| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,146,840 | A→T | 5.1% | intergenic (+228/+369) | USA300HOU_RS10950 → / ← hld | 2‑oxoglutaramate amidase/Delta‑hemolysin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,146,840 | 0 | A | T | 5.1% | 248.6 / 6.0 | 100 | intergenic (+228/+369) | USA300HOU_RS10950/hld | 2‑oxoglutaramate amidase/Delta‑hemolysin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/47); new base T (2/3); total (50/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ATAGATAACTCAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATTTTATTTATC > USA300TCH1516_ALE/2146701‑2146977 | ataGATAACTCAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCAt < 2:1043845/141‑1 (MQ=255) aGATAACTCAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGGTTAAAtcctcc > 2:529925/1‑141 (MQ=255) gATAACTCAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTTCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTTATtcc > 2:209932/1‑141 (MQ=255) gATAACTCAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATccc < 2:98380/141‑1 (MQ=255) cTCAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCcttctt > 1:708249/1‑141 (MQ=255) tCAGTAAGAACCCATTTCGCCCATTGTAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCttcttc < 2:709297/141‑1 (MQ=255) cAGTAAGAATCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGTGGGTCTCATAATGAGGATTAACTCTCCCcttcttta > 3:76445/1‑139 (MQ=255) cAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCa > 1:172351/1‑141 (MQ=255) aGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGGTGATTAACTCATCCCTTTTTCAt > 1:55907/1‑141 (MQ=255) aGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCAt > 3:335030/1‑141 (MQ=255) aGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCAt < 1:924190/141‑1 (MQ=255) aGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTATACAt < 4:136406/141‑1 (MQ=255) aGTAAGAACCCATTTCGCCCTGTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCAt < 3:43623/141‑1 (MQ=255) gTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTTTTTTTTTTTAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATTCCCTCTTCAtt > 2:342120/1‑141 (MQ=255) aaGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAc < 2:892011/141‑1 (MQ=255) aaGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAc > 2:628717/1‑141 (MQ=255) aaGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCCTCTTCATTAc < 1:592641/141‑1 (MQ=255) aaCCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCATGTCTCAGAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑aa‑‑‑a < 3:331425/141‑1 (MQ=255) ccATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑aa‑‑‑aaaa > 3:220664/1‑141 (MQ=255) cGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCcgc < 4:346908/141‑1 (MQ=255) gCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCcgcg < 3:404215/141‑1 (MQ=255) gCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGGCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCcgcg > 3:348192/1‑141 (MQ=255) cccTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGa > 3:32013/1‑141 (MQ=255) cccTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTAAATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGa < 2:166568/141‑1 (MQ=255) cccTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTATCATAATGATGTTTTAATCATTCCTTCTTGATTAC‑‑‑AC‑‑‑AAAAGGCcgcgc > 2:396897/1‑140 (MQ=255) ccTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACATTTTCCAACATTAGACTTATGTATATATTTGAACGTCGGGTCTCAGAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAg > 3:87634/1‑141 (MQ=255) cTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGTGGGTCTCATAATGAGGATTAACTCTCCCCTTCTTTATTACAATAA‑‑‑AAAAGGCcgcg > 4:108470/1‑141 (MQ=255) cAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTACTTGTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTggg < 1:1052680/141‑1 (MQ=255) aaaTGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAAGGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGACAGCTTgggg > 1:478762/1‑140 (MQ=255) atgaatgaTTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAgg < 2:697796/141‑1 (MQ=255) gaatgaTTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGTCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAgggg > 4:187738/1‑141 (MQ=255) tgaTTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTc < 1:316352/141‑1 (MQ=255) gaTTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATTATGATGATTAACTCATTCCTTCTTTATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAAGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCa > 1:1077786/1‑141 (MQ=255) gaTTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGGTCa > 1:797806/1‑141 (MQ=255) gaTTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCa > 3:250795/1‑141 (MQ=255) aTTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCAc > 1:489898/1‑141 (MQ=255) ttttCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACATTTCCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGGCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACg < 2:557207/141‑1 (MQ=255) tttCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTTTTTTTTTTTAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATTATGATTAACTCATTCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAATGCCTCTATCTTTGGAGGGGTTCActa > 4:77462/1‑139 (MQ=255) tttCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGa < 1:628717/141‑1 (MQ=255) tCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGAcc > 1:991599/1‑141 (MQ=255) tCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCCTCTTCATTCC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCCCCCGAcc > 2:336539/1‑141 (MQ=255) cttacttaAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATCCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCa < 4:412640/141‑1 (MQ=255) ttaaATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACtt < 4:443600/141‑1 (MQ=255) ttaaATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATCAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACtt < 1:744671/141‑1 (MQ=255) aTTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCCCGACCATACttatta > 2:988018/1‑141 (MQ=255) gATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACttattatta > 1:536783/1‑141 (MQ=255) gATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACttattatta < 2:151055/141‑1 (MQ=255) ttAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTTTCATAATGATGATTAACTCCTTCCTTCTTTATTAC‑‑‑CA‑‑‑AAAAGGCCGGGAGCTTGGGAGGGGGTGACGAATATACTTATTATTAAg > 1:710091/1‑141 (MQ=255) ttAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATTATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAg > 3:376165/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAggg < 2:621908/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAggg < 4:419790/141‑1 (MQ=255) aTTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGa > 1:321152/1‑141 (MQ=255) aTTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGa < 3:207838/141‑1 (MQ=255) ttttttGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGTCCATACTTATTATTAAGGGaa < 2:405402/141‑1 (MQ=255) tttGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGt > 1:849176/1‑141 (MQ=255) gACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGtttt > 1:707361/1‑141 (MQ=255) aCCTTTTGCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTa > 1:858096/1‑141 (MQ=255) cTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGCTTAACTCCTCCCTTCTTCCTTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTCAGGGAATGTTTTAcc > 2:148549/1‑140 (MQ=255) ttttCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAg < 4:81448/141‑1 (MQ=255) ttttCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAg < 2:471546/141‑1 (MQ=255) tttCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGTGGGTCTCATAATGAGGATTAACTCTCCCCTTCTTTATTACAATAA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTAc < 2:654532/141‑1 (MQ=255) ccAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTAt < 3:65808/141‑1 (MQ=255) cAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTAtt > 1:240351/1‑141 (MQ=255) cAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTAtt < 1:241394/141‑1 (MQ=255) aaCATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTAttt > 1:354682/1‑141 (MQ=255) aTTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTAtttttt > 1:238795/1‑141 (MQ=255) aGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCaa > 2:199688/1‑141 (MQ=255) gACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTTATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGGGGTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTTTTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAAt > 1:214958/1‑141 (MQ=255) gACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAAt > 3:84766/1‑141 (MQ=255) gACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCCTCTTCATTAC‑‑‑CA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCACACTTATTATTAAGGGAATGGTTTACAGTTATTTTTTCAAt > 1:985106/1‑141 (MQ=255) aCTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATc < 2:946112/141‑1 (MQ=255) aCTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATc < 4:330587/141‑1 (MQ=255) ttATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTa < 1:134135/141‑1 (MQ=255) aTTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTAtt > 2:349512/1‑141 (MQ=255) tatTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTgggg > 4:64063/1‑141 (MQ=255) ttttAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTGCGATCTATTTTTGGGGAt > 1:9032/1‑141 (MQ=255) tttAACGGCGGGTCTGATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTATGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATg < 2:136157/141‑1 (MQ=255) ttAACGGCTGGTTTCATAATTATTATTATCTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGTCTCTCTACCATATTTATTTTTAAGTGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGt < 2:915368/141‑1 (MQ=255) ttAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTATTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGt < 2:581431/141‑1 (MQ=255) tAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGtt < 2:991599/141‑1 (MQ=255) tAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCACTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGtt < 4:219169/141‑1 (MQ=255) tAACGGCGGGTCTAATAATGAGGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGAAGGGGCTTACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTGTCAATCTATTTTTGGGgttgtt < 4:199611/141‑1 (MQ=255) aCGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGttat > 1:777314/1‑141 (MQ=255) cggcggGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTTTTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTAGTTTTGGGGATGttatt > 1:682160/1‑141 (MQ=255) ggcggGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGttatta < 2:787423/141‑1 (MQ=255) cggGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTattaat > 1:238780/1‑141 (MQ=255) tttctcATAATGAGGCTTATCTCTCCCCTTTTTTATTACAATAA‑‑‑AAAAGGCCTCGAGGTTGGGAGGGGCTCACTACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTTGGGATGTTattaa < 4:337796/139‑1 (MQ=255) ggTCTCATAATGAGGATTAACTCTCACCTTCTTTATTAA‑‑‑AATATAAAAGGCCTCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTattaa < 4:337794/141‑1 (MQ=255) ctcATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGa < 2:489898/141‑1 (MQ=255) cccATAATGATGATTAACTCATCCCCTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGGTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGa > 4:239164/3‑141 (MQ=255) tcATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGaa < 1:474285/141‑1 (MQ=255) cATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGaaa > 3:410995/1‑141 (MQ=255) aTAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGaaaa < 2:708458/141‑1 (MQ=255) tAATGATGATTAACTCATCATTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGaaaaa < 3:229937/141‑1 (MQ=255) ggatgatTAGCGCATGACTTCGTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAAt < 2:277126/140‑1 (MQ=255) gatgatTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAAtt < 2:777314/141‑1 (MQ=255) tgatTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAAtttt > 4:419586/1‑141 (MQ=255) atTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATtttat > 1:150020/1‑141 (MQ=255) aaCTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATtttattta < 3:298194/141‑1 (MQ=255) cTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATTTTATTTATc > 4:429961/1‑141 (MQ=255) | ATAGATAACTCAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATTTTATTTATC > USA300TCH1516_ALE/2146701‑2146977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |