| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,664,318 | T→C | 5.3% | I30V (ATA→GTA) | pbpH ← | Penicillin‑binding protein H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,664,318 | 0 | T | C | 5.3% | 286.3 / 4.9 | 95 | I30V (ATA→GTA) | pbpH | Penicillin‑binding protein H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/45); new base C (2/3); total (47/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
TTCTGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACTTTAAATCATATATGAATTTA > USA300TCH1516_ALE/1664180‑1664456 | ttCTGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATACaa > 2:818558/1‑141 (MQ=255) tCTGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAAAATAAAtata > 3:307567/1‑141 (MQ=255) tCTGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATATAAt > 1:825112/1‑141 (MQ=255) tGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATATAATca > 3:278484/1‑141 (MQ=255) gTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATACAATcac > 2:422023/1‑141 (MQ=255) tAACATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATATAATCACAcc < 3:93081/141‑1 (MQ=255) tAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATATAATCACAcc < 2:652602/141‑1 (MQ=255) tAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATATAATCACAcc < 1:264760/141‑1 (MQ=255) aaaaTACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATATAATCACACCa > 2:171684/1‑141 (MQ=255) aaaTACGCCCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATATAATCACACCaa > 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(MQ=255) tataATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACTTTAAATCATATATGAATTTa > 2:252565/1‑141 (MQ=255) | TTCTGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGC‑‑AAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACTTTAAATCATATATGAATTTA > USA300TCH1516_ALE/1664180‑1664456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |