| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 491,332 | T→A | 5.6% | intergenic (+90/‑242) | metQ_1 → / → sle1_1 | putative D‑methionine‑binding lipoprotein MetQ/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 491,332 | 0 | T | A | 5.6% | 430.6 / 11.7 | 138 | intergenic (+90/‑242) | metQ_1/sle1_1 | putative D‑methionine‑binding lipoprotein MetQ/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/66); new base A (5/3); total (68/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
AATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATAATGTCATCA > USA300TCH1516_ALE/491192‑491472 | aaTTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAt < 4:123906/141‑1 (MQ=255) tCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAAt < 2:940976/141‑1 (MQ=255) tAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCa < 1:1065523/141‑1 (MQ=255) tGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAATCATTTtat < 1:593423/141‑1 (MQ=255) tGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTtat < 2:905027/141‑1 (MQ=255) gagaTTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTtata > 1:518105/1‑141 (MQ=255) agaTTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAATCATTTTATAg > 2:718791/1‑141 (MQ=255) gaTTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGt > 2:763428/1‑141 (MQ=255) gaTTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGt > 2:280327/1‑141 (MQ=255) ttAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTCGGGCGTTATTGTTGGAGACTAAAATTCTTTCCAATAGAGAAGGGGATTGTAATCATTTTATAGTGa < 1:973687/141‑1 (MQ=255) ttAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGa > 4:166125/1‑141 (MQ=255) ttAAAGAAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATAATATTGCATACAACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTAGTCGGAAGATAATGTTGGAGCCTACAATTATTATCAATCCAGAAAGGGACTTAAATCATTTTATAGTGa < 1:973900/141‑1 (MQ=255) ggCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTACATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTGTTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAata > 3:16494/1‑141 (MQ=255) gCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAatat > 2:891724/1‑141 (MQ=255) aaTAGAAACGTCATGAGGAAAATAAATTATATGGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAAtatta < 2:31613/141‑1 (MQ=255) tAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATg < 1:283128/141‑1 (MQ=255) gAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGaa > 1:1020180/1‑141 (MQ=255) aCGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAAtt > 2:757262/1‑141 (MQ=255) aCGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAAtt > 1:188079/1‑141 (MQ=255) cGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTg < 1:325299/141‑1 (MQ=255) cGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTg < 4:7789/141‑1 (MQ=255) gTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGt < 3:224920/141‑1 (MQ=255) tCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGta < 1:2717/141‑1 (MQ=255) tCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGta < 1:2711/141‑1 (MQ=255) cATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGtaa < 3:32101/141‑1 (MQ=255) cATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGtaa > 1:124287/1‑141 (MQ=255) aGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTaataat < 2:169965/141‑1 (MQ=255) aGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAAGTGTaataat > 2:376722/1‑141 (MQ=255) aGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATCTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGATAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTaataat < 1:375912/141‑1 (MQ=255) aataaatTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGa > 2:409367/1‑141 (MQ=255) taaatTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGata > 1:306152/1‑141 (MQ=255) taaatTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGata > 2:1041924/1‑141 (MQ=255) aaatTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGatat < 3:752/141‑1 (MQ=255) atTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTg < 3:131545/141‑1 (MQ=255) atTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTg > 2:733269/1‑141 (MQ=255) atTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTg < 1:48734/141‑1 (MQ=255) ttATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGt > 1:991631/1‑141 (MQ=255) ttATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGt > 1:573272/1‑141 (MQ=255) ttATATTGCGGCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGAGTTATTGTTGGAGAAGAAAATTATTTCAAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGt < 4:214202/141‑1 (MQ=255) atatTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTaa < 3:131689/141‑1 (MQ=255) tatTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTaaa < 1:251540/141‑1 (MQ=255) atTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTaaaa > 4:136575/1‑141 (MQ=255) tGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATc > 3:454555/1‑141 (MQ=255) tGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATc < 1:269087/141‑1 (MQ=255) gTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCtaa > 1:66578/1‑141 (MQ=255) gTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCtaa > 3:358635/1‑141 (MQ=255) gTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCtaa > 1:862810/1‑141 (MQ=255) cAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaa < 2:737375/141‑1 (MQ=255) tatgtCATACTTATGTATGGATTGGGTAATTGTAGAAAAATAAAATTATTTCAAATAGAGAAAGAGATTGTAATCATTTTATAGTTAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaata < 2:409072/137‑1 (MQ=255) aaGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaata < 2:1082117/141‑1 (MQ=255) aaGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaata > 1:878433/1‑141 (MQ=255) aaGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaata > 4:268835/1‑141 (MQ=255) aaGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTCATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATAGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaata > 2:979254/1‑141 (MQ=255) aGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaataa < 2:469343/141‑1 (MQ=255) gTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTaataat > 1:717143/1‑141 (MQ=255) tCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAAttt < 2:71694/141‑1 (MQ=255) cATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAAtttt > 1:906408/1‑141 (MQ=255) cATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAAtttt > 1:638415/1‑141 (MQ=255) aTGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAAAATATTTATTTCCAATAGAGAAAGGGTATGTAATCATGTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTa < 2:300226/141‑1 (MQ=255) aTGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTTGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTa > 2:518177/1‑141 (MQ=255) aTGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTa > 1:764522/1‑141 (MQ=255) gCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATTGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAg > 2:618124/1‑141 (MQ=255) gCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTCGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAg > 2:918170/1‑141 (MQ=255) tATGGTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAGTTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAgggg > 4:123541/1‑141 (MQ=255) tGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTa > 2:1069518/1‑141 (MQ=255) tGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTa < 2:331611/141‑1 (MQ=255) tGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTa > 4:403266/1‑141 (MQ=255) tttGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAAt < 1:1033491/141‑1 (MQ=255) tttGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAAt > 1:853895/1‑141 (MQ=255) ttGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAAtt < 3:208044/141‑1 (MQ=255) ttGTAGGGCGTTATTGTTGAAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGTTTGTAATCATATTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATATTTTTAAGGGGTAAtt < 4:53108/141‑1 (MQ=255) tGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATta > 1:44937/1‑141 (MQ=255) gTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtat < 4:373457/141‑1 (MQ=255) gTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtat < 1:445895/141‑1 (MQ=255) tAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtata > 2:960458/1‑141 (MQ=255) aGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATaa > 1:783673/1‑141 (MQ=255) gTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAAttt < 3:221314/141‑1 (MQ=255) aTTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTtgat < 2:629270/141‑1 (MQ=255) tAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTatat < 1:281118/141‑1 (MQ=255) tAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTatat < 2:1081697/141‑1 (MQ=255) aaaaTTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATg > 1:540629/1‑141 (MQ=255) aaaaTTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATg > 3:269189/1‑141 (MQ=255) attattTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAGATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGAtt > 1:819681/1‑141 (MQ=255) tattTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATCGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGAttgt < 2:862810/141‑3 (MQ=255) tttCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGAtttttt < 2:217087/141‑1 (MQ=255) ttCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGAttttttt > 1:808882/1‑141 (MQ=255) tCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTg < 1:358131/141‑1 (MQ=255) ccAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGt < 2:198967/141‑1 (MQ=255) cAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTa > 2:835759/1‑141 (MQ=255) cAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAACTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGAtttttttttt > 4:167907/1‑138 (MQ=255) cAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTATGATATGGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGATAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTa > 2:865130/1‑141 (MQ=255) gagaAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCAt > 2:427806/1‑141 (MQ=255) gagaAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCAt > 1:408067/1‑141 (MQ=255) gagaAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCAt < 1:146533/141‑1 (MQ=255) gaAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATaa < 3:298253/141‑1 (MQ=255) aaaGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATAAt < 2:496483/141‑1 (MQ=255) aGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATAATGt > 2:986882/1‑141 (MQ=255) gggATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATAATGtc < 2:385671/141‑1 (MQ=255) ttGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATAATGtcatca > 3:375618/1‑141 (MQ=255) ttGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATAATGtcatca < 3:184458/141‑1 (MQ=255) | AATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATAATGTCATCA > USA300TCH1516_ALE/491192‑491472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |