| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,330,500 | A→G | 5.5% | F161F (TTT→TTC) | lacD ← | Tagatose 1,6‑diphosphate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,330,500 | 0 | A | G | 5.5% | 491.1 / 11.8 | 160 | F161F (TTT→TTC) | lacD | Tagatose 1,6‑diphosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/71); new base G (7/2); total (87/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
ACTTCAACTTTCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCTTTTAAACG > USA300TCH1516_ALE/2330360‑2330640 | aCTTCAACTTTCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTaaa > 1:806180/1‑141 (MQ=255) ttCAACTTTCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTAAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTaaaaa < 1:866577/141‑1 (MQ=255) atctctCAATACATCACCGTTAAAGCGTGGTTCTGAAAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGATTAACTTTTTCGAATTCAACAATACCGTTATCATGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAATGaa < 4:446936/136‑1 (MQ=255) aaCTTTCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGaa > 1:831276/1‑141 (MQ=255) aaCTTTCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGaa > 2:686621/1‑141 (MQ=255) cTTTCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATg > 2:137953/1‑141 (MQ=255) tttCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATgg < 1:1028256/141‑1 (MQ=255) tttCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATgg < 1:152753/141‑1 (MQ=255) tttCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATgg < 3:174878/141‑1 (MQ=255) ttCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGa < 1:540535/141‑1 (MQ=255) cAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAat > 4:81627/1‑141 (MQ=255) cAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAat > 1:473470/1‑141 (MQ=255) aaTACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAata > 2:398908/1‑141 (MQ=255) aTACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAatat < 4:292016/141‑1 (MQ=255) aCATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATAtct > 4:115361/1‑141 (MQ=255) aCATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATAtct > 2:185065/1‑141 (MQ=255) cAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTg < 3:298809/141‑1 (MQ=255) cAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTg > 1:824757/1‑141 (MQ=255) gTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAac < 2:887081/141‑1 (MQ=255) ttAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAaca > 2:989356/1‑141 (MQ=255) aaaGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAAcaca < 2:595427/141‑1 (MQ=255) aGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACAtt > 1:662952/1‑141 (MQ=255) gCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAAGCTTTCTCGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTc > 1:934283/1‑141 (MQ=255) gCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTc > 1:734322/1‑141 (MQ=255) cGTGTNTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCt < 1:367980/141‑1 (MQ=255) cGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTTTTTTTTTTTCTCTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCt > 2:150669/1‑141 (MQ=255) cGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCt > 2:526954/1‑141 (MQ=255) gTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAGAAGAAAGGAATGTCTTCTGCAACACATTCTg > 1:271272/1‑141 (MQ=255) tGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGa > 2:970694/1‑141 (MQ=255) gTTCTGAGAATACTTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAAc < 2:270607/141‑1 (MQ=255) aataatTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCtt < 1:470575/141‑1 (MQ=255) aataatTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCtt < 2:421489/141‑1 (MQ=255) aataatTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCtt < 3:418311/141‑1 (MQ=255) atTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCaa > 1:169423/1‑141 (MQ=255) cATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTa < 2:760263/141‑1 (MQ=255) cATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTa < 1:712056/141‑1 (MQ=255) tGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGc < 2:868149/141‑1 (MQ=255) tGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGc < 1:91547/141‑1 (MQ=255) tGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGc < 1:566129/141‑1 (MQ=255) gCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTTCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGct > 2:1061960/1‑141 (MQ=255) cTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATNTATGctt > 2:814271/1‑141 (MQ=255) cTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGctt < 3:188962/141‑1 (MQ=255) ttCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGcttt > 1:301189/1‑141 (MQ=255) tCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACACGTTCTTTCAATGTATGctttc > 3:3644/1‑141 (MQ=255) gTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGctttctt > 2:847239/1‑141 (MQ=255) tAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCtttt > 1:1021987/1‑141 (MQ=255) aaCCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCGGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTg < 2:1054248/141‑1 (MQ=255) aCCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGa > 2:908189/1‑141 (MQ=255) ccTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGaa > 1:247075/1‑141 (MQ=255) cTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTa > 2:1023629/1‑126 (MQ=255) cTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAAt < 1:264605/141‑1 (MQ=255) cTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTa < 2:243007/141‑1 (MQ=255) aaCTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTCAAACGAATGGAATTTCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATttcttc < 1:214676/141‑1 (MQ=255) aCTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAGAAGAAAGGAATGTCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCa > 1:31098/1‑141 (MQ=255) aCTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAGAAGAAAGGAATGTCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCa > 1:913347/1‑141 (MQ=255) cTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAg < 3:418671/141‑1 (MQ=255) cTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATACTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAg > 3:123367/1‑141 (MQ=255) ttttGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGc < 4:271157/141‑1 (MQ=255) gCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGcatca > 2:549642/1‑141 (MQ=255) gCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGcatca > 2:549999/1‑141 (MQ=255) gCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGcatca > 2:809997/1‑141 (MQ=255) gAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATAATTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCatcatc < 2:350912/141‑1 (MQ=255) ttCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAAc < 2:649146/141‑1 (MQ=255) aaaCACAACAGTTAGCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAAGACTTCTAAAAAGGATGGAATATCTTCTGCAACACAGTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTGCTTTTGAATGTTAATTTCGTCGGCATCATCAAcat < 1:88398/140‑1 (MQ=255) acacTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAAcatca < 1:897586/141‑1 (MQ=255) acacTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAAcatca > 2:762839/1‑141 (MQ=255) cacTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAAcatcat < 4:175304/141‑1 (MQ=255) acTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTATTAGGGCTAAAATGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATa > 2:322606/1‑141 (MQ=255) acTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATa > 2:33449/1‑141 (MQ=255) acTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATa > 1:991244/1‑141 (MQ=255) acTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATa < 2:408665/141‑1 (MQ=255) acTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATa > 1:514057/1‑141 (MQ=255) acTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATa > 2:423287/1‑141 (MQ=255) cTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATag < 2:635130/141‑1 (MQ=255) cTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATag > 3:226563/1‑141 (MQ=255) tACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATagt < 1:649822/141‑1 (MQ=255) gTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATagtaaag > 1:138769/1‑141 (MQ=255) ttATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATagtaaagt < 4:197974/141‑1 (MQ=255) ttATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATagtaaagt < 2:922291/141‑1 (MQ=255) tATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATagtaaagta < 2:64368/141‑1 (MQ=255) ggAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAAt > 2:569835/1‑141 (MQ=255) gAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAAtt > 2:304462/1‑141 (MQ=255) gttgtCATCGTATGTTAATACTTCTAAGAAGAAAGGAATGTCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAAc < 2:224478/141‑1 (MQ=255) tgtCATTGTATTTTAATACTTCTAAGAAGATAGGGATGTCTTCTGCAACACATTCTGAACGGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTATGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAATGTAAGTGTTTAAAAg < 2:236109/141‑1 (MQ=255) gtCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGc > 3:318533/1‑141 (MQ=255) tCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCa > 3:191717/1‑141 (MQ=255) tCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCa > 2:315325/1‑141 (MQ=255) cATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCAt > 2:416890/1‑141 (MQ=255) cATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCAt > 1:22176/1‑141 (MQ=255) cATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACAGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCAt > 2:777772/1‑141 (MQ=255) cGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTg > 1:1014686/1‑141 (MQ=255) gTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTgc > 2:1075825/1‑141 (MQ=255) gTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTgc < 2:607818/141‑1 (MQ=255) tATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTgcg < 1:945591/141‑1 (MQ=255) gTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTNAACAGCATTTGCGCCt < 1:885845/141‑1 (MQ=255) tAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTg < 2:824757/141‑1 (MQ=255) aaTACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGt < 1:316996/141‑1 (MQ=255) aCTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCt > 1:307001/1‑141 (MQ=255) ttCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCttt < 4:254017/141‑1 (MQ=255) tAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCTTTTaa < 1:730906/141‑1 (MQ=255) | ACTTCAACTTTCAATACATCAACGTTAAAGCGTGGTTCTGAGAATAATTTCATTGCTTCGTTAACCTTTCTAGGCTTAACTTTTGCGAATTCAACACTACCGTTATCAGGAATGTTGTCATCGTATGTTAATACTTCTAAAAAGAATGGAATATCTTCTGCAACACATTCTGAACCGATTCTTTCAATGTATGCTTTCTTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCTTTTAAACG > USA300TCH1516_ALE/2330360‑2330640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |