Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 618,483 | T→C | 5.4% | D1195D (GAT→GAC) | sdrD → | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 618,483 | 0 | T | C | 5.4% | 361.8 / 4.8 | 134 | D1195D (GAT→GAC) | sdrD | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/60); new base C (4/4); total (70/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTC > USA300TCH1516_ALE/618345‑618623 | tAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAg > 1:592091/1‑141 (MQ=255) gCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACACAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTg > 4:344268/1‑141 (MQ=255) cGATTCAGATTCAGACAGCCATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGa < 1:700993/141‑1 (MQ=255) agatgcagaCAGAGATTCAGATTAAGATAACGATTCAGATCCAGACAAAGACTCAGATAGAGATGCAGAATCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGa < 2:510207/141‑1 (MQ=18) tgctgaCATCGATTCAGAATAAGATAGCGATTCAGAAGCAGACAGAGGCTCAGACAGAGAATAAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTc < 2:116226/137‑1 (MQ=18) tcagaCAGAGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCa < 1:372472/141‑1 (MQ=255) cagaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAg > 1:155484/1‑141 (MQ=255) cagaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAg > 1:484549/1‑141 (MQ=255) cagaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAg > 2:1048931/1‑141 (MQ=255) agaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGa > 2:493575/1‑141 (MQ=255) agaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGa < 1:408962/141‑1 (MQ=255) gaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGAt < 1:672798/141‑1 (MQ=255) gaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGAt > 2:673135/1‑141 (MQ=255) gaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGAt > 2:672798/1‑141 (MQ=255) cAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGATAg < 1:777987/141‑1 (MQ=14) cGATTCAGAGTCAGACAGCGACTCCGAGTCAGACAGAGGCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGa < 2:648720/141‑1 (MQ=17) gattcagattcaGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGAc < 1:511685/141‑1 (MQ=255) gaatcagagtcagatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATGCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGAc < 4:296615/138‑1 (MQ=18) aattcagcttcagATAACGATTCAGATTCAGATAATGAATCAGACAGTGATTAAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGAc < 4:57797/140‑1 (MQ=17) attcagattcagATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACt > 2:232773/1‑141 (MQ=255) ttcagattcagaTAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATCGCGACTc > 4:207216/1‑141 (MQ=255) cagattcagatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAg < 1:790740/141‑1 (MQ=255) cagattcagatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAg > 1:1001628/1‑141 (MQ=255) agattcagatAGAGATTCAGATTCAGACTGTGACTCAGACACAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGa < 2:787504/141‑1 (MQ=17) gattcagatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACTGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACACAGAt > 2:1050585/1‑141 (MQ=255) attcagatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAtt > 1:923020/1‑141 (MQ=255) cagatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcag > 1:260946/1‑141 (MQ=255) cagatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGAGTCAGACAGCGACACAGACACAGACAGTGACACCGACTGACACAACAACTCAGAAtcgg > 2:384546/1‑139 (MQ=17) agatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGGGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcaga > 2:14814/1‑141 (MQ=255) gatacagattcaaattcaGATAGTGACTCAGATGGTGATTGAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagac < 2:874614/135‑1 (MQ=17) gatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagac < 3:325955/141‑1 (MQ=255) gattcagattcaGACAGAGATTCAGATAGTGATGCAGATTCAGATAGCGACGCAGATTCAGACAGAGACTAAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgac < 2:239383/141‑1 (MQ=17) gattcagattcaGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgac < 1:832652/141‑1 (MQ=255) ttcagattcagaCAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactc > 1:693686/1‑141 (MQ=255) ttcagattcagaCAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactc > 1:1053140/1‑141 (MQ=255) gattcagaCAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactcagac < 1:966576/141‑1 (MQ=255) ttcagaCAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactcagactc > 1:229790/1‑141 (MQ=255) ttcagaCAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAGtcagacagggatcaagactc > 4:427619/1‑141 (MQ=14) agacagaGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactcagactcaga > 1:949607/1‑141 (MQ=255) gacagaGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcggacagcgattcagactcagat > 2:132713/1‑140 (MQ=255) gacagaGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagaa > 2:89018/1‑140 (MQ=255) aacagtGAATCAGAGAGCGATTCAGAATCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGAATCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactcagactcagac < 4:43532/140‑1 (MQ=14) tcgagaCACAGATAGCGATTCAGACTCAGAGAGCGACTCAGATGCAGACACTGACACAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATGGCGACTCAGCTtcagacagcgactcagactcagacag < 2:66793/139‑1 (MQ=14) cagaGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactcagactcagacag < 2:701808/141‑1 (MQ=255) cagaGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactcagactcagacag > 3:6420/1‑141 (MQ=255) cTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCCGACCGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactcagactcagacagcgactc < 1:613787/141‑1 (MQ=255) cTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATACCGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagagagtgagactcagacagcgactc > 2:98832/1‑141 (MQ=14) ttggacacAGACTCAGAGAGCGACTCAGATTCAGAGACTGATGAAGATTCAGACAAGGACTATGACTCAGATAGTGAATCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAgacagcgactcagactcagacagcgactcagactca < 4:122869/134‑1 (MQ=14) cgTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAgacagcgactcagactcagacagcgactcagactca < 1:971393/140‑1 (MQ=255) agATTCAGACTCAGATAGCGGCTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGAcagcgactcagactcagacagcgactcagactcaga < 1:1042987/140‑1 (MQ=255) aGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACTGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGAGATGCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGa < 2:28995/141‑1 (MQ=255) gACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGAc < 1:326099/141‑1 (MQ=255) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCCGACAGCGACTCAGAATCCGCCAGCGACTAAGACTCAGATAGTGACtc > 1:864195/1‑141 (MQ=17) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtc < 2:746199/141‑1 (MQ=255) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCagactcagatagcgactcagactcagatagcgactc > 2:942569/1‑141 (MQ=255) cAGATCGCGACACAGATTCAGACCGCGACGCAGATTCAGAAAGAGACTCAGACTCAGACAATGACGCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcag < 4:223585/141‑1 (MQ=14) aGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcaga > 1:519819/1‑141 (MQ=255) tAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGTCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcagattc < 1:483336/141‑1 (MQ=255) tAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcagattc > 1:690434/1‑141 (MQ=255) tAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcagattc > 3:299687/1‑141 (MQ=255) tAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcagattc > 3:299553/1‑141 (MQ=255) tAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACACAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGGGACtcagagtc > 1:457724/1‑141 (MQ=255) tAGCGACGTAGATTCAGACAACGACTCCGATTCAGACAGAGACACAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcagattc < 2:184080/141‑1 (MQ=17) agcgactcagattcagacagcgactcagattcagacAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGa < 2:644919/71‑1 (MQ=255) agcgactcagattcagacagcgactcagattcagacAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGa > 1:644919/1‑71 (MQ=255) agcgactcagattcagacagcgactcagattcagacAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACtcagattca < 2:241889/141‑1 (MQ=255) ctcagattcagacagcgactcagattcagacagcgaCTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAg > 1:447309/1‑141 (MQ=255) gattcagacagtgattcagattcagacggcgacccaGACTCAGACGGTGAGTAAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACGGCGACTCAGACTCAGACTGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGAc < 2:90517/141‑1 (MQ=17) tcagacagcgactcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCa > 3:280409/1‑141 (MQ=255) tcagacagcgactcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACGCAGACTCAGATAGTGACTCAGACTCAGATAGCggcaca > 2:502841/1‑136 (MQ=255) cagacagcgactcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAg > 1:342632/1‑141 (MQ=255) agacagcgactcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGa > 3:178706/1‑141 (MQ=255) agacagcgactcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGa < 2:988933/141‑1 (MQ=255) cagcgactcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAg > 2:788256/1‑39 (MQ=40) cagcgactcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTc > 1:574076/1‑141 (MQ=255) cgactcagattccgacagggactccgaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACGCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGTCTCTGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCTGa < 2:792066/141‑1 (MQ=17) cgactcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGa < 2:159232/141‑1 (MQ=255) gattcagactcagacagcgactcagaTTCAGACAGTGATTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGAc > 1:923375/4‑141 (MQ=1) ctcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGAc > 3:189472/1‑55 (MQ=38) agattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGa < 1:485297/141‑1 (MQ=255) agactcagacagcgactcagaTTCAGACAGTGATTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGa < 1:174937/137‑1 (MQ=11) gattcagacagtgattcagaCTCAGACAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGAt > 3:74896/1‑141 (MQ=11) gattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGAt > 3:364280/1‑141 (MQ=255) gattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACGCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGAGAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCCGACACAGATAGCGACTCAGACTCCGACAGCGag > 2:955888/1‑140 (MQ=14) gattcagacagagattaagaCTAAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGAt < 2:956975/141‑1 (MQ=255) attcagacagagactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGAtt < 4:427375/141‑1 (MQ=255) ttcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGAATCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTc > 4:31361/1‑141 (MQ=255) cagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGAGTCCGACAGCGATTCAg > 2:28127/1‑141 (MQ=255) cagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCGGACAGCGAtacgg > 2:178909/1‑137 (MQ=14) agcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGAGACTCAGACCCAGATAGCGACACAGAGTCGGATAGCGAGTCAGACTCa > 2:380099/1‑141 (MQ=14) agactcagaTAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGa < 3:437340/141‑1 (MQ=255) agactcagaTAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGa > 1:4001/1‑141 (MQ=255) agactcagaTAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCGGACAGCGATTCAGACACAGATAGCGa > 2:231138/1‑141 (MQ=255) gactcagaTAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGAc < 1:672749/141‑1 (MQ=255) ctcagaTAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCCGATAGCGACGCGGACTCGGAAACCGATTCATATGCTGATAGCGACtc > 2:430144/1‑141 (MQ=14) tcagaTAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtca > 1:446687/1‑141 (MQ=255) cagaTAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACCGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtcag < 4:262341/141‑1 (MQ=255) agaTAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACCGCGACTCAGACTCAGCCAGCGACTCAGACTCAGATAGTGAATCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtcaga < 3:130460/141‑1 (MQ=255) gaTAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtcagat < 3:60636/141‑1 (MQ=255) tAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtcagattc < 2:739173/141‑1 (MQ=255) | TAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTC > USA300TCH1516_ALE/618345‑618623 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |