| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 895,408 | 0 | T | C | 6.1% | 371.5 / 9.4 | 128 | R143R (CGT→CGC) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/53); new base C (4/4); total (71/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAAT‑AAAAAAGATATTAAGTTTAATAATAAACAATCAGCAGAATTCTTACCTA > USA300TCH1516_ALE/895268‑895547 | gATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGt < 1:975331/141‑1 (MQ=255)gATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGt < 1:871248/141‑1 (MQ=255)gATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGt < 2:150477/141‑1 (MQ=255) aTAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGtt > 1:692687/1‑141 (MQ=255) 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aGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAAT‑AAAAAAGATATTAAGTTTAATAATAAACAATCAGCAGAATTCtt > 4:184455/1‑141 (MQ=255) aCGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAAT‑AAAAAAGATATTAAGTTTAATAATAAACAATCAGCAGAATTCTTAcc < 1:662716/141‑1 (MQ=255) cGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAAT‑AAAAAAGATATTAAGTTTAATAATAAACAATCAGCAGAATTCTTACCt > 1:359544/1‑141 (MQ=255) cGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAAT‑AAAAAAGATATTAAGTTTAATAATAAACAATCAGCAGAATTCTTACCt < 1:434260/141‑1 (MQ=255) cGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAAT‑AAAAAAGATATTAAGTTTAATAATAAACAATCAGCAGAATTCTTACCt < 1:997936/141‑1 (MQ=255) gTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAAT‑AAAAAAGATATTAAGTTTAATAATAAACAATCAGCAGAATTCTTACCTa > 1:635992/1‑141 (MQ=255) | GATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAAT‑AAAAAAGATATTAAGTTTAATAATAAACAATCAGCAGAATTCTTACCTA > USA300TCH1516_ALE/895268‑895547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |