| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | A→G | 48.1% | intergenic (+711/‑6052) | recR → / → speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 48.1% | 5.1 / 105.5 | 77 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/16); new base G (19/18); total (43/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA > USA300TCH1516_ALE/512504‑512782 | ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa > 1:250888/1‑141 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt > 1:202375/1‑141 (MQ=255) aaagctacgtagagtcaatggtagtcgaaattaagtaccgctagagtagaaagttgccaggaagtttaataatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGt > 2:2781‑M1/109‑141 (MQ=255) tttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGta < 1:355481/141‑1 (MQ=255) 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2:230180/1‑141 (MQ=255) tAAGAAATAACGTGAATTAATAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 2:253784/141‑1 (MQ=255) atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTAAACGTTAATTCCaa < 2:162351‑M1/104‑1 (MQ=255) ataaaattttgaataaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 2:257079‑M1/38‑141 (MQ=255) aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa > 1:195184/1‑141 (MQ=255) aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTCAACATTAATTCCAAAAAAc > 2:360278/1‑141 (MQ=255) 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1:356414/1‑141 (MQ=255) gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAATTAAAAAAATTCTTTAttatttatta > 2:35804/1‑139 (MQ=25) gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGCAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa > 1:81546/1‑141 (MQ=255) ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTTAACGTTAAGTCCAAAAAGCGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg < 1:327693/141‑1 (MQ=255) ttATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg < 2:250888/141‑1 (MQ=255) aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGA‑CAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt > 2:122566/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |