| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,504,143 | T→C | 5.9% | E383E (GAA→GAG) | steT ← | Serine/threonine exchanger SteT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,504,143 | 0 | T | C | 5.9% | 338.2 / 9.0 | 119 | E383E (GAA→GAG) | steT | Serine/threonine exchanger SteT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/49); new base C (4/3); total (66/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ACTGGTATACCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCATGATGATAGCGATTATAAGTT > USA300TCH1516_ALE/1504003‑1504282 | aCTGGTATACCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGt < 1:229978/141‑1 (MQ=255) ggTATACCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTcc > 1:650753/1‑141 (MQ=255) ggTATACCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTcc > 1:1087433/1‑141 (MQ=255) ggTATACCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTcc > 1:192132/1‑141 (MQ=255) ggTATACCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTcc > 1:259384/1‑141 (MQ=255) ggTATACCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTcc > 1:408223/1‑141 (MQ=255) tataCCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCat > 2:662759/1‑141 (MQ=255) taCCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCatat < 2:544815/141‑1 (MQ=255) ccAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATAttt > 2:450130/1‑141 (MQ=255) ccAAGTGCTGCTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATAttt > 1:367734/1‑141 (MQ=255) aaGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTgg > 2:678084/1‑141 (MQ=255) aGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGt > 1:793945/1‑141 (MQ=255) gTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGtt < 3:320321/141‑1 (MQ=255) gTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGtt > 1:44913/1‑141 (MQ=255) gTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGtt < 1:329296/141‑1 (MQ=255) tGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACg > 4:164144/1‑141 (MQ=255) gTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGt < 2:916121/141‑1 (MQ=255) gTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATCAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGACGCTCCATATTTGGTTCACGt > 4:123162/1‑141 (MQ=255) ttattaGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGtt < 1:41295/141‑1 (MQ=255) ttattaGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGtt < 1:638362/141‑1 (MQ=255) aGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCtt > 2:226188/1‑141 (MQ=255) aaTTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTaa > 3:199976/1‑141 (MQ=255) aaTTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATCAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGACGCTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTaa > 1:1050395/1‑141 (MQ=255) aaTTCCAATGATTGATAATATAAAATGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAACGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTaa < 4:411540/141‑1 (MQ=255) aTTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCCGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTaaa > 1:461967/1‑141 (MQ=255) tCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAat > 3:406652/1‑141 (MQ=255) cAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAatta < 1:124976/141‑1 (MQ=255) cAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAatta > 2:651244/1‑141 (MQ=255) cAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCACATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAatta > 2:386183/1‑141 (MQ=255) gATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTAc > 1:507770/1‑141 (MQ=255) aTTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTAcc < 1:1082750/141‑1 (MQ=255) tGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGc < 1:51982/141‑1 (MQ=255) tGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGc > 1:751886/1‑141 (MQ=255) tAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGcaac > 2:681587/1‑141 (MQ=255) aaTATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGcaaca < 1:724588/141‑1 (MQ=255) tataAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACaaa < 2:44913/141‑1 (MQ=255) ataAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAAt < 3:373424/141‑1 (MQ=255) taAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATg < 4:364818/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACCAATGa < 4:116096/141‑1 (MQ=255) aaTTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGAc < 3:356365/141‑1 (MQ=255) aaTTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGAc > 2:566191/1‑141 (MQ=255) aaTTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGAc > 2:393951/1‑141 (MQ=255) ttGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACAt < 2:550179/141‑1 (MQ=255) ttAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATACTGCCAAAATAGAAATTAAAGGTATGAACGGATATAAAGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACaa < 4:429788/140‑1 (MQ=255) gtAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGGCATACaa < 4:143643/141‑1 (MQ=255) tAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAAt > 2:190905/1‑141 (MQ=255) tAAACAGTGTATTAATCAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGACGCTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACAGCAACAAATGACATACAAt < 4:113951/141‑1 (MQ=255) aaaCAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATa > 4:77405/1‑141 (MQ=255) aaCAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAg > 2:452120/1‑141 (MQ=255) aaCAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCAAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGGTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATac < 2:835752/141‑2 (MQ=255) aCAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGa < 4:365310/141‑1 (MQ=255) gtgtATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGaaca < 2:952006/141‑1 (MQ=255) tgtATTAATTAAAACGAATGGTCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGaacaa > 4:204531/1‑141 (MQ=255) tgtATTAATCAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGACGCTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACAGCAACAAATGACATACAATAGaacaa > 1:367876/1‑141 (MQ=255) attaattaATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTCCTTTATATGGTCGTACAATATTTGGTTCACGATTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCa < 3:388569/141‑1 (MQ=255) attaattaATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCa > 2:241012/1‑141 (MQ=255) ttaattaaTACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCaa > 2:145591/1‑141 (MQ=255) ttaattaaTACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCaa < 1:554321/141‑1 (MQ=255) ttaattaaTACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCaa < 3:361371/141‑1 (MQ=255) ttaattaaTACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCaa > 1:415225/1‑141 (MQ=255) ttaatACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATaa < 2:554027/141‑1 (MQ=255) tACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACaaa > 2:285653/1‑141 (MQ=255) aCAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAg > 4:124308/1‑141 (MQ=255) aaTGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGAtt < 3:440193/141‑1 (MQ=255) aaTGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGAtt < 1:815184/141‑1 (MQ=255) aTGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTa > 1:318215/1‑141 (MQ=255) tGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTaa > 1:819962/1‑141 (MQ=255) aTCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACa < 1:811994/141‑1 (MQ=255) aTCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGACGCTCCATATTTGGTTCACGtt < 2:755239/78‑1 (MQ=255) aTCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGACGCTCCATATTTGGTTCACGtt > 1:755239/1‑78 (MQ=255) ccTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACata < 2:872088/141‑1 (MQ=255) ccTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACata < 4:372941/141‑1 (MQ=255) cTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACatat > 1:534391/1‑141 (MQ=255) cTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACatat > 1:998499/1‑141 (MQ=255) aaTAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTAGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTATAAt > 4:416071/1‑141 (MQ=255) gCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCTCATCAATTTACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTa > 3:87598/1‑141 (MQ=255) gCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTa > 2:1031004/1‑141 (MQ=255) gCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTa > 2:946546/1‑141 (MQ=255) gCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTa > 4:244894/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATc < 3:89416/141‑1 (MQ=255) aTGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑Tccc < 3:189423/141‑1 (MQ=255) aTGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑Tccc < 1:199642/141‑1 (MQ=255) aTCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCAtt < 2:609532/141‑1 (MQ=255) cGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGa > 2:346584/1‑141 (MQ=255) gATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGAca > 2:846250/1‑141 (MQ=255) gATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGAca > 3:341654/1‑141 (MQ=255) tataACGGTACTTTATATGGACGCTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACAGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATGTTTGTTATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGAcatc < 2:952616/141‑1 (MQ=255) aCGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCatga < 1:205366/141‑1 (MQ=255) aCGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCatga > 3:192452/1‑141 (MQ=255) aCGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATCAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCatga > 1:1012104/1‑141 (MQ=255) cGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCatgat < 4:398433/141‑1 (MQ=255) cGGTACTCTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATC‑AATGCGCCCCATTGACATCatgat < 2:1087433/141‑1 (MQ=255) ttATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCATGATGATAGCg > 3:427120/1‑141 (MQ=255) tataTGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCATGATGATAGCGa < 2:456386/141‑1 (MQ=255) tataTGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCATGATGATAGCGa < 2:408223/141‑1 (MQ=255) tataTGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCATGATGATAGCGa < 2:192132/141‑1 (MQ=255) atGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCTTGATGATAGCGATta < 2:923411/141‑1 (MQ=255) atGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCATGATGATAGCGATta < 3:150668/141‑1 (MQ=255) tCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑CCCCATTGACATCATGATGATAGCGATTATAAg > 2:1053772/1‑141 (MQ=255) gTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCATGATGATAGCGATTATAAGtt > 2:881445/1‑141 (MQ=255) | ACTGGTATACCAAGTGCTGTTATTAGAATTCCAATGATTGCTAATATAAATTGTGTAAACAGTGTATTAATTAATACAAATGATCCTGCCAAAATAGCAATTAAAGGTATGATCGGATATAACGGTACTTTATATGGTCGTTCCATATTTGGTTCACGTTTTCTTAAAATTATTACCGCAACAAATGACATACAATAGAACAACCAAATAACAAAGATTAACATATTTGTAATTGTATCAAATGC‑TCCCATTGACATCATGATGATAGCGATTATAAGTT > USA300TCH1516_ALE/1504003‑1504282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |