| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,512,101 | 0 | C | T | 6.7% | 419.5 / 11.3 | 136 | T96T (ACG→ACA) | USA300HOU_RS07370 | Bacterial dynamin‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/64); new base T (7/2); total (69/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TTTGAATCAACACCTGGTGTATCTTGCAACGTAAACCCATTTTCAAATTTAGCTGATTGAAAATTAATTTCTACAGATTCAACGTCGACATTTTGGCGATTCATTTCCCTTACTTCATCATAATTAGATAATTTGGCATACGTTTGATTCGGCAAATTAGCAATAATATCGTGATTGTCTGAAACTGACACAATAGCAGTATTACTTGTCGTTGGTACAGGTGAACTTGGTAAGATATCTTGTTCAATTAATAAATTTATCAGTGTCGATTTACCTGCAGA > USA300TCH1516_ALE/1511961‑1512241 | tGAATCAACACCTGGTGTATCTTGCAACGTAAACCCATTTTCAAATTTAGCTGATTGAAAATTAATTTCTACAGATTCAACGTCGACATTTTGGCGATTCATTTCCCTTACTTCATCATAATTAGATAATTTGGCATACGt < 3:427691/141‑1 (MQ=255) gAATCAACACCTGGTGTATCTTGCAACGTAAACCCATTTTCAAATTTAGCTGATTGAAAATTAATTTCTACAGATTCAACGTCGACATTTTGGCGATTCATTTCCCTTACTTCATCATAATTAGATAATTTGGCATATGtt > 1:418571/1‑141 (MQ=255) aaTCAACACCTGGTGTATCTTGCAACGTAAACCCATTTTCAAATTTAGCTGATTGAAAATTAATTTCTACAGATTCAACGTCGACATTTTGGCGATTCATTTCCCTTACTTCATCATAATTAGATAATTTGGCATACGttt > 2:400048/1‑141 (MQ=255) aTCAACACCTGGTGTATCTTGCAACGTAAACCCATTTTCAAATTTAGCTGATTGAAAATTAATTTCTACAGATTCAACGTCGACATTTTGGCGATTCATTTCCCTTACTTCATCATAATTAGATAATTTGGCATATGTTTg > 1:711556/1‑141 (MQ=255) 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1:777303/1‑141 (MQ=255) cATACGTTTGATTCGGCAAATTAGCAATAATATCGTGATTGTCTGAAACTGACACAATAGCAGTATTACTTGTCGTTGGTACAGGTGAACTTGGTAAGATATCTTGTTCAATTAATAAATTTATCAGTGTCGATTTACCTg < 1:951805/141‑1 (MQ=255) tACGTTTGATTCGGCAAATTAGCAATAATATCGTGATTGTCTGAAACTGACACAATAGCAGTATTACTTGTCGTTGGTACAGGTGAACTTGGTAAGATATCTTGTTCAATTAATAAATTTATCAGTGTCGATTTACCTGCa < 1:524548/141‑1 (MQ=255) aCGTTTGATTCGGCAAATTAGCAATAATATCGTGATTGTCTGAAACTGACACAATAGCAGTATTACTTGTCGTTGGTACAGGTGAACTTGGTAAGATATCTTGTTCAATTAATAAATTTATCAGTGTCGATTTACCTGCAg < 1:990410/141‑1 (MQ=255) cGTTTGATTCGGCAAATTAGCAATAATATCGTGATTGTCTGAAACTGACACAATAGCAGTATTACTTGTAGTTGGTACAGCTGCTCTTCGTAAGATATCAACTCCAATTAATAAATTTATCAGTGTCGATTTACCTGCAGa > 1:158026/1‑141 (MQ=255) | TTTGAATCAACACCTGGTGTATCTTGCAACGTAAACCCATTTTCAAATTTAGCTGATTGAAAATTAATTTCTACAGATTCAACGTCGACATTTTGGCGATTCATTTCCCTTACTTCATCATAATTAGATAATTTGGCATACGTTTGATTCGGCAAATTAGCAATAATATCGTGATTGTCTGAAACTGACACAATAGCAGTATTACTTGTCGTTGGTACAGGTGAACTTGGTAAGATATCTTGTTCAATTAATAAATTTATCAGTGTCGATTTACCTGCAGA > USA300TCH1516_ALE/1511961‑1512241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |