| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,891,904 | (T)6→5 | coding (4/402 nt) | rot ← | HTH‑type transcriptional regulator rot |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,891,899 | 0 | T | . | 97.5% | 176.5 / ‑1.7 | 40 | coding (9/402 nt) | rot | HTH‑type transcriptional regulator rot |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base . (19/20); total (20/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
TTTTGCCATAAAGTTAGTAAAATTAAAATTTCTTCTCTAGACATTTTGTATTCGCTTTCAATCTCGCTGAAAATTGAGTTAATGTCACCCAAAAGTGTTTCTAATTGCAAAATTCCAAATACAGTGTCGTTATTTACTTTTTTCATGCTAAACATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAA > USA300TCH1516_ALE/1891762‑1892027 | ttttGCCATAAAGTTAGTAAAATTAAAATTTCTTCTCTAGACATTTTGTATTCGCTTTCAATCTCGCTGAAAATTGAGTTAATGTCACCCAAAAGTGTTTCTAATTGCAAAATTCCAAATACAGTGTCGTTATTTACtttt > 2:156476/1‑141 (MQ=255) gCCATAAAGTTAGTAAAATTAAAATTTCTTCTCTAGACATTTTGTATTCGCTTTCAATCTCGCTGAAAATTGAGTTAATGTCACCCAAAAGTGTTTCTAATTGCAAAATCCCAAATACAGTGTCGTTATTTACTTTTTTCa > 1:350218/1‑141 (MQ=255) aTAAAGTTAGTAAAATTAAAATTTCTTCTCTAGACATTTTGTATTCGCTTTCAATCTCGCTGAAAATTGAGTTAATGTCACCCAAAAGTGTTTCTAATTGCAAAATTCCAAATACAGTGTCGTTATTTAC‑TTTTTCATGCt > 1:98349/1‑141 (MQ=255) aTAAAGTTAGTAAAATTAAAATTTCTTCTCTAGACATTTTGTATTCGCTTTCAATCTCGCTGAAAATTGAGTTAATGTCACCCAAAAGTGTTTCTAATTGCAAAATTCCAAATACAGTGTCGTTATTTAC‑TTTNTCATGCt > 2:310426/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |