| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,413,192 | C→A | 5.4% | S516S (TCG→TCT) ‡ | nphR ← | Transcriptional activator NphR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,413,192 | 0 | C | A | 5.4% | 402.6 / 7.8 | 121 | S516S (TCG→TCT) ‡ | nphR | Transcriptional activator NphR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/59); new base A (4/3); total (59/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACA > USA300TCH1516_ALE/2413053‑2413332 | aaaTGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCg > 1:506773/1‑141 (MQ=255) aTGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGAt < 1:389680/141‑1 (MQ=255) tGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGAtt > 3:268634/1‑141 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa < 1:15428/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATc > 1:493855/1‑141 (MQ=255) cTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATca > 1:530800/1‑141 (MQ=255) cGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATcaca > 1:691303/1‑141 (MQ=255) cGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATcaca < 2:339211/141‑1 (MQ=255) cGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATcaca < 2:221974/141‑1 (MQ=255) | AAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACA > USA300TCH1516_ALE/2413053‑2413332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |