| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 406,781 | C→A | 6.4% | P293Q (CCA→CAA) | USA300HOU_RS01880 → | putative acetyl‑CoA acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 406,781 | 0 | C | A | 6.4% | 490.9 / 2.2 | 157 | P293Q (CCA→CAA) | USA300HOU_RS01880 | putative acetyl‑CoA acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/75); new base A (11/3); total (79/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
ATCAGGAATCAATGATGGTGCTGCGATGATGTTAGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTGAA > USA300TCH1516_ALE/406644‑406919 | aTCAGGAATCAATGATGGTGCTGCGATGATGTTAGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGt < 3:40687/141‑1 (MQ=255)aTCAGGAATCAATGATGGTGCTGCGATGATGTTAGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGt < 3:41354/141‑1 (MQ=255) cAGGAATCAATGATTGTGCTGCGATGATGTTAGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTg > 3:125858/1‑141 (MQ=255) cAGGAATCAATGATGGTGCTTCGATGATGTTCATCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGTACCATTGTCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATACTTCTACTATGTTTATTACACCAGTTg > 1:543671/1‑141 (MQ=255) 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atGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTAcctcct > 2:93407/1‑141 (MQ=255) tGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTg > 1:337204/1‑141 (MQ=255) tGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGAAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTg < 2:771604/141‑1 (MQ=255) gggTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGa > 1:1037524/1‑141 (MQ=255) ggTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGaa > 1:64792/1‑141 (MQ=255) gTATTGCACCAGTTGGGGCGGTAGAAAAGGGTCTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGGGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAATGATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATGAAAATTACCTCCTGaaa < 4:342536/141‑1 (MQ=255) tATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGaaaa > 2:967279/1‑141 (MQ=255) gCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTg > 3:343343/1‑141 (MQ=255) aaaCCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGAGATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTg < 1:1059502/139‑1 (MQ=255) cACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTGa > 3:252709/1‑141 (MQ=255) aCCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTGaa > 1:905040/1‑141 (MQ=255) | ATCAGGAATCAATGATGGTGCTGCGATGATGTTAGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTGAA > USA300TCH1516_ALE/406644‑406919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |