| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 109,964 | 0 | T | A | 5.1% | 403.4 / 10.3 | 131 | intergenic (+43/‑178) | plc/USA300HOU_RS00515 | 1‑phosphatidylinositol phosphodiesterase/putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/60); new base A (4/3); total (68/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATAAATATATGTAAT > USA300TCH1516_ALE/109824‑110101 | ggAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGAt > 4:137765/1‑141 (MQ=255)ggAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGAt > 2:445666/1‑141 (MQ=255) aaaGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGAA‑TGAAAATAGTTAGCTTc > 4:38528/1‑141 (MQ=255) gCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTaa < 3:427095/141‑1 (MQ=255) 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2:491428/1‑140 (MQ=255) gAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAAtt < 1:980352/141‑1 (MQ=255) gTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGa < 4:211673/141‑1 (MQ=255) gTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGa < 1:305852/141‑1 (MQ=255) a‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTTACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGCAATAATTCAACAATATTATAAATTAAACAGATTGTTTGTGAAAATTTTGATAATAATAAAAAGAAAAAGTGTTATAAATTGATa < 2:935814/141‑1 (MQ=255) a‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGCAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATa < 2:805980/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |