| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,360,177 | G→T | 8.0% | intergenic (‑21/+172) | infA ← / ← adk | Translation initiation factor IF‑1/Adenylate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,360,177 | 0 | G | T | 8.0% | 384.0 / 4.1 | 126 | intergenic (‑21/+172) | infA/adk | Translation initiation factor IF‑1/Adenylate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/60); new base T (11/2); total (64/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GATTTTACCACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTAAATCATGCCT > USA300TCH1516_ALE/2360037‑2360317 | gATTTTACCACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTg > 2:891909/1‑141 (MQ=255) aTTTTACCACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGc < 1:841646/141‑1 (MQ=255) aTTTTACCACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGc < 1:518300/141‑1 (MQ=255) aTTTTACCACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGc < 3:194029/141‑1 (MQ=255) ttACCACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAAt > 1:996416/1‑141 (MQ=255) aCCACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAg > 1:936713/1‑141 (MQ=255) aCCACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAg > 3:260157/1‑141 (MQ=255) ccACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGt < 1:840592/141‑1 (MQ=255) cTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAg < 1:1019803/141‑1 (MQ=255) tACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGt > 3:21617/1‑141 (MQ=255) gTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAAt > 3:202359/1‑141 (MQ=255) gAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCg > 1:525057/1‑141 (MQ=255) aaaaTCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAAt > 3:358767/1‑141 (MQ=255) tctcATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGAc < 4:169019/141‑1 (MQ=255) tctcATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTAACTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGAc > 2:158391/1‑141 (MQ=255) ctcATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACAATGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAAACa > 4:21773/1‑141 (MQ=255) cATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAAc > 1:518881/1‑141 (MQ=255) aTGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACt > 1:631883/1‑141 (MQ=255) tGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACtt > 3:53954/1‑141 (MQ=255) aCCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTa < 1:423974/141‑1 (MQ=255) aCCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTa > 3:168642/1‑141 (MQ=255) cATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTAtt > 4:243289/1‑141 (MQ=255) tttCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGtt > 2:682149/1‑141 (MQ=255) tCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGCTTCACTTCCCTCTTTTTGTAATAGTACGGTAATAGTCAATCGACAACTTTATTGTTAc > 1:267458/1‑141 (MQ=255) cTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACg < 2:726403/141‑1 (MQ=255) cTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACg < 4:329357/141‑1 (MQ=255) aaTTCTACTTTAAACATTTCGTTCGTTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTGGTTTAGCGATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGTTAATCGTCGATAGGCTACTTTATTGTTTCGaa < 2:268276/141‑1 (MQ=255) aaTTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTTCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGaa < 2:268271/141‑1 (MQ=255) aaTTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGaa < 1:1011954/141‑1 (MQ=255) aCTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTCTCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTTCAATAGTATGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAAtctctc > 2:66299/1‑141 (MQ=255) aCTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCGTCAATCGACAACTTTATTGTTACGATTCTATc > 2:457471/1‑141 (MQ=255) tttAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAGTAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAg < 1:1062563/141‑1 (MQ=255) tttAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAg > 2:56346/1‑141 (MQ=255) tttAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAg < 1:1062562/141‑1 (MQ=255) tAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTg < 4:868/141‑1 (MQ=255) tAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTg > 1:436654/1‑141 (MQ=255) aaCATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTATAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGAt > 1:784991/1‑141 (MQ=255) aCATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGAtt > 1:594320/1‑141 (MQ=255) cATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTTCTATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTa > 4:112874/1‑141 (MQ=255) aTTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTaa < 4:275062/141‑1 (MQ=255) aTTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTaa < 1:844913/141‑1 (MQ=255) ttGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATATTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAAt > 4:185114/1‑141 (MQ=255) tGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCATTAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAAtt < 3:418210/141‑1 (MQ=255) gCGTTCGNTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAAttt < 2:814960/141‑1 (MQ=255) gCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAAttt < 2:900643/141‑1 (MQ=255) gCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAAttt < 2:748017/141‑1 (MQ=255) cGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATaa > 1:280482/1‑141 (MQ=255) cGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATaa < 2:357064/141‑1 (MQ=255) cGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATaa < 1:679985/141‑1 (MQ=255) ggTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAg > 1:319837/1‑141 (MQ=255) tAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGtt < 1:1028593/141‑1 (MQ=255) aaGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTaa < 4:260157/141‑1 (MQ=255) gTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAAc < 1:111937/141‑1 (MQ=255) gTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAAc < 1:298054/141‑1 (MQ=255) tATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACa > 2:319566/1‑141 (MQ=255) cTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTGTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTATTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTAAAACaaaa < 4:411983/141‑1 (MQ=255) aCAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTAc > 2:674964/1‑141 (MQ=255) cAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACg < 1:423451/141‑1 (MQ=255) gTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACggg < 2:774563/141‑1 (MQ=255) tACCTCCTCATTCAAGTCCCTCTTATTCAGCCCTTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGa < 2:214365/141‑1 (MQ=255) aCCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGaa > 3:398121/1‑141 (MQ=255) ccTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGaat > 1:194991/1‑141 (MQ=255) tCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGaattaa < 2:130670/141‑1 (MQ=255) cTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGaattaat < 2:34655/141‑1 (MQ=255) aaTTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAAAAAAAAAAAAATTACGGGAattaatta < 2:459513/141‑1 (MQ=255) aTTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTTCATTTGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTAt > 2:92842/1‑141 (MQ=255) aTTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATATTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTAt > 2:92906/1‑141 (MQ=255) ttCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTAAAAATAAAAAAAAAATTACGGGAATTAATTATc < 2:517188/141‑1 (MQ=255) cAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGt > 1:149338/1‑141 (MQ=255) cAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGt > 3:334847/1‑141 (MQ=255) aaTTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTTCTTTTTTATGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATACGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGtt > 4:57454/1‑141 (MQ=255) aTTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCATTTTTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGTGAATTAATTATCGTTa > 4:387444/1‑141 (MQ=255) tACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACGTCCCCCTTTTTGCATTAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGTATTAATTAGCGTTAAt < 2:389305/141‑1 (MQ=255) aCATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAAtt < 2:46148/141‑1 (MQ=255) cATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACAGGAATGTTACGAAGCTATCAGTTAGTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATGATCGTTAATTg > 1:102889/1‑141 (MQ=255) aTCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGc < 2:1051207/141‑1 (MQ=255) ttttAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTATTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCActc < 2:528707/140‑1 (MQ=255) gTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTTCTTTTTTTTGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCActc > 2:66360/1‑141 (MQ=255) gTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATGAATTATCGTTAATTGCCActc < 4:329084/141‑1 (MQ=255) tAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCa < 2:215685/141‑1 (MQ=255) aGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTTCTTTTTTTTGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCCCTCTCat > 2:687449/1‑141 (MQ=255) aGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCat < 1:375095/141‑1 (MQ=255) gCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCTTTAATTGCCCCTCTCatt > 4:184884/1‑140 (MQ=255) gCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCTATATTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCatc > 2:874325/1‑141 (MQ=255) gCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCatc < 3:295332/141‑1 (MQ=255) cATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCatcta < 2:300905/141‑1 (MQ=255) aTTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTaa < 3:297322/141‑1 (MQ=255) aTTAACTGCCCCCTTTTATCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACAGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTaa < 2:914908/141‑1 (MQ=255) aaCTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAatat > 3:142584/1‑141 (MQ=255) aaCTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAatat > 1:250717/1‑141 (MQ=255) aCTTCCCCCTCTTTGTAACAGTTGGATAATTGTCAATAGACAAGTTTATAGTTACGAATCTATCAGTAATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTAAGTCAACTAATTATCGTTAATTGCAATTCTCATCTATCTAataca > 4:414066/1‑139 (MQ=255) cTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGa < 1:329996/141‑1 (MQ=255) cccccTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTa > 3:437704/1‑141 (MQ=255) cccTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTaaa < 3:440378/141‑1 (MQ=255) cTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTATTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTAAATc < 4:56591/141‑1 (MQ=255) tttttGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTAAATCa > 2:121031/1‑141 (MQ=255) tttGCTTTATTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTAAATCATg > 2:818067/1‑141 (MQ=255) tGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTAAATCATGcc < 3:255011/141‑1 (MQ=255) gCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTAAATCATGCCt < 1:863938/141‑1 (MQ=255) gCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTAATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTAAATCATGCCt < 1:212116/141‑1 (MQ=255) | GATTTTACCACTTACGTGAGCTAAAATCTCATGACCATTTTCTAATTCTACTTTAAACATTGCGTTCGGTAAAGTATCTAATACAGTACCTTCTAATTCAATTACATCTTGTTTAGCCATTGATTAACTTCCCCCTTTTTGCAATAGTAAGGTAATCGTCAATAGACAACTTTATTGTTACGAATCTATCAGTGATTAATTTTATAAGTTAAACAAAAATTACGGGAATTAATTATCGTTAATTGCCACTCTCATCTATCTAATATGATTAAATCATGCCT > USA300TCH1516_ALE/2360037‑2360317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |