| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,663 | Δ1 bp | 100% | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 94.3% | 215.9 / 1.6 | 52 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base . (28/21); minor base G (1/1); total (29/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25529‑25799 | tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaat > 1:49900/1‑140 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatata < 1:90345/141‑5 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCCCGTA‑‑AACGGGTCAGGGGGGTCCAAGTCACCATATATATGGTCTTTATAATTGTAGAACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc > 1:55830/1‑141 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACa > 2:53869/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCATCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt < 2:167036/141‑1 (MQ=255) aatGCTTAAATTTAAAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATGGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg < 2:152881/139‑1 (MQ=255) gCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTa > 1:126061/1‑141 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa < 1:184278/141‑1 (MQ=255) ttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AACAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATg < 1:118815/141‑1 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa < 2:54787/141‑1 (MQ=255) agTTTGTCACCAAGTATTAAAGAATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TATTTATAATTGTAGCAATATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaaa < 2:171760/140‑1 (MQ=255) ttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTCTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAg > 2:76581/1‑141 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATATTTGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTGTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagag < 2:208786/141‑1 (MQ=255) gTATTGAAGGATCTTTGTTGTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATGTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGaa < 1:116993/141‑1 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑CAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGCAtataa > 2:31091/1‑140 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGATAAtataa > 2:37267/1‑140 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 1:106954/1‑141 (MQ=255) aaaGGAACTTGGTTTTTTTAATATACAGAAATTT‑‑TATTTATAATTGTAGCAATATTTCTTATGATGTTTAATTACTAAAATAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg < 2:89008/140‑1 (MQ=255) aatgATCTTTGTTTTCTCAATATACAGAAATTT‑‑TATTTATGAATGTAGGAATAATTATTATGCTGTTTAATTACTATAATAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 2:167158/138‑1 (MQ=255) aaGGATCTTAGATTACTCAATATCAAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTATAGAACTATTTCTTATGCTTTATAATTACTATAATAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 2:38528/141‑1 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaa > 1:10909/1‑141 (MQ=255) aTCGTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAc < 1:202069/141‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa > 1:131615/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATAAGAGAATATAGAAAACaaaa > 2:53139/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TATTTAAAATTGTAGCACTATGTCTTATGCTGTATAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATAAACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAACTAGAATTAGAGCATATAAAACACaaaa > 2:64426/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 1:22040/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 1:200640/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:147140/1‑141 (MQ=255) ttttCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTCGCGAATATAGAAAACAAAAAgg > 1:201269/1‑141 (MQ=255) ttCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGaa < 1:124285/141‑1 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt > 2:62080/1‑141 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:143472/1‑133 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa < 1:143472/133‑1 (MQ=255) cAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAA‑GAAAAAATATACCTCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa > 2:96688/1‑141 (MQ=255) aaTTT‑‑TCTTTATAATTGAAGCACTATTTCTTATACTGTTTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAATGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt < 2:61011/141‑1 (MQ=255) ttt‑‑tATTTATAATTGTAGCACTATTTATTATGCTGTTTAATTACTCGACGACAAA‑AAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa < 2:49900/141‑1 (MQ=255) taATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGaa > 1:47241/1‑141 (MQ=255) atagTAGAACTATTTATTATGCTGTTAAATTACTATACAAAAAAT‑AAAAAATATAAATATAAAAGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:132874/138‑1 (MQ=255) ttGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTa < 2:22040/141‑1 (MQ=255) ttGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACATTAAGTAAAGAATTa > 2:194921/1‑141 (MQ=255) gTAGCACTATTTTTTATGCTATAAAAATAAGATAATACAAA‑GAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa < 1:42977/141‑1 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAACGGTTAAATTAATGAAAAATAGATTTAGATAATAGAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 1:101803/1‑141 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 2:9933/1‑141 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTT‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTc > 1:24336/1‑141 (MQ=255) tttCTCATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 2:233414/1‑141 (MQ=255) tCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTGAAAGTGTCTAGGc < 1:113890/141‑1 (MQ=255) tCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGc < 1:147140/141‑1 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGACAAAATATATGAATATCTCCAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa > 1:233065/1‑141 (MQ=255) gCTGTTTAATGACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAACTAATGACAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGTAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 1:197547/141‑1 (MQ=255) tGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATTTATCTGCGGCTGAAAATAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAtt < 1:161189/141‑1 (MQ=255) tttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGGATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTaa > 1:169218/1‑141 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 2:224781/1‑141 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGa > 1:191725/1‑141 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat > 2:100732/1‑141 (MQ=255) | TGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTT‑‑TCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25529‑25799 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |