| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,663 | Δ1 bp | 100% | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 94.5% | 371.8 / 11.1 | 91 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/4); new base . (45/41); total (46/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAA > CP000731/25523‑25798 | attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa > 1:323128/1‑141 (MQ=255)attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATAAAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa > 1:359271/1‑141 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATATTACAAATaa > 2:187483/1‑141 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTCTAGCACTATTTATTATGCTGTTTAATTACTCTACTACAAATaa > 2:146577/1‑141 (MQ=255) ctatGTTATTTACAGTAGTGTTTAAATTTACAGTTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGATTTATCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTACTTCCTCTACTACAAATaaaa < 2:298819/140‑1 (MQ=255) ttATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat < 2:350784/141‑4 (MQ=255) ttATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTATAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat > 1:174497/1‑138 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatata < 1:313943/141‑5 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACa < 1:179734/141‑1 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACa > 1:371463/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCACTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt > 1:247576/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTCTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAACATATACAt > 2:335594/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTCTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACan > 1:253304/1‑140 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt > 2:203778/1‑141 (MQ=255) acacTAGAGCTTAAATTTACATGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCt < 2:238862/141‑1 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTa < 1:410782/141‑1 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa > 2:361196/1‑141 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa > 2:32381/1‑141 (MQ=255) aatAGTGATTAATGTTACAATTTTGTTAGCAAGTAATAAAATATCTTAGTTTTCTCAATATCTATAAATTTTCTTTATAATTTTAACACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACAATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa < 2:233318/139‑1 (MQ=255) tttcTTAAATTTACAGATTTGTCACCAAATATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 1:207196/138‑1 (MQ=255) atGCTTAGATTTACAGGTTTGGCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTGTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAACACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 2:313126/140‑1 (MQ=255) gCTTAAATTGACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTTGTTTTCTCAATAGCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTa < 2:238710/141‑1 (MQ=255) tttAAATTTAAAGGTTTGTCTCCAAGGATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTATAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa < 2:258098/140‑1 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTACTCATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGTTTaaa > 2:323069/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTCTGTAAACAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa < 2:331/141‑1 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 2:94460/1‑141 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 1:214333/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATTCTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAACTTa > 2:140152/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTGTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGATAAATTa > 2:7248/1‑141 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTAACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTAGTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 1:204509/141‑1 (MQ=255) tACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTTAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa < 2:229049/141‑1 (MQ=255) tACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa < 2:191300/141‑1 (MQ=255) tACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa > 1:112281/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGTTTAATTTAATGaaa > 2:37584/1‑141 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 1:276702/141‑1 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 2:109273/141‑1 (MQ=255) tGTCATCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 2:276063/141‑1 (MQ=255) gTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGaa < 2:126878/141‑1 (MQ=255) aCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa > 1:141474/1‑141 (MQ=255) aGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATAAATGAAAAATAGAATTAgaga > 2:236276/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTGGCACTATTAGTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAATAGTATACATCTAATGGTTTAATTACTGAAAAATAGAATCATAGAataaa > 2:53156/1‑139 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGTTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 2:301849/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTACAGAAtata > 2:146979/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTAACCATGTCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTGGCACTACGCCTTATGTCGGCGATTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATCAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 2:92790/1‑141 (MQ=255) tGAAAGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCAATATTTATTATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAATGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata < 2:265330/141‑1 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTATCAATATCCAGAAAGTTTCTTTATAATTGTAGAACTATTTATTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 2:203951/141‑1 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaa < 1:397134/141‑1 (MQ=255) tCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACa > 2:248059/1‑141 (MQ=255) tCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACa < 1:106844/141‑1 (MQ=255) cTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaa > 2:108869/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa < 2:180317/141‑1 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACGAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGACTATAGAAAAcaacaa > 2:378989/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 1:243159/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:79265/1‑141 (MQ=255) ttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg > 1:111158/1‑141 (MQ=255) ttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACGACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAga > 1:419118/1‑140 (MQ=255) tttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAACT‑ATTACTTCGACAACCAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGa > 1:202875/1‑141 (MQ=255) ttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGaa > 2:274569/1‑141 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATACTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGTTTAAATTAATAAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGAAAttt > 2:37359/1‑141 (MQ=255) aaaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtc < 1:129059/140‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa > 2:70046/1‑141 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa > 1:326056/1‑141 (MQ=255) atCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCaa < 1:134968/141‑1 (MQ=255) atCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCaa < 1:364408/141‑1 (MQ=255) tCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 2:323128/141‑1 (MQ=255) ccAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGa < 1:215781/141‑1 (MQ=255) acAGAAATTTTCATTATAATTGTAGCACTATATATTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGa < 2:25837/140‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTTTATAATTGTAGAACTATTTCTTATGCTGTTTAAATACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt < 2:202356/141‑1 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAA‑ATCCCTCTAAATTTTAATTTCAGGTTGAATATTATTAGAGAATATAGAAAACAACAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 1:406736/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGTTTTCATGTACATAGAAAACAAAGAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 1:183824/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 2:402023/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:280365/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:41811/1‑141 (MQ=255) ataATTGTAGGACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa < 2:28899/141‑1 (MQ=255) aactGTAGTACGATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAATAAAAAT‑AAAAAATATAAATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGATAATATATAAAACAAAAAGTAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAt < 2:253304/138‑1 (MQ=255) aaTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAt < 1:399355/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAATGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATCGAAAACAAATTGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:83358/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGAAATATTTATTATGATGTTTAATAACAATAC‑AAAAAAAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:322808/141‑1 (MQ=255) tAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACGACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa > 1:274725/1‑141 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt > 2:137758/1‑141 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt > 2:229674/1‑141 (MQ=255) cACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtg > 2:38423/1‑141 (MQ=255) aatatttattATGATGTATAATAACTATA‑AAAAAAAAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt < 2:330082/139‑1 (MQ=255) aaaatttttATGGTGAATAATTAATAAAATAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAAGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:100563/134‑1 (MQ=255) tATTACTTATGCTGTGTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAAAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt < 2:429808/141‑1 (MQ=255) tttATTATGATGTATAATTACTAAAATACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAAAATAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg < 2:12033/141‑1 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAACATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAAAATTAAAAGTGTATAgc > 2:316831/1‑140 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg < 2:297950/141‑1 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAGAGAATTAGAGCCATGGGTATAGAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg > 1:185564/1‑141 (MQ=255) taatATGATGTTGAATTACTATACAAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGc < 2:409503/138‑1 (MQ=255) tCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGc > 2:239919/1‑141 (MQ=255) gCTGTTTAATTACTAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 1:48642/141‑1 (MQ=255) aaTTAATAAACGACAAA‑AAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 2:17947/141‑1 (MQ=255) actctactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa < 1:375868/141‑1 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa < 1:138575/141‑1 (MQ=255) acgatactaCAAATAAAAAAA‑AGACACATAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAAAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa < 2:33484/138‑1 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGa > 1:378695/1‑141 (MQ=255) tacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGTCAAACTATTAATGCAATAGAAAACa > 2:281043/1‑141 (MQ=255) acAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaa < 1:276392/141‑1 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAA > CP000731/25523‑25798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |