| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,763,245 | T→A | 5.1% | V265V (GTA→GTT) | cysJ ← | Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha‑component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,763,245 | 0 | T | A | 5.1% | 428.4 / 8.3 | 133 | V265V (GTA→GTT) | cysJ | Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha‑component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/79); new base A (2/5); total (49/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
AACCAATTCAGGGTCGTTTTGCGGTAATGCTACTATACAATCTCCTGGTTCATATGATTCACTAAAATCATCAAGTAAAAATTCTATATGTCGTGTTTCTTTAT‑TTGAATCGGTACCATTTAAATTGATATTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGCCATCCACTTTTCTGC > USA300TCH1516_ALE/2763107‑2763385 | aaCCAATTCAGGGTCGTTTTGCGGTAATGCTACTATACAATCTCCTGGTTCATATGATTCACTAAAATCATCAAGTAAAAATTCTATATGTCGTGTTTCTTTAT‑TTGAATCGGTACCATTTAAATTGATATTCGCTAATAc < 2:618821/141‑1 (MQ=255)aaCCAATTCAGGGTCGTTTTGCGGTAATGCTACTATACAATCTCCTGGTTCATATGATTCACTAAAATCATCAAGTAAAAATTCTATATGTCGTGTTTCTTTAT‑TTGAATCGGTACCATTTAAATTGATATTCGCTAATAc < 3:392085/141‑1 (MQ=255)aaCCAATTCAGGGTCGTTTTGCGGTAATGCTACTATACAATCTCCTGGTTCATATGATTCACTAAAATCATCAAGTAAAAATTCTATATGTCGTGTTTCTTTAT‑TTGAATCGGTACCATTTAAATTGATATTCGCTAATAc < 2:757146/141‑1 (MQ=255) aCCAATTCAGGGTCGTTTTGCGGTAATGCTACTATACAATCTCCTGGTTCATATGATTCACTAAAATCATCAAGTAAAAATTCTATATGTCGTGTTTCTTTAT‑TTGAATCGGTACCATTTAAATTGATATTCGCTAATACt < 1:1072210/141‑1 (MQ=255) 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ccATTTAAATTGATATTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAatg > 2:800186/1‑141 (MQ=255) cATTTAAATTGATATTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAatga < 1:893213/141‑1 (MQ=255) ttAAATTGATATTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGt < 2:570902/141‑1 (MQ=255) aaaTTGATATTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCt < 3:315167/141‑1 (MQ=255) aTTGATATTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGc < 3:258284/141‑1 (MQ=255) gATATTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGCCAt > 1:144467/1‑141 (MQ=255) gATATTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGCCAt > 1:27879/1‑141 (MQ=255) atatTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGCCATc < 2:345360/141‑1 (MQ=255) atTCGCTACTACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGCCATCCa < 2:527299/141‑1 (MQ=255) cGCTAAAACTTCTGCTTGGTATGGATTTAATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTAGTATCAATCATATTAATGATGTCTGCCATCCACtt > 3:427465/1‑141 (MQ=255) cTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTGACTTATCACCGAGTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGCCATCCACtttt > 3:42094/1‑141 (MQ=255) aTACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGCCATCCACTTTTCTg < 2:996638/141‑1 (MQ=255) tACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGCCATCCACTTTTCTGc < 2:121109/141‑1 (MQ=255) | AACCAATTCAGGGTCGTTTTGCGGTAATGCTACTATACAATCTCCTGGTTCATATGATTCACTAAAATCATCAAGTAAAAATTCTATATGTCGTGTTTCTTTAT‑TTGAATCGGTACCATTTAAATTGATATTCGCTAATACTTCTGCTTGGTATGGATTTGATTTAGAATATTTCTTTTCTTTGGCAGACTTAATTGATTCACTTATCACCGATTCACTTTGAATACCTTCTGATGTGGTATCAATAATATTAATGATGTCTGCCATCCACTTTTCTGC > USA300TCH1516_ALE/2763107‑2763385 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |