| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,245,055 | T→C | 16.4% | K29K (AAA→AAG) | pyrG ← | CTP synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,245,055 | 0 | T | C | 16.4% | 49.3 / 3.0 | 24 | K29K (AAA→AAG) | pyrG | CTP synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/12); new base C (2/2); total (10/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
CGTAATGTCCTAAGTCTAGGTCAGTTTCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTCATGTCTTGACCTCCTAATTATTAAAGGGAATGCTTCCTCATCAATTGTAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2244916‑2245193 | cGTAATGTCCTAAGTCTAGGTCAGTTTCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAATGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCtt < 1:17052/141‑1 (MQ=255) aTGTCCTAAGTCTAGGTCAGTTTCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTtaa < 1:185469/141‑1 (MQ=255) cTAAGTCTAGGTCAGTTTCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATc < 1:27821/141‑1 (MQ=255) tAAGTCTAGTTCAGTTTCTGCACCATCATCCCTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCt < 1:232313/141‑1 (MQ=255) tCTAGGTCAGTTTCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCt < 1:106243/141‑1 (MQ=255) aGGTCAGTTTCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCCTTTAATAATCTACCTagg > 1:179030/1‑140 (MQ=255) aGGTCAGTTTCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGAATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCCTTTAATAATCTACCTaga > 1:177873/1‑141 (MQ=255) tCAGTTTCTGCACCATCATCCGATACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATAGATCAAATTTTTGATTTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTattatt > 2:126913/1‑136 (MQ=255) cAGTTTCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGagaag > 1:175867/1‑141 (MQ=255) tCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCt < 1:168604/141‑1 (MQ=255) aCCATCATCCGTGACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTAGCTGGGTCAACATTTAAGCATCTCGCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAAt < 2:116443/141‑1 (MQ=255) tcCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTc < 1:191927/141‑1 (MQ=255) gACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAAGCTACCTAGAGAAGATTCTGTAATACCCTTCCCTACTGATGAAAGTACGCCCACTGTTAcca > 2:99323/1‑139 (MQ=255) aCCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAAttt < 1:20904/141‑1 (MQ=255) aCCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAAttt > 1:138773/1‑141 (MQ=255) gggTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCCTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGATGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTc < 2:179030/141‑1 (MQ=255) gggTCAACATTTAAGTATGAATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATACTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTc < 2:177873/141‑1 (MQ=255) tttAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTCATGTCTTGa > 1:218121/1‑141 (MQ=255) aaGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTCATGTCTTGAcct > 1:5526/1‑141 (MQ=255) tGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTCATGTCTTGACCTCCTaa < 2:127240/141‑1 (MQ=255) agAATTTTTGAATTGGTACATTTAGACCTCTATCTATTAACAATGTAACGAGAGAAGATGCTGTAATACCGTTCCCTAATGATCAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAGATTTTGTTATGTCTTGACCTCCTAattatt < 2:213066/140‑1 (MQ=255) aaTTTTTGAATTGTTACATATAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTCATGTCTTGACCTCCTAATTATTaa < 1:132640/141‑1 (MQ=255) gTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTCTTTTCTTGACCTCCTAATTATTAAAGAGAATGCTTc > 2:154721/1‑141 (MQ=255) gACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTCATGTCTTGACCTCCTAATTATTAAAGGGAATGCTTCCTCATCAAtt > 1:160585/1‑141 (MQ=255) tCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTCATGTCTTGACCTCCTAATTATTAAAGGGAATGCTTCCTCATCAATTGTAAAAAt < 1:11756/141‑1 (MQ=255) | CGTAATGTCCTAAGTCTAGGTCAGTTTCTGCACCATCATCCGTTACGAATACTTCACCATGTTGATAAGGACTCATTGTACCTGGGTCAACATTTAAGTATGGATCGAATTTTTGAATTGTTACATTTAGACCTCTATCTTTTAATAATCTACCTAGAGAAGATGCTGTAATACCCTTCCCTAATGATGAAACTACGCCACCTGTTACAAAAATAAATTTTGTCATGTCTTGACCTCCTAATTATTAAAGGGAATGCTTCCTCATCAATTGTAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2244916‑2245193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |