| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 815,211 | A→T | 5.5% | G185G (GGA→GGT) | yclQ → | putative ABC transporter solute‑binding protein YclQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 815,211 | 0 | A | T | 5.5% | 476.0 / 10.0 | 151 | G185G (GGA→GGT) | yclQ | putative ABC transporter solute‑binding protein YclQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/67); new base T (5/4); total (79/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
ATCTTTATCTCTGGACGTACAGCTAATCAAAAGAATTTAGATGAATTCAAAAAAGCTGCACCTAAAGCGAAAATTGTTTATGTTGGTGCAGATGAAAAGAACTTAATTGGTTCAATGAAACAAAACACTGAAAATATCGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGAATTATCAACAT > USA300TCH1516_ALE/815071‑815350 | aTCTTTATCTCTGGACGTACAGCTAATCAAAAGAATTTAGATGAATTCAAAAAAGCTGCACCTAAAGCGAAAATTGTTTATGTTGGTGCAGATGAAAAGAACTTAATTGGTTCAATGAAACAAAACACTGAAAATATCGGa > 2:233682/1‑141 (MQ=255)aTCTTTATCTCTGGACGTACAGCTAATCAAAAGAATTTAGATGAATTCAAAAAAGCTGCACCTAAAGCGAAAATTGTTTATGTTGGTGCAGATGAAAAGAACTTAATTGGTTCAATGAAACAAAACACTGAAAATATCGGa > 2:1056897/1‑141 (MQ=255) tttATCTCTGGACGTACAGCTAATCAAAAGAATTTAGATGAATTCAAAAAAGCTGCACCTAAAGCGAAAATTGTTTATGTTGGTGCAGATGAAAAGAACTTAATTGGTTCAATGAAACAAAACACTGAAAATATCGGaaaa > 1:266849/1‑141 (MQ=255) tctcTGGACGTACAGCTAATCAAAAGAATTTAGATGAATTCAAAAAAGCTGCACCTAAAGCGAAAATTGTTTATGTTGGTGCAGATGAAAAGAACTTAATTGGTTCAATGAAACAAAACACTGAAAATATCGGAAAAAttt > 3:245188/1‑141 (MQ=255) 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acacTGAAAATATCGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAg > 2:937534/1‑141 (MQ=255) acaaataaaaTATCGGTAAAAGTTACTATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTACATAACAAAATTTCTTATATGAAAGATAAAACGAAATATTCCAATTCAACTGTTATGTTTTCACTAGTTAACGAAg < 2:1023823/135‑1 (MQ=255) cacTGAAAATATCGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAgg < 2:764441/141‑1 (MQ=255) tGAAAATATCGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGa > 1:225178/1‑141 (MQ=255) aaaaTATCGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGAAt > 1:118762/1‑141 (MQ=255) atatCGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGAATTAt < 4:417502/141‑1 (MQ=255) tatCGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGAATTATc < 3:86185/141‑1 (MQ=255) aatCGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAAATAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAAAAAAAAAGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGAATTATc < 4:22555/140‑1 (MQ=255) cGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGAATTATCAAc > 2:596337/1‑141 (MQ=255) cGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAAAGAAAAAATTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGAATTATCAAc > 3:41118/1‑141 (MQ=255) gAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGAATTATCAACAt > 1:581012/1‑141 (MQ=255) | ATCTTTATCTCTGGACGTACAGCTAATCAAAAGAATTTAGATGAATTCAAAAAAGCTGCACCTAAAGCGAAAATTGTTTATGTTGGTGCAGATGAAAAGAACTTAATTGGTTCAATGAAACAAAACACTGAAAATATCGGAAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTTCAATGAAAGATAAAACGAAAAACTTCAATAAAACTGTTATGTATTTACTAGTTAACGAAGGTGAATTATCAACAT > USA300TCH1516_ALE/815071‑815350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |