| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,509,367 | 0 | C | T | 5.1% | 384.0 / 4.9 | 121 | E1008K (GAG→AAG) | USA300HOU_RS07370 | Bacterial dynamin‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/64); new base T (2/5); total (52/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TGTTTAGGCAATGCATTTAGCATATCGTTGAAATCGATGTGCAATAATGGTTGCTCTATATTAGCTGATTCAAAGTTAAACTGAGGATTAATAATGACATGTAAATCTGCTAATTGTTGAACGATTGGTGCAATTTGCTCAGTGAGTTGCTTATTAAAGTA‑TTTTTTTATACGTTCTGTAATTAAAGATTGCTCTAAAAACAATCGTTGATGAATTTGATCTAAGTATACTCTCGTAGACACTTTCTTTTCTTCATTAAAATCACTATTTTGCGTCATTT > USA300TCH1516_ALE/1509228‑1509507 | tGTTTAGGCAATGCATTTAGCATATCGTTGAAATCGATGTGCAATAATGGTTGCTCTATATTAGCTGATTCAAAGTTAAACTGAGGATTAATAATGACATGTAAATCTGCTAATTGTTGAACGATTGGTGCAATTTGCTCa > 2:501932/1‑141 (MQ=255) tAGGCAATGCATTTAGCATATCGTTGAAATCGATGTGCAATAATGGTTGCTCTATATTAGCTGATTCAAAGTTAAACTGAGGATTAATAATGACATGTAAATCTGCTAATTGTTGAACGATTGGTGCAATTTGCTCAGTGa < 1:111697/141‑1 (MQ=255) ggCAATGCATTTAGCATATCGTTGAAATCGATGTGCAATAATGGTTGCTCTATATTAGCTGATTCAAAGTTAAACTGAGGATTAATAATGACATGTAAATGTGCTAATTGTTGAACGATTGGTGCAATTTGCTCAGTGAGt > 4:402871/1‑141 (MQ=255) ggCAATGCATTTAGCATATCGTTGAAATCGATGTGCAATAATGGTTGCTCTATATTAGCTGATTCAAAGTTAAACTGAGGATTAATAATGACATGTAAATCTGCTAATTGTTGAACGATTGGTGCAATTTGCTCAGTGAGt > 1:1040786/1‑141 (MQ=255) 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gCTCAGTGAGTTGCTTATTAAAGTA‑TTTTTTTATACGTTCTGTAATTAAAGATTGCTCTAAAAACAATCGTTGATGAATTTGATCTAAGTATACTCTCGTAGACACTTTCTTTTCTTCATTAAAATCACTATTTTGCGTCa > 2:299050/1‑141 (MQ=255) cAGTGAGTTGCTTATTAAAGTA‑TTTTTTTATACGTTCTGTAATTAAAGATTGCTCTAAAAACAATCGTTGATGAATTTGATCTAAGTATACTCTCGTAGACACTTTCTTTTCTTCATTAAAATCACTATTTTGCGTCAttt > 1:40428/1‑141 (MQ=255) | TGTTTAGGCAATGCATTTAGCATATCGTTGAAATCGATGTGCAATAATGGTTGCTCTATATTAGCTGATTCAAAGTTAAACTGAGGATTAATAATGACATGTAAATCTGCTAATTGTTGAACGATTGGTGCAATTTGCTCAGTGAGTTGCTTATTAAAGTA‑TTTTTTTATACGTTCTGTAATTAAAGATTGCTCTAAAAACAATCGTTGATGAATTTGATCTAAGTATACTCTCGTAGACACTTTCTTTTCTTCATTAAAATCACTATTTTGCGTCATTT > USA300TCH1516_ALE/1509228‑1509507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |