| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | G→C | 100% | A155G (GCA→GGA) | ypdF ← | Aminopeptidase YpdF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 63.9 / NA | 21 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (10/11); total (10/11) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTT‑CGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646053‑1646325 | tttATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCttt > 1:325226/1‑141 (MQ=255) aTCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATAGAATGATGGTAACTCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTATAATATTGCCTTTAATTTTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTaa > 2:50396/1‑140 (MQ=255) cAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGCTGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTTATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATACCTCCTTTCACTACACTTa > 2:29864/1‑141 (MQ=255) aaCACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaa < 1:393062/141‑1 (MQ=255) gtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATAtt < 1:113932/141‑1 (MQ=255) tGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGt < 1:332095/141‑1 (MQ=255) tATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaa < 1:123801/141‑1 (MQ=255) cTACAATCGTATCGAATGATGGTCCCTCCGCTCCTAAACCTAGCATTTTTCATTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATGTTCATCTGTTACATCACCCCTATTAactc > 2:421189/1‑140 (MQ=255) aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:36222/141‑1 (MQ=255) aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:75349/141‑1 (MQ=255) gAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTaa > 1:115306/1‑141 (MQ=255) gAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTaa > 1:118554/1‑141 (MQ=255) atgGCCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTACTATAGCACCCTACTCTGATTAAGAAATAAATCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCaa > 1:406757/1‑141 (MQ=255) tCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTT‑c > 1:415465/1‑141 (MQ=255) cTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTT‑CGTCAg < 1:90259/141‑1 (MQ=255) cTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTCATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTT‑CGTCAGCATCtt < 1:47496/141‑1 (MQ=255) cTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTT‑CGTCAGCATCtt < 1:316931/141‑1 (MQ=255) gCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGACATGCCTCATTTTACAACAGTTAAAATATATTCATCTGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTTAATTAGCGCAATTTGCGGC‑GCAGCTTTGACGTCTCTAAtttt > 1:116098/1‑141 (MQ=255) tCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTT‑CGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAt < 1:182500/141‑1 (MQ=255) cATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTT‑CGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGatat > 2:275479/1‑141 (MQ=255) gCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTT‑CGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 2:168904/141‑1 (MQ=255) | TTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTT‑CGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646053‑1646325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |