| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,642,644 | T→A | 5.1% | intergenic (‑74/+65) | USA300HOU_RS13595 ← / ← yccS | hypothetical protein/Inner membrane protein YccS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,642,644 | 0 | T | A | 5.1% | 448.2 / 10.5 | 142 | intergenic (‑74/+65) | USA300HOU_RS13595/yccS | hypothetical protein/Inner membrane protein YccS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/69); new base A (4/3); total (70/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CTTTTTGCCGTTTAATTACTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGATTGAATATAATTATACTGT > USA300TCH1516_ALE/2642504‑2642784 | cTTTTTGCCGTTTAATTACTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑t < 2:61400/141‑1 (MQ=255) ggcGTTTAATTACTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATTAAACATATTAAACACA‑ttttttt > 2:56232/3‑141 (MQ=255) ttAATTACTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACt < 1:887835/141‑1 (MQ=255) aaTTACTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTcc < 2:982536/141‑1 (MQ=255) aaTTACTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTcc < 2:843305/141‑1 (MQ=255) ttACTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCTTTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCg < 2:472269/141‑1 (MQ=255) ttACTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCg < 2:767922/141‑1 (MQ=255) aCTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTc > 1:775725/1‑141 (MQ=255) aCTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTc > 2:723965/1‑141 (MQ=255) aCTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTCCATTGTAAAGCGCATGTTCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTc < 1:431929/141‑1 (MQ=255) ttCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTTATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCat > 2:123564/1‑141 (MQ=255) tCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCata < 2:333305/141‑1 (MQ=255) aaTTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCataata < 1:668051/141‑1 (MQ=255) tCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACt > 4:17936/1‑141 (MQ=255) cTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACtt > 1:130753/1‑141 (MQ=255) ccATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGa < 2:1039244/141‑1 (MQ=255) ccATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGa < 1:899974/141‑1 (MQ=255) ccATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGa < 3:424362/141‑1 (MQ=255) ccATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGa < 4:443844/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACa < 1:578908/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACa < 1:174082/141‑1 (MQ=255) tttttCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGCCATAATAACTTCAGACaa > 1:889050/1‑141 (MQ=255) tCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGt < 1:90950/141‑1 (MQ=255) tCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGa < 3:335903/141‑1 (MQ=255) tCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGa < 3:335966/141‑1 (MQ=255) cATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGAt < 2:674971/141‑1 (MQ=255) cATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑ATTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGAt > 4:165387/1‑141 (MQ=255) ttGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATaa > 1:523276/1‑141 (MQ=255) aatgaaaGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATaa > 4:390326/5‑141 (MQ=255) aaaGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAatat > 4:337780/1‑141 (MQ=255) aaaGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACACATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAatat > 2:836852/1‑141 (MQ=255) aGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATTCCATCATAATTATAAAATGAAACATACTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCCGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATAttt < 2:359508/141‑1 (MQ=255) gggCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTa < 3:408194/141‑1 (MQ=255) cATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAAtt > 4:107977/1‑141 (MQ=255) cATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAAtt < 2:172037/141‑1 (MQ=255) cATTTACTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑ATTTTTTAGCCTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTTAtt < 4:273535/141‑1 (MQ=255) aTTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAAttt > 1:405250/1‑141 (MQ=255) tttCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAAtttt > 3:346408/1‑141 (MQ=255) tttCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAAtttt > 3:342380/1‑141 (MQ=255) tttCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCGGATAAATATTTAAtttt > 3:3567/1‑141 (MQ=255) ttCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATACATATTTAATTTTa > 2:626270/1‑141 (MQ=255) tCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATCCCACCATAATTATAAAATGAAACATATTCAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTNATTTTaa > 2:812135/1‑141 (MQ=255) tCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTaa > 1:665308/1‑141 (MQ=255) ttAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACg < 1:54410/141‑1 (MQ=255) ttAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACg < 2:386089/141‑1 (MQ=255) aaCCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCTCGTCATAATAACTTCAAACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGtt > 2:1082384/1‑141 (MQ=255) aaCCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGtt > 4:77201/1‑141 (MQ=255) ccAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACTTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCCTGt > 2:635508/1‑141 (MQ=255) ccAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGt > 2:359043/1‑141 (MQ=255) cAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGtc > 1:522087/1‑141 (MQ=255) atatGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGtctc < 2:775725/141‑1 (MQ=255) atGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTATTTTCTTTTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGtctctc > 2:966676/1‑141 (MQ=255) atGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑ATTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTTATTTTAAACGTTCTTGtctctc < 4:379083/141‑1 (MQ=255) tGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGtctctct < 1:16319/141‑1 (MQ=255) gTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGtctctctc < 4:81233/141‑1 (MQ=255) gTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGtctctctc > 1:723460/1‑141 (MQ=255) gTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGtctctctc < 1:812018/141‑1 (MQ=255) ttATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCa > 3:66982/1‑141 (MQ=255) tataATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCAc < 2:165008/141‑1 (MQ=255) tataATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCAc > 1:65970/1‑141 (MQ=255) tataATTCATGTTATATACCACAATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTGTTTTAAACTCCCGACATAATAACTTCAGGCGAACGATGGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCAc > 3:130342/1‑141 (MQ=255) ataATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACg < 1:317542/141‑1 (MQ=255) ataATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACg < 1:639488/141‑1 (MQ=255) ataATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACg < 2:890963/141‑1 (MQ=255) taATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACATTTTTTTTTTACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTATCTCTCAcc > 2:366419/1‑140 (MQ=255) tCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAAc > 1:73974/1‑141 (MQ=255) tCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAAc > 1:74141/1‑141 (MQ=255) cATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAAAATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAAcc > 1:562168/1‑141 (MQ=255) tGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCAt > 2:878911/1‑141 (MQ=255) tGTTATATACCACCATAAGTATAAAAGGAAACATAATAAACTCA‑CTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGTCCTGATAAATATATAATTTTAAACGTTCTTGTTTCTCTCACGaaatctat > 4:104058/1‑136 (MQ=255) gTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACC‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCAtt > 1:1080004/1‑141 (MQ=255) gTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑ATTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTTATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCAtt > 2:302578/1‑141 (MQ=255) ttATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATtg > 1:122344/1‑141 (MQ=255) tatgccaccaTAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTgtgt > 2:276303/5‑141 (MQ=255) accaccATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTTTTTTTTTTTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATAGTGTTGa > 2:809813/1‑141 (MQ=255) ccaccaTAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGaa > 1:350400/1‑141 (MQ=255) accaTAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAata > 3:387190/1‑141 (MQ=255) caTAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTTAATAtt > 2:693261/1‑141 (MQ=255) aTAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATtc < 3:118907/141‑1 (MQ=255) aTAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATtc < 3:107969/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATtcatc < 2:483727/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑ATTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTTATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATtcatc > 2:214893/1‑141 (MQ=255) ataAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCAtt < 1:972754/141‑1 (MQ=255) aaaTGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCt > 1:752941/1‑141 (MQ=255) aTGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAAACATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGa > 2:871122/1‑141 (MQ=255) tGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGAt < 3:437770/141‑1 (MQ=255) gAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAGTAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGAtt > 1:575986/1‑141 (MQ=255) gAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGAtt < 2:667960/141‑1 (MQ=255) gAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGAtt < 2:67865/141‑1 (MQ=255) aaCATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGATTGa < 3:401493/141‑1 (MQ=255) aaCATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGATTGa < 1:62186/141‑1 (MQ=255) cATATTAAACACA‑‑TTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGATTGAata > 4:426072/1‑141 (MQ=255) atTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGATTGAAtata < 2:891709/141‑1 (MQ=255) tAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGATTGAATATAAt < 3:55707/141‑1 (MQ=255) tAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGATTGAATATAAt < 1:760879/141‑1 (MQ=255) aca‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGATTGAATATAATTATAc > 2:711982/1‑141 (MQ=255) a‑TTTTNTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAANATTCATCATTGCTGATTGAATATAATTATACtg < 1:136750/141‑1 (MQ=255) tttttttAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTg > 3:213263/1‑104 (MQ=255) tttttttAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTg < 4:213263/104‑1 (MQ=255) tttttttAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTg < 4:213368/104‑1 (MQ=255) | CTTTTTGCCGTTTAATTACTTCAAATTCTTTCCATTTTTCGGGGTAACCTTTCATTGTAAAGGGCATTTCCTTAACCTCCAATATGTTATAATTCATGTTATATACCACCATAATTATAAAATGAAACATATTAAACACA‑TTTTTTTAGACTCCCGTCATAATAACTTCAGACAAACGTTAGTCTGACCTGATAAATATTTAATTTTAAACGTTCTTGTCTCTCTCACGAAAACCATTGTGTTGAATATTCATCATTGCTGATTGAATATAATTATACTGT > USA300TCH1516_ALE/2642504‑2642784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |