| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 336,153 | A→G | 5.8% | G97G (GGA→GGG) | essC → | ESAT‑6 secretion machinery protein EssC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 336,153 | 0 | A | G | 5.8% | 399.8 / 11.7 | 137 | G97G (GGA→GGG) | essC | ESAT‑6 secretion machinery protein EssC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/51); new base G (2/6); total (80/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ACTTGGCAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAACTATGAACTACA > USA300TCH1516_ALE/336013‑336293 | ttGGCAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGAcc > 3:114495/1‑141 (MQ=255) ttGGCAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGAcc < 1:16661/141‑1 (MQ=255) ggCAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCaa < 2:1080309/141‑1 (MQ=255) gCAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCaaa > 1:921736/1‑141 (MQ=255) gCAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAAATTGACCaaa > 2:74026/1‑141 (MQ=255) cAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGGCCAAAt < 3:345879/141‑1 (MQ=255) cAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAAt > 1:678070/1‑141 (MQ=255) cAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCCGGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCGGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAAt > 4:379569/1‑141 (MQ=255) aaGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTTGACCAAATg > 2:301488/1‑141 (MQ=255) aaGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATg > 1:756882/1‑141 (MQ=255) gAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTa > 3:59203/1‑141 (MQ=255) gAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTa > 1:354159/1‑141 (MQ=255) aaTCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTat < 1:626615/141‑1 (MQ=255) aTCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTatg < 4:182070/141‑1 (MQ=255) aTCACACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTatg < 3:411810/141‑1 (MQ=255) tACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTAtgatga < 2:790210/141‑1 (MQ=255) tACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTAtgatga > 2:727063/1‑141 (MQ=255) aCTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATgatgat < 2:439222/141‑1 (MQ=255) cTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGata < 3:216783/141‑1 (MQ=255) ttCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGatat > 2:401571/1‑141 (MQ=255) cTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATgg < 4:320371/141‑1 (MQ=255) tATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGt > 3:50914/1‑141 (MQ=255) ttAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTa < 1:970884/141‑1 (MQ=255) ttAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTa > 2:477690/1‑141 (MQ=255) taataaGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTAt < 4:408881/141‑1 (MQ=255) taataaGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTAt < 4:60904/141‑1 (MQ=255) taataaGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTAt > 4:259176/1‑141 (MQ=255) ataaGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACCGAATCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTc < 3:96976/141‑1 (MQ=255) ataaGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGGCCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTc < 2:88600/141‑1 (MQ=255) ataaGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTc < 1:644860/141‑1 (MQ=255) ataaGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTc < 1:880548/141‑1 (MQ=255) taaGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATGCAGAAGCTAAGTATGTGTTATTTGCGTATCCTTCAATGCTAGATACGATGACGATTGGACCAAATGCGTATGATGATATTGTTATTCa > 1:102756/1‑141 (MQ=255) taaGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCa > 2:680333/1‑141 (MQ=255) taaGGTGCTTGTTAGAAAAGGGGACCTTGCTGACATTACATTACAGCTGTATAGAGGAGCTGATTGTGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACGATTGGAGCAAATGGGAATGAGGCTATGGTGGTTCa > 2:918184/1‑141 (MQ=255) gTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGc < 3:257996/141‑1 (MQ=255) gTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGc > 3:328223/1‑141 (MQ=255) gTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGc > 2:433771/1‑141 (MQ=255) tGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCt < 3:273317/141‑1 (MQ=255) tGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCt > 1:266955/1‑141 (MQ=255) gCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCtt > 2:465789/1‑141 (MQ=255) ttGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTtga > 1:771130/1‑141 (MQ=255) gTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGGCCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTtgatg < 2:764959/141‑1 (MQ=255) tAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGaa < 2:693826/141‑1 (MQ=255) aGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAAt < 1:620088/141‑1 (MQ=255) aaaGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGcc < 2:192252/141‑1 (MQ=255) aaaGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGcc > 1:713110/1‑141 (MQ=255) aaaGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGcc > 1:51114/1‑141 (MQ=255) aaGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCca > 1:140175/1‑141 (MQ=255) ggagACCTTGCTGTCGTTACATGACAGCATGATACAGAAGCTGGTTAAGCATCTTTTGCGGGTCCGTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATTATTTGTGTATTCAAAGCTTTTTAAATGCcatc > 4:78093/4‑141 (MQ=255) ggTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCGTTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGGGTATGATGATAGGGTTATTCAACGCTTGATGAATGCcatc > 1:550866/1‑141 (MQ=255) ggTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCcatc < 1:296879/141‑1 (MQ=255) ggTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCcatc > 4:397809/1‑141 (MQ=255) tGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCcatcat < 2:887841/141‑1 (MQ=255) gACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCatt > 2:950513/1‑141 (MQ=255) gatgaCATTACATTACTGCTTTATCCAGAGGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGTTGACAATTGGATCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATAATTATTaaa < 4:29912/141‑1 (MQ=255) acattacattACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGGCCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGAtt < 2:274183/141‑1 (MQ=255) attacattacAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGAtttt > 1:777962/1‑141 (MQ=255) acattacaGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTtcaa > 2:830496/1‑141 (MQ=255) acattacaGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTtcaa > 1:693248/1‑141 (MQ=255) attacaGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTtcaatc < 2:600242/141‑1 (MQ=255) aGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATAc > 3:186861/1‑141 (MQ=255) aGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATAc > 3:40230/1‑141 (MQ=255) aGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATAc < 2:619452/141‑1 (MQ=255) ataCAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAAt > 2:521898/1‑141 (MQ=255) cAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAACTGCGTATGATGATATGGCTATTCAAAGCTTGATCCATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATcac > 4:207021/1‑141 (MQ=255) cAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATcac < 1:355263/141‑1 (MQ=255) gCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAAtac > 2:9904/1‑141 (MQ=255) tGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAAtacgt > 1:528329/1‑141 (MQ=255) ttATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGCTGATATGGTTAGTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAAtacgtacg > 2:602127/1‑141 (MQ=255) ttATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGATTGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAAtacgtacg < 3:349268/141‑1 (MQ=255) ttATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAAtgcgtacg < 1:269460/141‑1 (MQ=255) ttATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAAtacgtacg > 2:479922/1‑141 (MQ=255) ttATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAAtacgtacg < 4:113339/141‑1 (MQ=255) ttATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAAtacgtacg > 2:793289/1‑141 (MQ=255) tcatTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATACCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATtgtg < 1:477690/141‑1 (MQ=255) gCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGAt < 3:38255/141‑1 (MQ=255) cGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATa > 1:947511/1‑141 (MQ=255) cGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATa > 2:1072460/1‑141 (MQ=255) cGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATa > 2:986666/1‑141 (MQ=255) gTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAACAATCACAATACGTACGCATTGTCCACGATaa > 1:75501/1‑141 (MQ=255) tCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATaaaaa < 1:465789/141‑1 (MQ=255) cTTCAATTCAAGCTACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATa < 2:384103/141‑1 (MQ=255) cTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGGCCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATa < 2:761896/141‑1 (MQ=255) ttcaattcaaGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATAc < 2:1049194/141‑1 (MQ=255) caaGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGAtgtg > 2:17980/1‑141 (MQ=255) aaGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATgtgt > 2:341487/1‑141 (MQ=255) aGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGta > 4:220884/1‑141 (MQ=255) aGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGta > 1:79098/1‑141 (MQ=255) gATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGtat > 3:209016/1‑141 (MQ=255) aCGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGAGTATAtt > 2:739778/1‑141 (MQ=255) cGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTa > 2:36175/1‑141 (MQ=255) cGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTa > 3:205116/1‑141 (MQ=255) aTGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAAc < 2:1044538/141‑1 (MQ=255) aCAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAACTAt > 2:516016/1‑141 (MQ=255) cAATTGGGCCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAACTATg < 3:431061/141‑1 (MQ=255) cAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAACTATg < 3:383605/141‑1 (MQ=255) aTTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATAAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAACTATGaa < 3:178141/141‑1 (MQ=255) tGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAACTATGAACt > 2:1070236/1‑141 (MQ=255) gACCAAATGCGTATGANGATATGGTTATTNAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAACTATGAACTAc > 1:910228/1‑141 (MQ=255) aCCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAACTATGAACTACa > 2:77725/1‑141 (MQ=255) | ACTTGGCAAGCGAATCATACTTCTATTAATAAGGTGCTTGTTAGAAAAGGTGACCTTGATGACATTACATTACAGCTTTATACAGAAGCTGATTATGCATCATTTGCGTATCCTTCAATTCAAGATACGATGACAATTGGACCAAATGCGTATGATGATATGGTTATTCAAAGCTTGATGAATGCCATCATTATTAAAGATTTTCAATCAATACAAGAATCACAATACGTACGCATTGTGCACGATAAAAATACAGATGTGTATATTAACTATGAACTACA > USA300TCH1516_ALE/336013‑336293 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |