| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,119,277 | C→T | 5.6% | T319T (ACG→ACA) | smc_4 ← | Chromosome partition protein Smc |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,119,277 | 0 | C | T | 5.6% | 482.8 / 10.7 | 161 | T319T (ACG→ACA) | smc_4 | Chromosome partition protein Smc |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (73/78); new base T (4/6); total (77/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCTATTTTCTTCATGCGTGATTTGTTGTTTGTTTTGCTTTAATCTCGTTTTAAGGTTTGCTACCGTTCCATTTTCAACGTGTAATTCATTTGTTAAAGCATGGATTTTGTTCTCATTACTTGCGCTGTTATTGTCTTCTATGCGTTTCAATTCTGA > USA300TCH1516_ALE/2119137‑2119417 | tGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCTATTTTCTTCATGc > 1:637765/1‑141 (MQ=255) aaCTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCTATTTTCTTCATGCGTGAt < 4:422705/141‑1 (MQ=255) tAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTTTTTTTTTGTTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCTATTTTCTTCATGCGTGATttgttg > 2:138513/1‑141 (MQ=255) aCTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCTATTTTCTTCATGCGTGATTTgttgtt > 2:676416/1‑141 (MQ=255) 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USA300TCH1516_ALE/2119137‑2119417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |