| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,526,104 | C→T | 5.2% | S613S (TCG→TCA) | dinG_1 ← | putative ATP‑dependent helicase DinG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,526,104 | 0 | C | T | 5.2% | 421.3 / 8.2 | 134 | S613S (TCG→TCA) | dinG_1 | putative ATP‑dependent helicase DinG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/73); new base T (2/5); total (55/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
AAACGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAACTT > USA300TCH1516_ALE/1525963‑1526244 | aaaCGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGA‑TTTTAAGATAAATTTTTAATc > 1:884713/1‑141 (MQ=255) aaCGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATc > 2:186381/1‑141 (MQ=255) aaCGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATc > 3:430314/1‑141 (MQ=255) gAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGaa < 2:328657/141‑1 (MQ=255) aTGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAAt > 1:56272/1‑141 (MQ=255) aTGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAAt > 1:914547/1‑141 (MQ=255) aTGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAAt < 3:142256/141‑1 (MQ=255) aTTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGaa < 1:34776/141‑1 (MQ=255) aaTTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTa > 3:30704/1‑141 (MQ=255) aaTTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTa > 1:845016/1‑141 (MQ=255) tAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTTTAATATTTTTTTCGATAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTCATGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATg > 4:100422/1‑141 (MQ=255) tAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTCAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATg > 4:305000/1‑141 (MQ=255) aaaGTACCAGATATAAAAATGAGCGTTTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGt > 4:403950/1‑141 (MQ=255) aaaGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGt > 2:44629/1‑141 (MQ=255) aaaGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGt > 1:460959/1‑141 (MQ=255) aaaGTACCACATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGt > 1:955855/1‑141 (MQ=255) aaGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTCCAACGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTc > 3:100845/1‑141 (MQ=255) aaGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTc < 1:746861/141‑1 (MQ=255) aaGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTc > 1:694631/1‑141 (MQ=255) aaGTACCAGATACGAATATGAGCGATTTAAGTTTTTCCAATACTTGTTGTATTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTCTTAATAGAAATGAAACTAGTATGTc < 4:30341/141‑1 (MQ=255) aGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTAATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTcc > 4:424611/1‑141 (MQ=255) aCCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGc < 1:564279/141‑1 (MQ=255) gATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAACACTCATTTCGTTAATACAACTTTTACACCATAATCTTTCAAAAATAAAAGTATTTTTTATTCTTTAGATAAATTTTTAATCTAAATGAGACAAGCGTGTCGAGCtttt > 4:297941/1‑141 (MQ=255) atatAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAATTAGTATGTCCAGCTTTTa < 3:191483/141‑1 (MQ=255) taAAAATGAGTGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATTGAAATGa > 2:842672/1‑117 (MQ=255) taAAAATGAGTGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATTGAAATGa < 1:842672/117‑1 (MQ=255) taAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAAc > 2:197236/1‑141 (MQ=255) aaaaaTGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACt > 1:679906/1‑141 (MQ=255) aTGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGt < 4:171309/141‑1 (MQ=255) aTGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGt < 2:985924/141‑1 (MQ=255) aTGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCAAGCTTTTAAACTTTGt > 4:121393/1‑141 (MQ=255) tGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGtt > 1:558953/1‑141 (MQ=255) gAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTc < 2:350273/141‑1 (MQ=255) cGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGat < 2:318803/141‑1 (MQ=255) aTTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTTCAGCTTTTAGACTTTGTTCGatat > 4:374524/1‑141 (MQ=255) tAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATAtttt < 2:191279/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCCAATACTTGTTTCGTCAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTaa < 1:585684/141‑1 (MQ=255) tttttCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTaaa < 1:493400/141‑1 (MQ=255) ttttCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAAt < 1:331646/141‑1 (MQ=255) ttttCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAAt < 4:245445/141‑1 (MQ=255) ttttCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAAt < 3:58569/141‑1 (MQ=255) tttCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAAtt < 3:63573/141‑1 (MQ=255) tttCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAAtt < 4:236118/141‑1 (MQ=255) tttCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAAtt < 2:50698/141‑1 (MQ=255) tttCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAAtt < 1:446222/141‑1 (MQ=255) ttCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAAttt < 2:1055092/141‑1 (MQ=255) cAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATc > 1:269198/1‑141 (MQ=255) aaTACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCt > 2:175792/1‑141 (MQ=255) aaTACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCt < 2:1063466/141‑1 (MQ=255) aaTACATGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCt < 2:479155/141‑1 (MQ=255) tACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCttt < 1:378471/141‑1 (MQ=255) gTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATGGCGCGCATATAGACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAAt > 2:864632/1‑141 (MQ=255) gTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAAt > 3:225191/1‑141 (MQ=255) cGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATacaa < 2:400287/141‑1 (MQ=255) cGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATacaa > 3:241642/1‑141 (MQ=255) ttAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATacaaca < 3:39267/141‑1 (MQ=255) ttttACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCg < 2:772982/141‑1 (MQ=255) ttttACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCg > 2:681399/1‑141 (MQ=255) tttACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGt < 1:414600/141‑1 (MQ=255) tACAGCGTAATCTTTCACATATAAACTTTTTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTaa < 1:267167/141‑1 (MQ=255) gCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGAt < 2:576511/141‑1 (MQ=255) aaTCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTaa < 1:1054862/141‑1 (MQ=255) aTCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAAc < 1:596488/141‑1 (MQ=255) aTCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAAc < 1:1086297/141‑1 (MQ=255) tCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACt < 2:58283/141‑1 (MQ=255) tCTTTCACATATAAACGTATTGGTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTGCCGTAATGATTTAACt < 1:973872/141‑1 (MQ=255) tttCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGt > 1:244782/1‑141 (MQ=255) cacaTATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGtttt > 2:621790/1‑141 (MQ=255) cacaTATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGtttt > 1:328507/1‑141 (MQ=255) atatAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATg < 2:641908/141‑1 (MQ=255) ataAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGAc < 2:830005/141‑1 (MQ=255) taAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACt > 3:78026/1‑141 (MQ=255) taAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACt > 2:790571/1‑141 (MQ=255) taAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACt < 1:463608/141‑1 (MQ=255) aaCGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTaa < 3:121212/141‑1 (MQ=255) tATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGcc > 3:385290/1‑141 (MQ=255) aTTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCa > 1:790860/1‑141 (MQ=255) ttgttgATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCAt < 4:58628/141‑1 (MQ=255) ggttgATGTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACGTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCAtt < 2:405852/140‑1 (MQ=255) gttgATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTACTGCCAttt > 4:431051/1‑140 (MQ=255) ttGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTc < 2:11618/141‑1 (MQ=255) gagaTAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTa < 2:358916/141‑1 (MQ=255) gagaTAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATCTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTa > 1:1024835/1‑141 (MQ=255) gaTAAATTTTTAATTGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGc < 2:719813/141‑1 (MQ=255) gaTAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGc > 1:610262/1‑141 (MQ=255) tAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTTTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGt < 2:914547/141‑1 (MQ=255) tAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGt < 2:382344/141‑1 (MQ=255) tAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGt < 2:417912/141‑1 (MQ=255) tAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGt < 1:186381/141‑1 (MQ=255) tAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGt < 1:1043641/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGtt < 1:16084/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGttt > 4:414460/1‑141 (MQ=255) tttAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCTTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTtttatt < 1:496583/141‑1 (MQ=255) tttAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTtttatt > 3:250156/1‑141 (MQ=255) tAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTtttattta < 4:44935/141‑1 (MQ=255) aaTCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTaa > 1:197073/1‑141 (MQ=255) aTCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAAc > 3:76703/1‑141 (MQ=255) aTCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAAc > 1:795015/1‑141 (MQ=255) cGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAACtt > 2:220366/1‑141 (MQ=255) cGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAACtt < 2:688234/141‑1 (MQ=255) | AAACGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAACTT > USA300TCH1516_ALE/1525963‑1526244 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |