| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,280,118 | A→T | 6.0% | P805P (CCT→CCA) | ebh_3 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,280,118 | 0 | A | T | 6.0% | 496.0 / 16.2 | 160 | P805P (CCT→CCA) | ebh_3 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/78); new base T (4/6); total (75/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TCAGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGAAATATCTTCAGTTGCTTTTGATAAAATGTCTTCTAAAGCATTCGTAAACGCTTCTTTTTC > USA300TCH1516_ALE/2279978‑2280258 | tCAGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCa > 2:418729/1‑141 (MQ=255) aGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAgg > 1:877411/1‑141 (MQ=255) aaaTCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGAtt > 2:595602/1‑141 (MQ=255) aTCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTaa > 1:1010587/1‑141 (MQ=255) cTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATa > 2:1021674/1‑141 (MQ=255) tcgaaaTATCTACCTAGATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGt < 2:40121/138‑1 (MQ=255) tCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGt > 2:616562/1‑141 (MQ=255) aaaaTATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTtg < 3:358276/141‑1 (MQ=255) aaaaTATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTtg < 2:885027/141‑1 (MQ=255) aaaaTATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTtg < 2:774361/141‑1 (MQ=255) aaTATCTACCTAAGTCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTGATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTGACTTCAGGATTAATACGTtgtg < 2:175845/141‑1 (MQ=255) atatCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGc > 4:104150/1‑141 (MQ=255) atatCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGc < 1:761112/141‑1 (MQ=255) tatCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCt > 2:754324/1‑141 (MQ=255) cTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTa > 1:960497/1‑141 (MQ=255) cTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTa > 4:164629/1‑141 (MQ=255) tACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTCTCGCCGTTGCTACTATTACGCTTTTTTTTATTTTTTTTTTTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCATAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATTCGTTGTGCTTTaa < 1:432002/141‑1 (MQ=255) aCCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAg > 2:756134/1‑141 (MQ=255) ccTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAgt > 2:943321/1‑141 (MQ=255) cTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAgtt > 2:741825/1‑141 (MQ=255) cTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAgtt < 2:738999/141‑1 (MQ=255) 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3:166686/1‑141 (MQ=255) attttctttcGCCTATGCATCGTCATTTGCATTTTTAATTATTTCTATTTTCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTTTTCAAGCGCACTAtt < 2:287626/139‑1 (MQ=255) tctttcGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTg < 4:337958/141‑1 (MQ=255) ctttcGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGa > 3:275613/1‑141 (MQ=255) ctttcGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGa < 1:363430/141‑1 (MQ=255) tttcGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGAc > 4:62882/1‑141 (MQ=255) ttcGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACa > 1:757156/1‑141 (MQ=255) cGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGt > 1:337594/1‑141 (MQ=255) gATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCg < 2:792482/141‑1 (MQ=255) gATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTAATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTACTGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCg < 2:256228/141‑1 (MQ=255) tgcatctgcatcTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGAt > 2:453990/1‑141 (MQ=255) ctgcatTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTg < 2:253541/141‑1 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tttCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGaaa > 1:980123/1‑141 (MQ=255) aTTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGAAATATCt > 4:432016/1‑141 (MQ=255) tttGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGAAATATCtt > 1:1017445/1‑141 (MQ=255) tttGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGAAATATCtt < 2:1010587/141‑1 (MQ=255) ttGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCCGGATTGGTACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGAAATATCTTc < 1:487151/141‑1 (MQ=255) ttGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGAAATATCTTc < 1:717627/141‑1 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TCAGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGAAATATCTTCAGTTGCTTTTGATAAAATGTCTTCTAAAGCATTCGTAAACGCTTCTTTTTC > USA300TCH1516_ALE/2279978‑2280258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |