| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,825,251 | T→C | 9.1% | intergenic (‑66/+782) | cap8A_2 ← / ← icaR | Capsular polysaccharide type 8 biosynthesis protein cap8A/Biofilm operon icaADBC HTH‑type negative transcriptional regulator IcaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,825,251 | 0 | T | C | 9.1% | 122.0 / 3.4 | 44 | intergenic (‑66/+782) | cap8A_2/icaR | Capsular polysaccharide type 8 biosynthesis protein cap8A/Biofilm operon icaADBC HTH‑type negative transcriptional regulator IcaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/17); new base C (2/2); total (25/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
CGGTAAAATAAGCAATAATTTAATATTCTTCTTTAGAATATTTAATAGTTTTACTAAATCAAACTTTTCTTTCATGGTTTCCTCCACATAATCAATCATTGTATTCATTATGTATGTTTTATAAATCGGACAATTATATCTAGTTTAACGACCACAAAACATACACAACTACATTTTCTCTAATTATTTATATAAATATTTTATCGTTTAAAATTATATCATGATTCTCTACCATTATGTATAACTTATTTATATTTTTGCACAAGATATAATATTGTCC > USA300TCH1516_ALE/2825111‑2825390 | cGGTAAAATAAGCAATAATTTAATATTCTTCTTTAGAATATTTAATAGTTTTACTAAATCAAAGTTTGCTTTCATGGTTTCCTCCACATAATCAATCATTGTATTCATTATGTATGTTTTATAAATCGGACAATTATATCt < 2:154326/141‑1 (MQ=255) gTAAAATAAGCCATAATTTAATATTCTTCTTTAGAATATTTAATAGTTTTACTAAATCAAACTTTTCTTTCATGGTTTCCTCCACATAATCAATCATTGTATTCATTATGTATGTTTTATAAATCGGACAATTATATCTAg < 1:253417/141‑1 (MQ=255) aaGCAATAATTTAATATTCTTCTTTAGAATATTTAATAGTTTTACTAAATCAAACTTTTCTTTCATGGTTTCCTCCACATAATCAATCATTGTATTCATTATGTATGTTTTATAAATCGGACAATTATATCTAGTTTAACg < 2:318690/141‑1 (MQ=255) aGCAATAATTTAATATTCTTCTTTAGAATATTTAATAGTTTTACTAAATCAAACTTTTCTTTCATGGTTTCCTCCACATAATCAATCATTGTATTCATTATGTATGTTTTATAAATCTGACAATGATCTTTAGTTTAAcca > 1:261087/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAGTTTAACGACCACAAAACATACACAACTACATTTTCTCTAATTATTTATATAAATATTTTATCGTTTAAAATTATATCATGATTCTCTACCATTATGTATAACTTATTTATATTTTTGCACAAGATATAATATTGTcc < 1:236267/141‑1 (MQ=255) | CGGTAAAATAAGCAATAATTTAATATTCTTCTTTAGAATATTTAATAGTTTTACTAAATCAAACTTTTCTTTCATGGTTTCCTCCACATAATCAATCATTGTATTCATTATGTATGTTTTATAAATCGGACAATTATATCTAGTTTAACGACCACAAAACATACACAACTACATTTTCTCTAATTATTTATATAAATATTTTATCGTTTAAAATTATATCATGATTCTCTACCATTATGTATAACTTATTTATATTTTTGCACAAGATATAATATTGTCC > USA300TCH1516_ALE/2825111‑2825390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |