ=255) aCATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACa > 3:13165/1‑141 (MQ=255) aCATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACa > 3:93479/1‑141 (MQ=255) cATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAg > 2:315002/1‑141 (MQ=255) cATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAg < 1:18349/141‑1 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tGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTAtgcaagttgcaa < 2:597831/141‑1 (MQ=255) tACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTc > 4:140869/1‑141 (MQ=255) cTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCtt > 2:571017/1‑141 (MQ=255) taTCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCttta > 1:477800/2‑141 (MQ=255) gATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCttta > 4:429499/1‑141 (MQ=255) gATCTAGGCTCTGCAGCTCTAGACTCAACAGAACGCGTTTGAATTCTGTTTGATCGACGGCTAGTTTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCttta < 2:475539/141‑1 (MQ=255) cTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCtttattg < 4:358099/141‑1 (MQ=255) tctGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCtttattgtttatt < 2:378491/141‑1 (MQ=255) tctGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCtttattgtttatt < 3:294074/141‑1 (MQ=255) ctGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCtttattgtttattg < 1:991593/141‑1 (MQ=255) tGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTgg < 4:193712/141‑1 (MQ=255) cAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGAt > 3:121156/1‑141 (MQ=255) cAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGAt < 3:352593/141‑1 (MQ=255) cAGCTCTAGACTCAACAGAACGCGTTTGAATTCTGTTTGATCGACGGCTAGTTTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTAATTGGAt > 1:554455/1‑141 (MQ=255) tctTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCAtt < 2:668844/141‑1 (MQ=255) gACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTg < 1:424317/141‑1 (MQ=255) tCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCt > 2:511029/1‑141 (MQ=255) aaCCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCtaa > 1:348474/1‑141 (MQ=255) aCCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCtaat < 1:162709/141‑1 (MQ=255) aCGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGt < 2:283460/141‑1 (MQ=255) cgcgTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGTa > 4:150243/1‑141 (MQ=255) cgcgTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTATACGCCTGAAAGCTGCAAGTACTTCTTGTTTATTGGATCATTCCTGCCTACTAACGTa > 1:914929/1‑141 (MQ=255) cgTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGTAtt > 1:446479/1‑141 (MQ=255) gTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGTATTa > 3:76426/1‑141 (MQ=255) gTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGTATTa > 3:122748/1‑141 (MQ=255) tttGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGTATTaa > 1:470044/1‑141 (MQ=255) gAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGTATTAATCt < 2:829433/141‑1 (MQ=255) aTTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGTATTAATCTTATCaaa < 2:995443/141‑1 (MQ=255) | GAAGCATTGATATATGTACCAACAGGATAGCCCGAACCATCATTAGCATTTTCAACATAATATGATGAATTTGCATTTTGATAGTCTGATACTGATCTAGGCTCTGCAGCTCTTGACTCAACCGAACGCGTTTGAATTCTATTTGAACGTCGGCTAGTCTGTTGACGTTGAGGCATTGTACGAATTAAAGCAACAGCTTGTTCCAATTCTTTGTATGCAAGTTGCAAGTCTTTATTGTTTATTGGATCATTACTGCCTAATAACGTATTAATCTTATCAAA > USA300TCH1516_ALE/1501104‑1501384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |