| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,550,132 | 0 | T | A | 6.7% | 266.2 / 8.5 | 89 | V160V (GTA→GTT) | USA300HOU_RS07580 | Glucosaminate ammonia‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/41); new base A (2/4); total (44/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
ACTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATAAACATC > USA300TCH1516_ALE/1549992‑1550272 | aCTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCTATAAtt > 4:16444/1‑141 (MQ=255)aCTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAAtt < 2:443884/141‑1 (MQ=255)aCTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAAtt > 4:332334/1‑141 (MQ=255) tAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTac < 2:940674/141‑1 (MQ=255) aaTGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTaca > 3:44317/1‑141 (MQ=255) aTGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTacaa > 2:1000402/1‑141 (MQ=255) aTGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTacaa > 2:166131/1‑141 (MQ=255) aTGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTacaa > 2:734366/1‑141 (MQ=255) gtgAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCt > 4:312129/1‑141 (MQ=255) gAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCttt > 4:233876/1‑140 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tAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCTAAAGCAGCATCGATAGCAGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCtt > 4:280396/1‑141 (MQ=255) tAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCAATAATAACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCtt < 2:254412/141‑1 (MQ=255) tAATGGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCtt < 2:431371/141‑1 (MQ=255) aaTTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACTGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCttt < 1:934732/141‑1 (MQ=255) aaTTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCAATAATAACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCttt < 1:1085369/141‑1 (MQ=255) aTTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTa > 3:380582/1‑141 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cacGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTa < 2:210185/141‑1 (MQ=255) cGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTa < 1:391909/117‑1 (MQ=255) cGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTa > 2:391909/1‑117 (MQ=255) gATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCAATAATAACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAAt > 3:99259/1‑141 (MQ=255) atatAGAGCCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATc > 3:115076/1‑141 (MQ=255) atatAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGCACACTTTAGGTAAATc > 2:70257/1‑141 (MQ=255) atatAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATc < 4:264401/141‑1 (MQ=255) gAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCAc > 3:445998/1‑141 (MQ=255) gAACCGTCACGTTAGCACCAACTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTAGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAAATAAACACCTTAGGTAAAtacaaac > 4:198199/1‑135 (MQ=255) aCCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCt > 1:683253/1‑141 (MQ=255) cGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTc < 1:600118/141‑1 (MQ=255) gTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCa > 2:923925/1‑141 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2:862020/1‑141 (MQ=255) aaTTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATAAAc < 1:272027/141‑1 (MQ=255) aTTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGACCACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCCACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGTCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATAAACa < 1:574133/141‑1 (MQ=255) ttACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATAAACAt > 1:715035/1‑141 (MQ=255) ttACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATAAACAt > 1:799386/1‑141 (MQ=255) ttACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATAAACAt > 3:284417/1‑141 (MQ=255) ttACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATAAACAt < 2:941400/141‑1 (MQ=255) tACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATAAACATc < 2:389435/141‑1 (MQ=255) | ACTAATGCTGTGAAATTTGGAAGTATCCACGGTTTAATTGAAGGCGAATAATCTCCACCACGATATAGAACCGTCACGTTAGCACCAGCTTTTTCCAACTCCAAAGCAGCATCGATAGCCGAATTCTTACCACCGATAATTACAACATCTTGATCAAAATACGGATGTGCCTCTTTAAAATAATGGAACACTTTAGGTAAATCCGCACCTTCAACTTCTAATGTATTATGCTGACCATAATAGCCTGTCGCGATTGTTAAAAATCGACATTCATAAACATC > USA300TCH1516_ALE/1549992‑1550272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |