| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,034,506 | T→C | H68R (CAT→CGT) | murF_1 ← | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,034,506 | 0 | T | C | 95.7% | 78.2 / NA | 23 | H68R (CAT→CGT) | murF_1 | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (9/13); minor base G (1/0); total (10/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCTTCATCAATTTCGATTACCGCAATTTTAGTCTTAGGTGTTGATTGCATGATGAATGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTATGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATCTGTATCCACTTTTCTAGCGATTTGTCC > USA300TCH1516_ALE/2034373‑2034624 | aCCTTCATCAATTTCGATTACCGCAATTTTAGTCTTAGGTGTTGATTGCATGATGAATGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAAt > 1:222646/1‑141 (MQ=255) cTTCATCAATTTCGATTACCGCAATTTTAGTCTTAGGTGTTGATTGCATGATGAATGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTa > 2:1963/1‑141 (MQ=255) tcatcaATTTCGATTACCGCAATTTTAGTCTTAGGTGTTGATTGCATGATGAATGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAg > 2:284368/1‑141 (MQ=255) caATTTCGATTACCGCAATTTTAGTCTTAGGTGTTGATTGCATGATGAATGTAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTg < 2:208087/141‑1 (MQ=255) ccGCAATTTTAGTCTTAGGTGTTGATTGCATGATGAATGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGttt > 1:2505/1‑141 (MQ=255) ttGCATGATGAATGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATAc < 2:76784/141‑1 (MQ=255) ttGCATGATGAATGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCAGTTGTTCCACTGATAAATAc < 2:28053/141‑1 (MQ=255) tGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAAc < 1:102455/141‑1 (MQ=255) tGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAAc < 1:303910/141‑1 (MQ=255) aGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTg > 1:82029/1‑141 (MQ=255) aatgtttaCCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGct < 1:39/135‑1 (MQ=255) gTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTCGGTCCTATTAAGACGGTAGTCGGTGTTGTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGctct > 1:212442/1‑141 (MQ=255) gTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTCCGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGctct > 1:111771/1‑141 (MQ=255) gTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGctct < 1:201335/141‑1 (MQ=255) tataCCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGc < 2:243242/141‑1 (MQ=255) aGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATc < 1:199906/141‑1 (MQ=255) tCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATCTGTATcc > 2:83020/1‑141 (MQ=255) tCATTATTGTGTATAATGTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATCTGTATcc < 2:273330/141‑1 (MQ=255) attattGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATCTGTATCCAc < 2:305034/141‑1 (MQ=255) attattGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATCTGTATCCAc < 1:129223/141‑1 (MQ=255) tataATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATCTGTATCCACTTTTCTAGc < 1:295500/141‑1 (MQ=255) tGAATATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAGTATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATCTGTATCCACTTTTCTAGCGATTTGt > 2:161631/1‑141 (MQ=255) aaTATTATTTGCTTTTAAAGTACGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATCTGTATCCACTTTTCTAGCGATTTGTcc > 1:234547/1‑141 (MQ=255) | ACCTTCATCAATTTCGATTACCGCAATTTTAGTCTTAGGTGTTGATTGCATGATGAATGCAGAAGTTATACCTGCAGCCATATTAGCACCTTCATTATTGTGTATAATTTGAATATTATTTGCTTTTAAAGTATGTCCAATTAAGTTTGAAGTCGTTGTTTTACCATTTGTTCCACTGATAAATACAATATCATCAACTTGCTCTGCTAATTTTCTTAATATATCTGTATCCACTTTTCTAGCGATTTGTCC > USA300TCH1516_ALE/2034373‑2034624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |