| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,550,126 | 0 | G | A | 7.0% | 254.8 / 6.4 | 88 | I162I (ATC→ATT) | USA300HOU_RS07580 | Glucosaminate ammonia‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/40); new base A (2/4); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.11e-01 | |||||||||||
TGATTTACTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATA > USA300TCH1516_ALE/1549986‑1550266 | tGATTTACTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCg > 1:610250/1‑141 (MQ=255)tGATTTACTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCg > 1:103635/1‑141 (MQ=255) tACTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAAt < 1:476522/141‑1 (MQ=255) aCTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCTATAAtt > 4:16444/1‑141 (MQ=255) aCTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAAtt < 2:443884/141‑1 (MQ=255) aCTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAAtt > 4:332334/1‑141 (MQ=255) cTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCaataataa > 2:56820/1‑139 (MQ=255) tAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTac < 2:940674/141‑1 (MQ=255) aaTGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTaca > 3:44317/1‑141 (MQ=255) aTGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTacaa > 2:166131/1‑141 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ctcCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACtt > 1:398787/1‑141 (MQ=255) ccaccaCGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTa < 4:203493/141‑1 (MQ=255) ccaccaCGATATAGAACCGGCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCACCACCGATGGCCGAATGCTGATCACCGATAATTACAACATGTTGATCAAAATACCGATGGTCCTCTTTAAAATAATGGAACACTGTa > 1:813049/1‑141 (MQ=255) ccacGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGt > 2:110836/1‑141 (MQ=255) cacGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTa < 2:210185/141‑1 (MQ=255) cGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTa > 2:391909/1‑117 (MQ=255) 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ccaccGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACAt < 2:636056/141‑1 (MQ=255) ccaccGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACAt > 1:141169/1‑141 (MQ=255) caccGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACAtt < 4:380582/141‑1 (MQ=255) caccAATAATAACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCTCCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACAtt > 1:344003/1‑141 (MQ=255) ccGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCa > 3:266305/1‑141 (MQ=255) ccGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCa > 1:174883/1‑141 (MQ=255) cGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGAGAATGATAAAAATCGACATTCAt < 2:1016109/141‑1 (MQ=255) gATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATa < 4:350495/141‑1 (MQ=255) | TGATTTACTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATA > USA300TCH1516_ALE/1549986‑1550266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |