| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 39 (1.120) | 30 (1.250) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
22/180 | NT | 52.7% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998418 | aCTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCCATATGTAAGAATAAATGGTAGAGAATAACGGGTTCAAACCGACGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTa > 1:25372/1‑141 (MQ=11) ttGAATACTAGTCAGTTGTTGTACCAATTGAGCAAGGGGGTGAATATGTAAGAATAAATTTTTGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaa < 2:394590/140‑1 (MQ=11) gATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAAGCCGGCAATATGTAAGAACAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCATCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGCGCTAATTCTCCGCTTTcaaa > 2:206220/1‑141 (MQ=11) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTACGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTGAAACTGCCTg > 1:61302/1‑141 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:102735/1‑141 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:369202/1‑141 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACCGGTGCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACg > 1:384616/1‑141 (MQ=255) cttgcacAATTGTGCTAGGCCGGCAATATGGAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGACCCGCCGACCCTCTGCTTGGAAGTCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTc < 2:99723/135‑1 (MQ=17) tctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATACTCCGATTTAAAACTGCCCGGCACCGtttt > 2:365992/1‑139 (MQ=255) gtggAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAg < 1:133242/138‑1 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa < 2:352534/141‑1 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACAGGTTCAAACGGCCGGCCCACTGTTCGGAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTCCTCTAGCGGaa > 1:250056/1‑141 (MQ=17) tAGGCCGGCAATATGGAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTCGCCCTGCCTGGCAACGTGCTACTCTAGCGGAACg < 1:187380/141‑1 (MQ=14) gCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGATTAGAACAGCCTACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTATACCAACTGAACTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACATTCTACTCTATCGTAAAGTaa > 2:71016/1‑141 (MQ=17) ccGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGAACGTCAg > 2:253753/1‑141 (MQ=255) gCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGCATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTc < 2:272953/141‑1 (MQ=255) gCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTc > 2:429204/1‑141 (MQ=255) cAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCAGAACGTAAGTTCg > 2:279830/1‑141 (MQ=255) ggTAAGAAGAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGGCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:194145/140‑1 (MQ=255) ctggtggAGAATGGCGGGTTCGAACCGCCGACACTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTACCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGCCCACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCACTGA‑CGCTa > 2:265616/2‑141 (MQ=14) aaggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTACGTTCCACCACCATCGC‑CCCTa > 2:422559/3‑141 (MQ=14) aTGGTGGAGAATGACGGAGTCGAACTGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTAGACTACCATCAC‑CGCTa > 2:53778/1‑141 (MQ=17) tggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTaa < 1:326969/141‑1 (MQ=255) ggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAg > 2:109952/1‑141 (MQ=255) ggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACGGCCTTGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAg > 1:313873/1‑141 (MQ=255) agaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCt > 1:173748/1‑141 (MQ=255) aTGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGGGCTTaa > 1:19517/1‑141 (MQ=255) aTGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTaa > 1:21403/1‑141 (MQ=255) gggTTCGACCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCGCTCCCAGCTGAGCTGGTTCTCCGATTTCAAACTGCCCGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCt < 1:16058/141‑1 (MQ=14) tCGAACCGCCGACCCGCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 2:25372/141‑1 (MQ=255) aaCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGGTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCg < 2:162347/141‑1 (MQ=255) ccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCACCGTTCTACGCTAACGGAACGTAAGTTACACTACCATCCA‑CGCTAAGCACCTCAACTTCTGTGTTCGGCAtt > 2:401183/1‑140 (MQ=14) ccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CCCTAAAAAGCTACACTTCTGTGTCCCGCATg > 2:192721/1‑141 (MQ=14) gggccTCTGCTTGTGAGGTAGATGCTCTGCCAGCTGGGTTAATTCTCCGATTTTAACCTGCCTGGCATCGATCTACTCTAGCTGAACGTAAGTTTGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 2:423343/138‑1 (MQ=14) ccTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAc < 2:261929/141‑1 (MQ=255) gtGCGTGGAAGGCAGATGCTCGCCCGGCTGAGCTAATGCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAgg < 2:209477/140‑1 (MQ=17) ttGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGtgtg < 1:429204/141‑1 (MQ=255) tGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 1:318030/141‑1 (MQ=255) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct > 2:184477/1‑141 (MQ=255) ggCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTACCTACTGTGTCGCGCATGGGAACAGGTGTGAcctcc > 2:2273/1‑141 (MQ=17) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCGAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCCA‑CCCTAAGCAACTTAACTTCTGTGTTCGGCCAGGGAACAGGCGTGACCTCCTTTCt > 2:120182/1‑141 (MQ=17) tgttctcCCAGCTGAGCTAATTCTGCGAATTAAAACTGCCTGGCAACCTTCTACTCTAGAGGAACGTACGTCACGCTACCCTCGACCAATTACGA‑TATAACTTCTGTGTTCGGAATGCGCACAGGTGTGACCTCCTTGCta < 2:306843/138‑1 (MQ=9) tGCTCTCCCAGCTGAGCGAATTCGCCGATTTAAACCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCta < 2:244443/141‑1 (MQ=255) tctcCCAGCTGCGCTTTGCCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACACGTGTGACCTCCTTCCtatcg > 2:54075/1‑139 (MQ=14) tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtataa > 1:227277/1‑140 (MQ=255) tcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAGCGTTCTGCTCTAGCCGAACGTAAGTTAGACTAGCAACGA‑CGCCAACGCGCTTAACTTCTGCACTCAGCATGGGAACACGTGTGACGTCCATGCtttaacc > 2:285734/1‑138 (MQ=9) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:384616/141‑1 (MQ=255) gAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 2:161620/141‑1 (MQ=255) tcTAATTCTCCGATTTAAACCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata < 2:78719/140‑1 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGCGAACAGGTGAGACGCCCCTGCTATAGTCACCAGACATATGa > 2:209519/1‑141 (MQ=14) ttttcCGATGTCAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAt < 2:311480/138‑1 (MQ=255) gATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTACCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACACCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAtt > 2:270691/1‑141 (MQ=255) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:279830/141‑1 (MQ=34) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc < 1:365992/141‑1 (MQ=33) | ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA‑CGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |