| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,642,186 | G→A | 5.4% | S31S (AGC→AGT) | nusB ← | N utilization substance protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,642,186 | 0 | G | A | 5.4% | 375.6 / 4.7 | 119 | S31S (AGC→AGT) | nusB | N utilization substance protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/45); new base A (2/5); total (68/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GTTTTTAATAAACGTGCAATAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTTATCGCTTCATTTATCGTTAAATCACTGTCCTTCATTTCTAATTGAAATAAAGTTTGAAAAGCTTGCACTCGGGATTCTTTACGACTCATTTTTAACTCCTTCAAACGTTTGTATTTTTCTTTATTTAATTACTGAAT > USA300TCH1516_ALE/1642046‑1642326 | gTTTTTAATAAACGTGCAATAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAg < 1:894296/141‑1 (MQ=255) ttAATAAACGTGCAATAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGATCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCAAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAACTTa < 2:201345/141‑1 (MQ=255) ataaACGTGCAATAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTCATCg > 1:478194/1‑141 (MQ=255) aaaCGTGCAATAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTTATCGCt < 2:1031077/141‑1 (MQ=255) aatgTGCAATAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTTATCGCtt > 1:756626/4‑141 (MQ=255) tGCAATAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTTATCGCTTCAtt < 2:691949/141‑1 (MQ=255) cAATAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTTATCGCTTCATTTa > 1:464792/1‑141 (MQ=255) aTAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTACTTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCACTGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTTATCGCTTNATTTATc > 2:816084/1‑141 (MQ=255) aTAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTTATCGCTTCATTTATc > 4:159316/1‑141 (MQ=255) aTAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTTATCGCTTCATTTATc < 1:350760/141‑1 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tCTTTAATAAAGCTTATCGCTTCATTTATCGTTAAATCACTGTCCTTCATTTCTAATTGAAATAAAGTTTGAAAAGCTTGCACTCGGGATTCTTTACGACTCATTTTTAACTCCTTCAAACGTTTGTATTTTTCtttattt < 1:583378/141‑1 (MQ=255) cTTTAATAAAGCTTATCGCTTCATTTATCGTTAAATCACTGTCCTTCATTTCTAATTGAAATAAAGTTTGAAAAGCTTGCACTCGGGATTCTTTACGACTCATTTTTAACTCCTTCAAACGTTTGTATTTTTCtttattta > 4:402367/1‑141 (MQ=255) tttAATAAAGCTTATCGCTTCATTTATCGTTAAATCACTGTCCTTCATTTCTAATTGAAATAAAGTTTGAAAAGCTTGCACTCGGGATTCTTTACGACTCATTTTTAACTCCTTCAAACGTTTGTATTTTTCTTTATTTaa < 2:756626/141‑1 (MQ=255) ttAATAAAGCTTATCGCTTCATTTATCGTTAAATCACTGTCCTTCATTTCTAATTGAAATAAAGTTTGAAAAGCTTGCACTCGGGATTCTTTACGACTCATTTTTAACTCCTTCAAACGTTTGTATTTTTCTTTATTTAAt > 3:383495/1‑141 (MQ=255) ttAATAAAGCTTATCGCTTCATTTATCGTTAAATCACTGTCCTTCATTTCTAATTGAAATAAAGTTTGAAAAGCTTGCACTCGGGATTCTTTACGACTCATTTTTAACTCCTTCAAACGTTTGTATTTTTCTTTATTTAAt < 1:616049/141‑1 (MQ=255) ataaAGCTTATCGCTTCATTTATCGTTAAATCACTGTCCTTCATTTCTAATTGAAATAAAGTTTGAAAAGCTTGCACTCGGGATTCTTTACGACTCATTTTTAACTCCTTCAAACGTTTGTATTTTTCTTTATTTAATTAc > 3:240438/1‑141 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GTTTTTAATAAACGTGCAATAGTCCAATCTTTTAAATAAGGACTAATTGTCTCGTCTAATACAGGTTCGTGACCTTTAACGCCAGAAACTAGCCAATGAATAAATTCGAAGTCTAAATCTGGATTATCGTCTTTAATAAAGCTTATCGCTTCATTTATCGTTAAATCACTGTCCTTCATTTCTAATTGAAATAAAGTTTGAAAAGCTTGCACTCGGGATTCTTTACGACTCATTTTTAACTCCTTCAAACGTTTGTATTTTTCTTTATTTAATTACTGAAT > USA300TCH1516_ALE/1642046‑1642326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |