| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,702,890 | A→C | T44T (ACT→ACG) | tylM1 ← | dTDP‑3‑amino‑3,6‑dideoxy‑alpha‑D‑glucopyranose N,N‑dimethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,702,890 | 0 | A | C | 98.0% | 192.6 / ‑6.0 | 51 | T44T (ACT→ACG) | tylM1 | dTDP‑3‑amino‑3,6‑dideoxy‑alpha‑D‑glucopyranose N,N‑dimethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (19/31); total (19/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GCAAATCAAAAGATGTCATATCTCCTTCAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCAGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAATTGATCGTACACTAGGCTCATTTCTGCATATTGCGACAT > USA300TCH1516_ALE/1702754‑1703021 | gCAAATCAAAAGATGTCATATCTCCTTCAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCACCACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTAc < 2:540352/141‑1 (MQ=255)gCAAATCAAAAGATGTCATATCTCCTTCAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTAc < 2:545611/141‑1 (MQ=255)gCAAATCAAAAGATGTCATATCTCCTTCAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTAc < 2:540364/141‑1 (MQ=255) cAAATCAAAAGATGTCATATCTCCTTCAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTAcc < 2:496676/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTCATATCTCCTTCAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCt < 1:380991/141‑1 (MQ=255) atatCTCCTTCAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTaaa > 2:135339/1‑141 (MQ=255) tCAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCACTATCTAACATATTTGAt > 1:31237/1‑141 (MQ=255) cAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGAtt < 2:213754/141‑1 (MQ=255) aaTTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCtt < 1:336253/141‑1 (MQ=255) aCATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAg > 2:538176/1‑141 (MQ=255) aCATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAg > 1:89852/1‑141 (MQ=255) cATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGt < 1:208840/141‑1 (MQ=255) cATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGt < 1:462540/141‑1 (MQ=255) cATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGt < 2:272807/141‑1 (MQ=255) tttttGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTAc < 2:303732/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCaaa > 2:555744/1‑141 (MQ=255) aaCATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCa < 2:17382/141‑1 (MQ=255) aaCATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCa < 1:228196/141‑1 (MQ=255) aCATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCat > 1:350932/1‑141 (MQ=255) tCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGt < 1:127299/141‑1 (MQ=255) cacTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGAt > 1:194194/1‑141 (MQ=255) acTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATc > 2:131427/1‑141 (MQ=255) acTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATc > 1:135979/1‑141 (MQ=255) aTCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGCACTGTTAACATGCGAGTACAGGATACAAGATCTAGCATATTCGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGt < 1:112755/141‑1 (MQ=255) aTCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGt < 2:444168/141‑1 (MQ=255) aTACCAGTGGCATTACCTGGAGCTGCTAATTGAGCTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCGATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAAt < 2:31237/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAATTGATCGTac > 1:66320/1‑141 (MQ=255) cATTCCCTAAAGCTTCTATTTAATCTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCTATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAATTGATCGTaca < 2:265720/141‑1 (MQ=255) cATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAATTGATCGTaca < 2:50474/141‑1 (MQ=255) cATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAATTGATCGTaca < 2:140524/141‑1 (MQ=255) tAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAATTGATCGTACACTAGGCTCATTTCTGc < 1:464041/141‑1 (MQ=255) tAATTGAACTGTTAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAATTGATCGTACACTAGGCTCATTTCTGc < 2:487975/141‑1 (MQ=255) tAAACTACCCGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAATTGATCGTACACTAGGCTCATTTCTGCATATTGCGACAt < 1:135339/141‑1 (MQ=255) | GCAAATCAAAAGATGTCATATCTCCTTCAAGCCAATTTACATTTGCTGATTTTTGAGCTGCAACAGTCAACATATCAACACTTAAATCCATACCAGTAACATTACCTAAAGCTTCTAATTGAACTGTTAAACTACCAGTACCGCATCCAATATCTAAAATATTTGATTCATCTTTGCAGTGATTTTTTACAATTTCAAACCATTTTTCATATGGTTGATCTTGAGTCAATTGATCGTACACTAGGCTCATTTCTGCATATTGCGACAT > USA300TCH1516_ALE/1702754‑1703021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |