| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,479,526 | A→G | 5.3% | G108G (GGT→GGC) | hrtA_2 ← | Putative hemin import ATP‑binding protein HrtA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,479,526 | 0 | A | G | 5.3% | 322.4 / 5.4 | 107 | G108G (GGT→GGC) | hrtA_2 | Putative hemin import ATP‑binding protein HrtA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/66); new base G (2/4); total (37/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCTCTCATAATCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCATTGTAAAGCACTGT > USA300TCH1516_ALE/2479386‑2479666 | gCTCTCATAATCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGa < 2:771005/141‑1 (MQ=255)gCTCTCATAATCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGa < 1:355980/141‑1 (MQ=255) aaTCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAg < 3:247970/141‑1 (MQ=255) aaTCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAg < 1:371791/141‑1 (MQ=255) tCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAgtg < 4:20348/141‑1 (MQ=255) cacGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAAtt < 3:275192/141‑1 (MQ=255) tGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTATTGTTGAACTTTATTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGctct < 3:371057/141‑1 (MQ=255) ttttCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATc < 2:308920/141‑1 (MQ=255) ttttCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATc < 2:348577/141‑1 (MQ=255) tCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACt < 2:931125/141‑1 (MQ=255) tCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACt < 2:656363/141‑1 (MQ=255) tCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACt < 2:19073/141‑1 (MQ=255) tCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACt < 1:174819/141‑1 (MQ=255) cACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACtt > 2:866820/1‑141 (MQ=255) cccGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAGTATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACttt < 2:3525/140‑1 (MQ=255) cGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTa < 2:617803/141‑1 (MQ=255) ccAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTaaa > 2:42545/1‑141 (MQ=255) cAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAAt > 1:488728/1‑141 (MQ=255) aGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATa > 4:202123/1‑141 (MQ=255) cTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAAc < 1:772839/141‑1 (MQ=255) tGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACt < 1:958194/141‑1 (MQ=255) aTGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTaa < 1:1022921/141‑1 (MQ=255) gCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAAt < 1:25080/141‑1 (MQ=255) gATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAAtgtg < 2:1033673/141‑1 (MQ=255) tataCATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGaa > 2:1021740/1‑141 (MQ=255) tataCATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGaa > 2:693139/1‑141 (MQ=255) tataCATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGaa > 1:308845/1‑141 (MQ=255) ataCATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAg > 1:119652/1‑141 (MQ=255) ataCATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTAACACTTTTAAATAAGGAACTAAAtgaaaaa < 2:494463/141‑6 (MQ=255) taCATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGa < 1:1045032/141‑1 (MQ=255) cATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATATGAAGAtt < 2:132362/141‑1 (MQ=255) ttCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGa < 3:26870/141‑1 (MQ=255) tCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAATTGTTTTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGaa > 2:877787/1‑141 (MQ=255) tCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGAATGaa < 4:418527/141‑1 (MQ=255) aaGCGATCTTCTAACCCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGGCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGaaaa < 1:903295/141‑1 (MQ=255) gCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGaaaaac < 3:349120/141‑2 (MQ=255) gCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAAt < 1:1043111/141‑1 (MQ=255) gCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAAt < 2:592267/141‑1 (MQ=255) cGATCTTCTAAACCAATATTTTTTAAAATTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATa > 2:423594/1‑141 (MQ=255) cGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATa > 2:854409/1‑141 (MQ=255) aTCTTCTAAACCAATATTTTTCAATTGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATaaa > 2:562034/1‑141 (MQ=255) tcttctAAAGCAATATTTTTCCAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGCAACTAAATGTGAAGCTTGAAAAATaaaa > 1:956853/1‑141 (MQ=255) tcttctAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATaaaa > 3:339412/1‑141 (MQ=255) ttctAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTTTTGTTTGGTCAATCCCTTTGCTTGGCCTTTGAGTGTCAATTGCGCTATCACTTTTAAATATGTAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAAcc < 2:207458/141‑1 (MQ=255) tAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCAGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAat > 2:479193/1‑141 (MQ=255) aaCTAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTTATCTTTGTTGTTTGGTCATGCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTACATAAGGAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAACCAatat < 2:675418/141‑1 (MQ=255) aaCCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAatat > 2:497042/1‑141 (MQ=255) aaCCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAatat < 1:119774/141‑1 (MQ=255) aaTATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATAAAAAAATTAAAAAATAAAACCAATATCTTc < 4:7742/141‑1 (MQ=255) aaTATTTTGCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGGCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTc < 1:77219/141‑1 (MQ=255) atatTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTcc < 1:110831/141‑1 (MQ=255) tttCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCg > 3:318068/1‑141 (MQ=255) ttCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGt < 1:781882/141‑1 (MQ=255) ttCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGt < 2:532175/141‑1 (MQ=255) tCAAAATTTTTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTa > 2:588621/1‑141 (MQ=255) tCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTa > 1:623118/1‑141 (MQ=255) tCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTa < 1:597366/141‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTa < 1:567478/141‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTa > 1:230233/1‑141 (MQ=255) tCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTa < 2:4416/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTaaa < 1:327935/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTaaa < 1:998468/141‑1 (MQ=255) aaaGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAAt < 1:62165/141‑1 (MQ=255) aaGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATc < 2:776290/141‑1 (MQ=255) ctttGTTTTGCGCTCATTGATCTTTGTTGTTTGGTCATTACCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCGCTATCACTTTTGTATAAGTCTCTAAATGTGAAGATTCAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCa > 4:142927/3‑141 (MQ=255) tGTATTTATCTTGTGGAACTTTGTTGTTTGGTCATGCCGGGTTCTTGACCTTCGAGTGTCGATTGCTCTATCACTTTTGAATAAGGAACTAAATGTGAAGATGGTAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTa > 4:86356/1‑141 (MQ=255) tATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAgg < 2:119652/141‑1 (MQ=255) aTTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGa > 3:410210/1‑141 (MQ=255) aTTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGa > 1:761926/1‑141 (MQ=255) tGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACg < 4:352609/141‑1 (MQ=255) tctTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATg < 1:620439/141‑1 (MQ=255) tctTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATg > 2:904199/1‑141 (MQ=255) tctTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATg < 1:49832/141‑1 (MQ=255) tctTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATg < 1:695224/141‑1 (MQ=255) tctTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATg < 2:230907/141‑1 (MQ=255) ctTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGc < 1:22667/141‑1 (MQ=255) ttgttgAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGAAAAGAATAAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCt < 2:244758/141‑1 (MQ=255) tgttgAACTTTGTTGTTTGGTCGTTCCCACTTCTTGACCTACGAGTGTTAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCTCTAGGACGATGCTg < 4:312777/141‑1 (MQ=255) tgttgAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTg < 1:162492/141‑1 (MQ=255) gAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTa > 2:641021/1‑141 (MQ=255) gAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTa > 2:693813/1‑141 (MQ=255) aaCTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTAt < 3:21872/141‑1 (MQ=255) aaCTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTAt < 1:205389/141‑1 (MQ=255) aaCTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTAt < 1:42545/141‑1 (MQ=255) aCTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGGCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGCAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATc > 2:334285/1‑141 (MQ=255) ttgttgTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCaaa < 1:429312/141‑1 (MQ=255) gttgttTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACa > 1:428541/1‑141 (MQ=255) gttTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATg > 1:76079/1‑141 (MQ=255) tttGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTTAAGATTTAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTAGCAAACAATgg < 1:268017/141‑1 (MQ=255) tGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGgcg > 2:259042/1‑141 (MQ=255) gTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGca < 2:242521/141‑1 (MQ=255) tCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGcat < 2:571064/141‑1 (MQ=255) cATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGcatc < 1:1497/141‑1 (MQ=255) ttCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGcatcat > 1:578504/1‑141 (MQ=255) tCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGACAAATAACACAAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCAtt > 1:917773/1‑141 (MQ=255) tCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCAtt > 2:230033/1‑141 (MQ=255) cttcttGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCATTGTaaa < 4:217358/141‑1 (MQ=255) tcttGGCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGCAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGTGCATCATTGTAAAGc > 1:1041266/1‑141 (MQ=255) aCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCATTGTAAAGCACTGt < 2:562013/141‑1 (MQ=255) aCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATAACTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCATTGTAAAGCACTGt < 1:78393/141‑1 (MQ=255) | GCTCTCATAATCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCATTGTAAAGCACTGT > USA300TCH1516_ALE/2479386‑2479666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |