| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,292 | A→T | 31.5% | I127N (ATT→AAT) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,292 | 0 | A | T | 31.5% | 25.3 / 14.3 | 22 | I127N (ATT→AAT) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/10); new base T (3/4); total (8/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
TTAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTC > USA300TCH1516_ALE/1744170‑1744429 | ttAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCta < 2:10338/141‑1 (MQ=255) cTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTGATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATaaa < 1:213315/141‑1 (MQ=255) tttttCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATATCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGttt > 2:200180/1‑140 (MQ=255) ttCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGAcc < 1:215843/141‑1 (MQ=255) aCCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGttt < 1:153237/141‑1 (MQ=255) aCCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGttt < 2:156061/141‑1 (MQ=255) aaTATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCAt > 1:48224/1‑141 (MQ=255) aaTATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATGAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCAt > 2:104304/1‑141 (MQ=255) atTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCtt > 2:153115/1‑141 (MQ=255) tttCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCttt < 2:149684/141‑1 (MQ=255) aaTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGt < 2:6410/141‑1 (MQ=255) ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCa < 1:203363/141‑1 (MQ=255) ctactaCGATACCGCGTAATTTTTCCACTAATTTGATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCat < 1:76738/141‑1 (MQ=255) ctactaCGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCat < 1:76719/141‑1 (MQ=255) actacGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCatat > 2:89937/1‑141 (MQ=255) gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAg < 1:104430/141‑1 (MQ=255) gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTAACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAg < 1:105169/141‑1 (MQ=255) tACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCAGTATTAAAACATTTGTACTATATTCTAGGt > 2:198349/1‑141 (MQ=255) cTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACt < 2:48224/141‑1 (MQ=255) tttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGATCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAAc < 1:123212/141‑1 (MQ=255) aaTTTTATTGCTGCTTCAATCGTCCCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATCTTCTAGGTCATACGCATAACAAATGACt > 2:97965/1‑141 (MQ=255) tCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCCCGAGGTAATTTc > 1:181139/1‑141 (MQ=255) | TTAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTC > USA300TCH1516_ALE/1744170‑1744429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |