| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,559,032 | T→A | 6.3% | V146V (GTT→GTA) | bcr_2 → | Bicyclomycin resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,559,032 | 0 | T | A | 6.3% | 452.8 / 14.3 | 143 | V146V (GTT→GTA) | bcr_2 | Bicyclomycin resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/73); new base A (4/5); total (65/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GATCAATTGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACA > USA300TCH1516_ALE/2558892‑2559170 | tCAATTGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTaa > 3:426033/1‑141 (MQ=255) aaTTGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATg < 2:570563/141‑1 (MQ=255) aaTTGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATg < 4:155782/141‑1 (MQ=255) ttGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGc > 1:609999/1‑141 (MQ=255) ccATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGcatc < 4:394679/141‑1 (MQ=255) ccATCATTCTTAACTTTACGATTTATTCTAGGTATAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAACATAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGcatc > 2:117152/1‑141 (MQ=255) attattCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGcatcat > 4:227995/1‑141 (MQ=255) attCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCAc < 1:274938/141‑1 (MQ=255) tCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTa < 4:288048/141‑1 (MQ=255) tttACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGc < 1:745386/141‑1 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gCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTtct < 1:852132/141‑1 (MQ=255) aTCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCa > 3:158638/1‑141 (MQ=255) aTCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCa > 3:158749/1‑141 (MQ=255) tttAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAAtt < 2:1015511/141‑1 (MQ=255) tAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTAc < 1:152113/141‑1 (MQ=255) aTGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCt < 4:54842/141‑1 (MQ=255) aTGGTAGTAAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCTGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCt < 4:377669/141‑1 (MQ=255) gTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTaaa > 2:501584/1‑141 (MQ=255) gTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTaaa < 2:395881/141‑1 (MQ=255) aGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAAc < 1:326582/141‑1 (MQ=255) aGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAAc < 3:146645/141‑1 (MQ=255) | GATCAATTGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACA > USA300TCH1516_ALE/2558892‑2559170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |